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万見
- EMDB-13672: Sub-tomogram average of Ca. M.lanthanidiphila S-layer obtained fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13672
タイトルSub-tomogram average of Ca. M.lanthanidiphila S-layer obtained from whole cell cryo-tomograms
マップデータSub-tomogram average of the S-layer of Ca. M.lanthanidiphila obtained from whole cell cryo-tomograms
試料
  • 細胞器官・細胞要素: S-layer of Ca.M.lanthanidiphila
キーワードS-layer / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Candidatus Methylomirabilis lanthanidiphila (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Gambelli L / Mesman R
資金援助European Union, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)339880European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024002002European Union
European Research Council (ERC)669371European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)192.001European Union
European Research Council (ERC)803894European Union
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: The Polygonal Cell Shape and Surface Protein Layer of Anaerobic Methane-Oxidizing Bacteria.
著者: Lavinia Gambelli / Rob Mesman / Wouter Versantvoort / Christoph A Diebolder / Andreas Engel / Wiel Evers / Mike S M Jetten / Martin Pabst / Bertram Daum / Laura van Niftrik /
要旨: bacteria perform anaerobic methane oxidation coupled to nitrite reduction via an intra-aerobic pathway, producing carbon dioxide and dinitrogen gas. These diderm bacteria possess an unusual ... bacteria perform anaerobic methane oxidation coupled to nitrite reduction via an intra-aerobic pathway, producing carbon dioxide and dinitrogen gas. These diderm bacteria possess an unusual polygonal cell shape with sharp ridges that run along the cell body. Previously, a putative surface protein layer (S-layer) was observed as the outermost cell layer of these bacteria. We hypothesized that this S-layer is the determining factor for their polygonal cell shape. Therefore, we enriched the S-layer from cells and through LC-MS/MS identified a 31 kDa candidate S-layer protein, mela_00855, which had no homology to any other known protein. Antibodies were generated against a synthesized peptide derived from the mela_00855 protein sequence and used in immunogold localization to verify its identity and location. Both on thin sections of cells and in negative-stained enriched S-layer patches, the immunogold localization identified mela_00855 as the S-layer protein. Using electron cryo-tomography and sub-tomogram averaging of S-layer patches, we observed that the S-layer has a hexagonal symmetry. Cryo-tomography of whole cells showed that the S-layer and the outer membrane, but not the peptidoglycan layer and the cytoplasmic membrane, exhibited the polygonal shape. Moreover, the S-layer consisted of multiple rigid sheets that partially overlapped, most likely giving rise to the unique polygonal cell shape. These characteristics make the S-layer of a distinctive and intriguing case to study.
履歴
登録2021年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月24日-
マップ公開2021年11月24日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 61.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 61.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13672.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13672.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 313.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of the S-layer of Ca. M.lanthanidiphila obtained from whole cell cryo-tomograms
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.92 Å/pix.
x 89 pix.
= 704.88 Å		7.92 Å/pix.
x 31 pix.
= 245.52 Å		7.92 Å/pix.
x 29 pix.
= 229.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 61.700000000000003 / ムービー #1: 61.7
最小 - 最大47.478879999999997 - 70.432130000000001
平均 (標準偏差)60.750492000000001 (±1.519258)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin18170
サイズ312989
Spacing293189
セルA: 229.68001 Å / B: 245.52 Å / C: 704.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.927.927.92
M x/y/z293189
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z229.680245.520704.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS17180
NC/NR/NS293189
D min/max/mean47.47970.43260.750

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S-layer of Ca.M.lanthanidiphila

全体名称: S-layer of Ca.M.lanthanidiphila
要素
  • 細胞器官・細胞要素: S-layer of Ca.M.lanthanidiphila

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超分子 #1: S-layer of Ca.M.lanthanidiphila

超分子名称: S-layer of Ca.M.lanthanidiphila / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: 3ml Ca. M.lanthanidiphila floculant biomass was dispersed using a ball bearing homogenizer with 8um clearance.
由来(天然)生物種: Candidatus Methylomirabilis lanthanidiphila (バクテリア)
細胞中の位置: on top of outer membrane
分子量理論値: 31.6 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 20.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2 microlitre sample was mixed with 0.5 microlitre 10 nm ProteinA gold solution Grids were plunge frozen in liquid ethane, blot force 1, blot time 3 sec..
詳細Dispersed cells from floculant biomass

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最高: 93.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.3835 sec. / 平均電子線量: 1.63 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.68 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 4.13 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.14.0) / 詳細: resolution obtained from FFT of obtainded average / 使用したサブトモグラム数: 1330
抽出トモグラム数: 3 / 使用した粒子像数: 6000 / 参照モデル: averaged from hand picked particles / 手法: random grid / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.14.0)
詳細: Used binnend tomograms. Excized sub-volumes of the S-layer with the slicer tool, applied a grid model and saved the grid model after projection on the whole tomogram.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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