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- EMDB-13596: Structure of thermostabilised human NTCP in complex with Megabody 91 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13596
タイトルStructure of thermostabilised human NTCP in complex with Megabody 91
マップデータ
試料
  • 複合体: human NTCP complexed with Megabody 91
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/bile acid cotransporter
    • タンパク質・ペプチド: Anti-RON nanobody,Megabody 91,Glucosidase YgjK
キーワードbile acid transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosidase complex / alpha,alpha-trehalase activity / trehalose catabolic process / bile acid:sodium symporter activity / glucosidase activity / bile acid transmembrane transporter activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / oligosaccharide catabolic process / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts ...glucosidase complex / alpha,alpha-trehalase activity / trehalose catabolic process / bile acid:sodium symporter activity / glucosidase activity / bile acid transmembrane transporter activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / oligosaccharide catabolic process / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / : / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / DNA damage response / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Glucosidase YgjK, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 37 / : / Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain / Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucosidase YgjK / Hepatic sodium/bile acid cotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Goutam K / Reyes N
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)309657European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural basis of sodium-dependent bile salt uptake into the liver.
著者: Kapil Goutam / Francesco S Ielasi / Els Pardon / Jan Steyaert / Nicolas Reyes /
要旨: The liver takes up bile salts from blood to generate bile, enabling absorption of lipophilic nutrients and excretion of metabolites and drugs. Human Na-taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP) ...The liver takes up bile salts from blood to generate bile, enabling absorption of lipophilic nutrients and excretion of metabolites and drugs. Human Na-taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP) is the main bile salt uptake system in liver. NTCP is also the cellular entry receptor of human hepatitis B and D viruses (HBV/HDV), and has emerged as an important target for antiviral drugs. However, the molecular mechanisms underlying NTCP transport and viral receptor functions remain incompletely understood. Here we present cryo-electron microscopy structures of human NTCP in complexes with nanobodies, revealing key conformations of its transport cycle. NTCP undergoes a conformational transition opening a wide transmembrane pore that serves as the transport pathway for bile salts, and exposes key determinant residues for HBV/HDV binding to the outside of the cell. A nanobody that stabilizes pore closure and inward-facing states impairs recognition of the HBV/HDV receptor-binding domain preS1, demonstrating binding selectivity of the viruses for open-to-outside over inward-facing conformations of the NTCP transport cycle. These results provide molecular insights into NTCP 'gated-pore' transport and HBV/HDV receptor recognition mechanisms, and are expected to help with development of liver disease therapies targeting NTCP.
履歴
登録2021年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 280 pix.
= 282.24 Å		1.01 Å/pix.
x 280 pix.
= 282.24 Å		1.01 Å/pix.
x 280 pix.
= 282.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.008 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.648644 - 2.3310084
平均 (標準偏差)0.000469606 (±0.015360326)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 282.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human NTCP complexed with Megabody 91

全体名称: human NTCP complexed with Megabody 91
要素
  • 複合体: human NTCP complexed with Megabody 91
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/bile acid cotransporter
    • タンパク質・ペプチド: Anti-RON nanobody,Megabody 91,Glucosidase YgjK

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超分子 #1: human NTCP complexed with Megabody 91

超分子名称: human NTCP complexed with Megabody 91 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium/bile acid cotransporter

分子名称: Sodium/bile acid cotransporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.652391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAHTASAPFT FTLPPNFGKR PTDLALSVIL VVMLFIIMLS LGCTMEFSKI KAHLWKPKGL AIALVAQYGI MPLTAFVLGK VFRLNNIEA LAILICGCSP GGNLSNIFSL AMKGDMNLSI VMTTCSTFLA LGMMPLLLYI YSRGIYDGDL KDKVPYKGIV I SLVLVLIP ...文字列:
MAHTASAPFT FTLPPNFGKR PTDLALSVIL VVMLFIIMLS LGCTMEFSKI KAHLWKPKGL AIALVAQYGI MPLTAFVLGK VFRLNNIEA LAILICGCSP GGNLSNIFSL AMKGDMNLSI VMTTCSTFLA LGMMPLLLYI YSRGIYDGDL KDKVPYKGIV I SLVLVLIP CTIGIVLKSK RPQYMRYVIK GGMIIILLCS VAVTVLSAIN VGKSIMFAMT PHLIATSSLM PFIGFLLGYV LS ALFCLNG RCRRTVSMET GCQNVQLCST ILNVAFPPEV IGPLFFFPLL YMIFQLGEGL LLIAIFWCYE KFKTPKDKTK MIY TAATTE ELEVLFQ

