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万見
- EMDB-1356: Structural basis for the PufX-mediated dimerization of bacterial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1356
タイトルStructural basis for the PufX-mediated dimerization of bacterial photosynthetic core complexes.
マップデータ3D map file of Rhobacter veldkampii LH1-RC obtained by cryoEM and low-pass filtered at a resolution of 11 angstroems
試料
  • 試料: Core complex of Rhodobacter veldkampii
  • タンパク質・ペプチド: core complex of Rba. veldkampii
生物種Rhodobacter veldkampii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Busselez J / Cottevieille M / Cuniasse P / Boisset N / Levy D
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural basis for the PufX-mediated dimerization of bacterial photosynthetic core complexes.
著者: Johan Busselez / Magali Cottevieille / Philippe Cuniasse / Francesca Gubellini / Nicolas Boisset / Daniel Lévy /
要旨: In Rhodobacter (Rba.) sphaeroides, the subunit PufX is involved in the dimeric organization of the core complex. Here, we report the 3D reconstruction at 12 A by cryoelectron microscopy of the core ...In Rhodobacter (Rba.) sphaeroides, the subunit PufX is involved in the dimeric organization of the core complex. Here, we report the 3D reconstruction at 12 A by cryoelectron microscopy of the core complex of Rba. veldkampii, a complex of approximately 300 kDa without symmetry. The core complex is monomeric and constituted by a light-harvesting complex 1 (LH1) ring surrounding a uniquely oriented reaction center (RC). The LH1 consists of 15 resolved alpha/beta heterodimers and is interrupted. Within the opening, PufX polypeptide is assigned at a position facing the Q(B) site of the RC. This core complex is different from a dissociated dimer of the core complex of Rba. sphaeroides revealing that PufX in Rba. veldkampii is unable to dimerize. The absence in PufX of Rba. veldkampii of a G(31)XXXG(35) dimerization motif highlights the transmembrane interactions between PufX subunits involved in the dimerization of the core complexes of Rhodobacter species.
履歴
登録2007年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年5月3日-
マップ公開2008年1月7日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0095
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0095
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1356.png

emd_1356.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map file of Rhobacter veldkampii LH1-RC obtained by cryoEM and low-pass filtered at a resolution of 11 angstroems
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.95 Å/pix.
x 116 pix.
= 226.2 Å		1.95 Å/pix.
x 116 pix.
= 226.2 Å		1.95 Å/pix.
x 116 pix.
= 226.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.00493 / ムービー #1: 0.0095
最小 - 最大-0.0353536 - 0.0627238
平均 (標準偏差)0.0000379676 (±0.00326315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-58-58-58
サイズ116116116
Spacing116116116
セルA=B=C: 226.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.951.951.95
M x/y/z116116116
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z226.200226.200226.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-58-58-58
NC/NR/NS116116116
D min/max/mean-0.0350.0630.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Core complex of Rhodobacter veldkampii

全体名称: Core complex of Rhodobacter veldkampii
要素
  • 試料: Core complex of Rhodobacter veldkampii
  • タンパク質・ペプチド: core complex of Rba. veldkampii

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超分子 #1000: Core complex of Rhodobacter veldkampii

超分子名称: Core complex of Rhodobacter veldkampii / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomers / Number unique components: 1
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: core complex of Rba. veldkampii

分子名称: core complex of Rba. veldkampii / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: LH1-RC of Rba. veldkampii / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Rhodobacter veldkampii (バクテリア) / 株: DSM 11550
分子量実験値: 300 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: Glycine-glycine 50 mM, NaCl 200 mM, DOTM 0.1 %
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: CRYOEM : 4 microL were applied on a Lacey Formwar grid.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger / 手法: Manual single-sided blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 93 K / 最高: 94 K
詳細low-dose illumination
日付2005年6月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 74 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: Scanner model : Nikon Coolscan 8000ED / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 45000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.46 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.87 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Particles were semi-automatically selected using Boxer algorithm of EMAN software
CTF補正詳細: Wiener filtration on volumes
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 27000
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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