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- EMDB-13643: Delta-latroinsectotoxin dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13643
タイトルDelta-latroinsectotoxin dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a in soluble dimeric state
    • タンパク質・ペプチド: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a
キーワードPore-forming toxin / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / host cell presynaptic membrane / exocytosis / toxin activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta-latroinsectotoxin-Lt1a
類似検索 - 構成要素
生物種Latrodectus tredecimguttatus (クモ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.63 Å
データ登録者Chen M / Gatsogiannis C
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt Foundation 日本
Max Planck Society 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular architecture of black widow spider neurotoxins.
著者: Minghao Chen / Daniel Blum / Lena Engelhard / Stefan Raunser / Richard Wagner / Christos Gatsogiannis /
要旨: Latrotoxins (LaTXs) are presynaptic pore-forming neurotoxins found in the venom of Latrodectus spiders. The venom contains a toxic cocktail of seven LaTXs, with one of them targeting vertebrates (α- ...Latrotoxins (LaTXs) are presynaptic pore-forming neurotoxins found in the venom of Latrodectus spiders. The venom contains a toxic cocktail of seven LaTXs, with one of them targeting vertebrates (α-latrotoxin (α-LTX)), five specialized on insects (α, β, γ, δ, ε- latroinsectotoxins (LITs), and one on crustaceans (α-latrocrustatoxin (α-LCT)). LaTXs bind to specific receptors on the surface of neuronal cells, inducing the release of neurotransmitters either by directly stimulating exocytosis or by forming Ca-conductive tetrameric pores in the membrane. Despite extensive studies in the past decades, a high-resolution structure of a LaTX is not yet available and the precise mechanism of LaTX action remains unclear. Here, we report cryoEM structures of the α-LCT monomer and the δ-LIT dimer. The structures reveal that LaTXs are organized in four domains. A C-terminal domain of ankyrin-like repeats shields a central membrane insertion domain of six parallel α-helices. Both domains are flexibly linked via an N-terminal α-helical domain and a small β-sheet domain. A comparison between the structures suggests that oligomerization involves major conformational changes in LaTXs with longer C-terminal domains. Based on our data we propose a cyclic mechanism of oligomerization, taking place prior membrane insertion. Both recombinant α-LCT and δ-LIT form channels in artificial membrane bilayers, that are stabilized by Ca ions and allow calcium flux at negative membrane potentials. Our comparative analysis between α-LCT and δ-LIT provides first crucial insights towards understanding the molecular mechanism of the LaTX family.
履歴
登録2021年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pty
  • 表面レベル: 0.0025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13643.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 324. Å		0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 324. Å		0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003 / ムービー #1: 0.0025
最小 - 最大-0.0027791257 - 0.009666656
平均 (標準偏差)0.000027221877 (±0.00028467513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.90.90.9
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.000324.000324.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0030.0100.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Delta-latroinsectotoxin-Lt1a in soluble dimeric state

全体名称: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a in soluble dimeric state
要素
  • 複合体: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a in soluble dimeric state
    • タンパク質・ペプチド: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a

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超分子 #1: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a in soluble dimeric state

超分子名称: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a in soluble dimeric state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Latrodectus tredecimguttatus (クモ)
分子量理論値: 139.8 KDa

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分子 #1: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a

分子名称: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Latrodectus tredecimguttatus (クモ)
分子量理論値: 145.047547 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKFLVNVALV FMVVYISYIY AMWSHPQFEK GSAGSAAGSG AGWSHPQFEK GAGLEVLFQG PPWMHSKELQ TISAAVARKA VPNTMVIRL KRDEEDGEMT LEERQAQCKA IEYSNSVFGM IADVANDIGS IPVIGEVVGI VTAPIAIVSH ITSAGLDIAS T ALDCDDIP ...文字列:
MKFLVNVALV FMVVYISYIY AMWSHPQFEK GSAGSAAGSG AGWSHPQFEK GAGLEVLFQG PPWMHSKELQ TISAAVARKA VPNTMVIRL KRDEEDGEMT LEERQAQCKA IEYSNSVFGM IADVANDIGS IPVIGEVVGI VTAPIAIVSH ITSAGLDIAS T ALDCDDIP FDEIKEILEE RFNEIDRKLD KNTAALEEVS KLVSKTFVTV EKTRNEMNEN FKLVLETIES KEIKSIVFKI ND FKKFFEK ERQRIKGLPK DRYVAKLLEQ KGILGSLKEV REPSGNSLSS ALNELLDKNN NYAIPKVVDD NKAFQALYAL FYG TQTYAA VMFFLLEQHS YLADYYYQKG DDVNFNAEFN NVAIIFDDFK SSLTGGDDGL IDNVIEVLNT VKALPFIKNA DSKL YRELV TRTKALETLK NQIKTTDLPL IDDIPETLSQ VNFPNDENQL PTPIGNWVDG VEVRYAVQYE SKGMYSKFSE WSEPF TVQG NACPTIKVRV DPKKRNRLIF RKFNSGKPQF AGTMTHSQTN FKDIHRDLYD AALNINKLKA VDEATTLIEK GADIEA KFD NDRSAMHAVA YRGNNKIALR FLLKNQSIDI ELKDKNGFTP LHIAAEAGQA GFVKLLINHG ADVNAKTSKT NLTPLHL AT RSGFSKTVRN LLESPNIKVN EKEDDGFTPL HTAVMSTYMV VDALLNHPDI DKNAQSTSGL TPFHLAIINE SQEVAESL V ESNADLNIQD VNHMAPIHFA ASMGSIKMLR YLISIKDKVS INSVTENNNW TPLHFAIYFK KEDAAKELLK QDDINLTIV ADGNLTVLHL AVSTGQINII KELLKRGSNI EEKTGEGYTS LHIAAMRKEP EIAVVLIENG ADIEARSADN LTPLHSAAKI GRKSTVLYL LEKGADIGAK TADGSTALHL AVSGRKMKTV ETLLNKGANL KEYDNNKYLP IHKAIINDDL DMVRLFLEKD P SLKDDETE EGRTSIMLIV QKLLLELYNY FINNYAETLD EEALFNRLDE QGKLELAYIF HNKEGDAKEA VKPTILVTIK LM EYCLKKL REESGAPEGS FDSPSSKQCI STFSEDEMFR RTLPEIVKET NSRYLPLKGF SRSLNKFLPS LKFAESKNSY RSE NFVSNI DSNGALLLLD VFIRKFTNEK YNLTGKEAVP YLEAKASSLR IASKFEELLT EVKGIPAGEL INMAEVSSNI HKAI ASGKP VSKVLCSYLD TFSELNSQQM EELVNTYLST KPSVITSASA DYQKLPNLLT ATCLEPERMA QLIDVHQKMF LRLES SGLV PRGSHHHHHH HH

UniProtKB: Delta-latroinsectotoxin-Lt1a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMTris-HCltrisaminomethane hydrochloride
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 78.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 81192
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7pty:
Delta-latroinsectotoxin dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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