UniProtKB: Hepatic sodium/bile acid cotransporter

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分子 #2: Anti-RON nanobody,Megabody 91,Glucosidase YgjK

分子名称: Anti-RON nanobody,Megabody 91,Glucosidase YgjK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: The megabody scaffold is excluded from the structure during refinement and model building. The build model corresponds to residues 2-12 and 788-895 belonging to nanobody part only. The ...詳細: The megabody scaffold is excluded from the structure during refinement and model building. The build model corresponds to residues 2-12 and 788-895 belonging to nanobody part only. The alignment software here is misaligning N-terminal part so I have just put build sequence in the sample sequence box. Here is the full sequence: QVQLVESGGGLV KEETQSGLNNYARVVEKGQYDSLEIPAQVAASWESGRDDAAVFGFIDKEQLDKYVANGGKRSDWTVKFAENRSQDGTLLGYSLLQESVDQASYMYSDNHYLAEMATILGKPEEAKRYRQLAQQLADYINTCMFDPTTQFYYDVRIEDKPLANGCAGKPIVERGKGPEGWSPLFNGAATQANADAVVKVMLDPKEFNTFVPLGTAALTNPAFGADIYWRGRVWVDQFWFGLKGMERYGYRDDALKLADTFFRHAKGLTADGPIQENYNPLTGAQQGAPNFSWSAAHLYMLYNDFFRKQASGGGSGGGGSGGGGSGNADNYKNVINRTGAPQYMKDYDYDDHQRFNPFFDLGAWHGHLLPDGPNTMGGFPGVALLTEEYINFMASNFDRLTVWQDGKKVDFTLEAYSIPGALVQKLTAKDVQVEMTLRFATPRTSLLETKITSNKPLDLVWDGELLEKLEAKEGKPLSDKTIAGEYPDYQRKISATRDGLKVTFGKVRATWDLLTSGESEYQVHKSLPVQTEINGNRFTSKAHINGSTTLYTTYSHLLTAQEVSKEQMQIRDILARPAFYLTASQQRWEEYLKKGLTNPDATPEQTRVAVKAIETLNGNWRSPGGAVKFNTVTPSVTGRWFSGNQTWPWDTWKQAFAMAHFNPDIAKENIRAVFSWQIQPGDSVRPQDVGFVPDLIAWNLSPERGGDGGNWNERNTKPSLAAWSVMEVYNVTQDKTWVAEMYPKLVAYHDWWLRNRDHNGNGVPEYGATRDKAHNTESGEMLFTVKK SLRLSCAASTNLRSYAMAWFRQAPGKEREFVSFINWNYGNTRYA DSVKGRFTISRDNAKITVYLQMNSLKPEDTAVYYCAAATIGRLAGIDSTTLYDYWGQGTQ VTVSSHHHHHHEPEA,The megabody scaffold is excluded from the structure during refinement and model building. The build model corresponds to residues 2-12 and 788-895 belonging to nanobody part only. The alignment software here is misaligning N-terminal part so I have just put build sequence in the sample sequence box. Here is the full sequence: QVQLVESGGGLV KEETQSGLNNYARVVEKGQYDSLEIPAQVAASWESGRDDAAVFGFIDKEQLDKYVANGGKRSDWTVKFAENRSQDGTLLGYSLLQESVDQASYMYSDNHYLAEMATILGKPEEAKRYRQLAQQLADYINTCMFDPTTQFYYDVRIEDKPLANGCAGKPIVERGKGPEGWSPLFNGAATQANADAVVKVMLDPKEFNTFVPLGTAALTNPAFGADIYWRGRVWVDQFWFGLKGMERYGYRDDALKLADTFFRHAKGLTADGPIQENYNPLTGAQQGAPNFSWSAAHLYMLYNDFFRKQASGGGSGGGGSGGGGSGNADNYKNVINRTGAPQYMKDYDYDDHQRFNPFFDLGAWHGHLLPDGPNTMGGFPGVALLTEEYINFMASNFDRLTVWQDGKKVDFTLEAYSIPGALVQKLTAKDVQVEMTLRFATPRTSLLETKITSNKPLDLVWDGELLEKLEAKEGKPLSDKTIAGEYPDYQRKISATRDGLKVTFGKVRATWDLLTSGESEYQVHKSLPVQTEINGNRFTSKAHINGSTTLYTTYSHLLTAQEVSKEQMQIRDILARPAFYLTASQQRWEEYLKKGLTNPDATPEQTRVAVKAIETLNGNWRSPGGAVKFNTVTPSVTGRWFSGNQTWPWDTWKQAFAMAHFNPDIAKENIRAVFSWQIQPGDSVRPQDVGFVPDLIAWNLSPERGGDGGNWNERNTKPSLAAWSVMEVYNVTQDKTWVAEMYPKLVAYHDWWLRNRDHNGNGVPEYGATRDKAHNTESGEMLFTVKK SLRLSCAASTNLRSYAMAWFRQAPGKEREFVSFINWNYGNTRYA DSVKGRFTISRDNAKITVYLQMNSLKPEDTAVYYCAAATIGRLAGIDSTTLYDYWGQGTQ VTVSSHHHHHHEPEA,The megabody scaffold is excluded from the structure during refinement and model building. 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コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 101.583031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVQLVESGGG LVKEETQSGL NNYARVVEKG QYDSLEIPAQ VAASWESGRD DAAVFGFIDK EQLDKYVANG GKRSDWTVKF AENRSQDGT LLGYSLLQES VDQASYMYSD NHYLAEMATI LGKPEEAKRY RQLAQQLADY INTCMFDPTT QFYYDVRIED K PLANGCAG ...文字列:
QVQLVESGGG LVKEETQSGL NNYARVVEKG QYDSLEIPAQ VAASWESGRD DAAVFGFIDK EQLDKYVANG GKRSDWTVKF AENRSQDGT LLGYSLLQES VDQASYMYSD NHYLAEMATI LGKPEEAKRY RQLAQQLADY INTCMFDPTT QFYYDVRIED K PLANGCAG KPIVERGKGP EGWSPLFNGA ATQANADAVV KVMLDPKEFN TFVPLGTAAL TNPAFGADIY WRGRVWVDQF WF GLKGMER YGYRDDALKL ADTFFRHAKG LTADGPIQEN YNPLTGAQQG APNFSWSAAH LYMLYNDFFR KQASGGGSGG GGS GGGGSG NADNYKNVIN RTGAPQYMKD YDYDDHQRFN PFFDLGAWHG HLLPDGPNTM GGFPGVALLT EEYINFMASN FDRL TVWQD GKKVDFTLEA YSIPGALVQK LTAKDVQVEM TLRFATPRTS LLETKITSNK PLDLVWDGEL LEKLEAKEGK PLSDK TIAG EYPDYQRKIS ATRDGLKVTF GKVRATWDLL TSGESEYQVH KSLPVQTEIN GNRFTSKAHI NGSTTLYTTY SHLLTA QEV SKEQMQIRDI LARPAFYLTA SQQRWEEYLK KGLTNPDATP EQTRVAVKAI ETLNGNWRSP GGAVKFNTVT PSVTGRW FS GNQTWPWDTW KQAFAMAHFN PDIAKENIRA VFSWQIQPGD SVRPQDVGFV PDLIAWNLSP ERGGDGGNWN ERNTKPSL A AWSVMEVYNV TQDKTWVAEM YPKLVAYHDW WLRNRDHNGN GVPEYGATRD KAHNTESGEM LFTVKKSLRL SCAASTNLR SYAMAWFRQA PGKEREFVSF INWNYGNTRY ADSVKGRFTI SRDNAKITVY LQMNSLKPED TAVYYCAAAT IGRLAGIDST TLYDYWGQG TQVTVSSHHH HHHEPEA

UniProtKB: Glucosidase YgjK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 56.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The initial model for Nanobody was created using I-TASSER server.
詳細: Transporter was modelled de novo.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184768
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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