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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13600 | |||||||||
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タイトル | Tomogram of mouse dorsal root ganglion axon (dataset 1, TS_14). | |||||||||
![]() | Tomogram of a mouse dorsal root ganglion axon. The volume was binned by 4 and deconvolved for visualization. | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Foster HE / Ventura Santos C / Carter AP | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A cryo-ET survey of microtubules and intracellular compartments in mammalian axons. 著者: Helen E Foster / Camilla Ventura Santos / Andrew P Carter / ![]() 要旨: The neuronal axon is packed with cytoskeletal filaments, membranes, and organelles, many of which move between the cell body and axon tip. Here, we used cryo-electron tomography to survey the ...The neuronal axon is packed with cytoskeletal filaments, membranes, and organelles, many of which move between the cell body and axon tip. Here, we used cryo-electron tomography to survey the internal components of mammalian sensory axons. We determined the polarity of the axonal microtubules (MTs) by combining subtomogram classification and visual inspection, finding MT plus and minus ends are structurally similar. Subtomogram averaging of globular densities in the MT lumen suggests they have a defined structure, which is surprising given they likely contain the disordered protein MAP6. We found the endoplasmic reticulum in axons is tethered to MTs through multiple short linkers. We surveyed membrane-bound cargos and describe unexpected internal features such as granules and broken membranes. In addition, we detected proteinaceous compartments, including numerous virus-like capsid particles. Our observations outline novel features of axonal cargos and MTs, providing a platform for identification of their constituents. #1: ![]() タイトル: A cryo-ET survey of intracellular compartments within mammalian axons 著者: Foster HE / Carter AP | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.1 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 187.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 278.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 278.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
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電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 200.8 Data #1: Tomograms of mouse dorsal root ganglion axons (dataset 1) binned by 4 and deconvolved [reconstructed volumes] Data #2: Corrected, aligned, dose-filtered and order-sorted tilt series for mouse dorsal root ganglion axons (dataset 1) [tilt series]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Tomogram of a mouse dorsal root ganglion axon. The volume was binned by 4 and deconvolved for visualization. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 13.76 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset ...
全体 | 名称: Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset 1 (TS_14). |
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要素 |
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-超分子 #1: Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset ...
超分子 | 名称: Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset 1 (TS_14). タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Example tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset 1. Tomogram was used for survey of microtubules and components in axons. Tomogram contains multi-vesicular body. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Manual blot for 3 s before plunging. |
詳細 | Adult DRG neurons from GFP-RFP LC3 mouse were grown for 4 days in vitro before vitrification. Tilt series was collected in a thin region of an axon. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: BBI Solutions / 直径: 10 nm |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 1.97 e/Å2 詳細: 61 images per tilt series with 120.2 e/A2 total dose. A zero-centered tilt scheme from minus 30 to plus 60 degrees then minus 30 to minus 60 degrees was used for acquisition. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 53000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Frame alignment and dose-filtering was done with alignframes and newstack (IMOD) operated via subTOM. Tilt series alignment and tomogram reconstruction was performed in IMOD. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: ![]() |