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- PDB-7pqq: Structure of thermostabilised human NTCP in complex with Megabody 91 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pqq
タイトルStructure of thermostabilised human NTCP in complex with Megabody 91
要素
  • Anti-RON nanobody,Megabody 91,Glucosidase YgjK
  • Sodium/bile acid cotransporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / bile acid transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosidase complex / alpha,alpha-trehalase activity / trehalose catabolic process / bile acid:sodium symporter activity / glucosidase activity / bile acid transmembrane transporter activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / oligosaccharide catabolic process / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts ...glucosidase complex / alpha,alpha-trehalase activity / trehalose catabolic process / bile acid:sodium symporter activity / glucosidase activity / bile acid transmembrane transporter activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / oligosaccharide catabolic process / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / : / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / DNA damage response / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Glucosidase YgjK, N-terminal / Na+/H+ antiporter like fold - #20 / Glycoside hydrolase, family 37 / Na+/H+ antiporter like fold / : / Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain / Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family ...: / Glucosidase YgjK, N-terminal / Na+/H+ antiporter like fold - #20 / Glycoside hydrolase, family 37 / Na+/H+ antiporter like fold / : / Mannosylglycerate hydrolase MGH1-like glycoside hydrolase domain / Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucosidase YgjK / Hepatic sodium/bile acid cotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Goutam, K. / Reyes, N.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)309657European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural basis of sodium-dependent bile salt uptake into the liver.
著者: Kapil Goutam / Francesco S Ielasi / Els Pardon / Jan Steyaert / Nicolas Reyes /
要旨: The liver takes up bile salts from blood to generate bile, enabling absorption of lipophilic nutrients and excretion of metabolites and drugs. Human Na-taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP) ...The liver takes up bile salts from blood to generate bile, enabling absorption of lipophilic nutrients and excretion of metabolites and drugs. Human Na-taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP) is the main bile salt uptake system in liver. NTCP is also the cellular entry receptor of human hepatitis B and D viruses (HBV/HDV), and has emerged as an important target for antiviral drugs. However, the molecular mechanisms underlying NTCP transport and viral receptor functions remain incompletely understood. Here we present cryo-electron microscopy structures of human NTCP in complexes with nanobodies, revealing key conformations of its transport cycle. NTCP undergoes a conformational transition opening a wide transmembrane pore that serves as the transport pathway for bile salts, and exposes key determinant residues for HBV/HDV binding to the outside of the cell. A nanobody that stabilizes pore closure and inward-facing states impairs recognition of the HBV/HDV receptor-binding domain preS1, demonstrating binding selectivity of the viruses for open-to-outside over inward-facing conformations of the NTCP transport cycle. These results provide molecular insights into NTCP 'gated-pore' transport and HBV/HDV receptor recognition mechanisms, and are expected to help with development of liver disease therapies targeting NTCP.
履歴
登録2021年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/bile acid cotransporter
B: Anti-RON nanobody,Megabody 91,Glucosidase YgjK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,2352
ポリマ－138,2352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1840 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20240 Å2

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要素

#1: タンパク質 Sodium/bile acid cotransporter / Cell growth-inhibiting gene 29 protein / Na(+)/bile acid cotransporter / Na(+)/taurocholate ...Cell growth-inhibiting gene 29 protein / Na(+)/bile acid cotransporter / Na(+)/taurocholate transport protein / Sodium/taurocholate cotransporting polypeptide / Solute carrier family 10 member 1 / NTCP


分子量: 36652.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC10A1, NTCP, GIG29 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14973
#2: 抗体 Anti-RON nanobody,Megabody 91,Glucosidase YgjK / Megabody 91


分子量: 101583.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein is a fusion with Lama Glama and Escherichia Coli K-12 as its natural source.
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 株: K12 / 遺伝子: ygjK, b3080, JW3051 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Variant (発現宿主): It is a fusion protein having lama glama and Escherichia Coli K12 as the source.
参照: UniProt: P42592, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human NTCP complexed with Megabody 91 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 56.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184768 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 39.62 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00383274
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6784439
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411530
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042540
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.13311179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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