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- EMDB-13507: Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13507
タイトルCryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 3er/2er, young JASP-stabilized F-actin)
マップデータSharpened map of the central three F-actin and two myosin-V-LC molecules filtered to local resolution
試料
  • 複合体: Young actomyosin-V complex in the rigor state
    • タンパク質・ペプチド: Unconventional myosin-Va
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
    • タンパク質・ペプチド: Myosin light chain 6B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Jasplakinolide
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end directed microfilament motor activity / unconventional myosin complex / insulin-responsive compartment / vesicle transport along actin filament / muscle myosin complex / muscle filament sliding / myosin II complex / myosin complex / structural constituent of muscle / cytoskeletal motor activator activity ...minus-end directed microfilament motor activity / unconventional myosin complex / insulin-responsive compartment / vesicle transport along actin filament / muscle myosin complex / muscle filament sliding / myosin II complex / myosin complex / structural constituent of muscle / cytoskeletal motor activator activity / microfilament motor activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / cytoskeletal motor activity / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / Smooth Muscle Contraction / stress fiber / skeletal muscle fiber development / titin binding / vesicle-mediated transport / skeletal muscle tissue development / muscle contraction / actin filament polymerization / filopodium / actin filament organization / protein localization to plasma membrane / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cellular response to insulin stimulus / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / cell body / vesicle / calmodulin binding / hydrolase activity / protein domain specific binding / Golgi membrane / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin 5a, cargo-binding domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. ...Myosin 5a, cargo-binding domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / EF-hand, calcium binding motif / ATPase, nucleotide binding domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain 6B / Actin, alpha skeletal muscle / Unconventional myosin-Va
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / Rabbit (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pospich S / Sweeney HL / Houdusse A / Raunser S
資金援助 ドイツ, European Union, フランス, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European CommissionERC-2019-SyG 856118European Union
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0029-01 フランス
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01-DC009100 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: High-resolution structures of the actomyosin-V complex in three nucleotide states provide insights into the force generation mechanism.
著者: Sabrina Pospich / H Lee Sweeney / Anne Houdusse / Stefan Raunser /
要旨: The molecular motor myosin undergoes a series of major structural transitions during its force-producing motor cycle. The underlying mechanism and its coupling to ATP hydrolysis and actin binding are ...The molecular motor myosin undergoes a series of major structural transitions during its force-producing motor cycle. The underlying mechanism and its coupling to ATP hydrolysis and actin binding are only partially understood, mostly due to sparse structural data on actin-bound states of myosin. Here, we report 26 high-resolution cryo-EM structures of the actomyosin-V complex in the strong-ADP, rigor, and a previously unseen post-rigor transition state that binds the ATP analog AppNHp. The structures reveal a high flexibility of myosin in each state and provide valuable insights into the structural transitions of myosin-V upon ADP release and binding of AppNHp, as well as the actomyosin interface. In addition, they show how myosin is able to specifically alter the structure of F-actin.
履歴
登録2021年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月22日-
マップ公開2021年12月22日-
更新2021年12月22日-
現状2021年12月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7plz
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13507.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of the central three F-actin and two myosin-V-LC molecules filtered to local resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.022857485 - 0.05325577
平均 (標準偏差)6.450961e-05 (±0.00095545646)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0230.0530.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13507_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map of the central three F-actin and...

ファイルemd_13507_additional_1.map
注釈Sharpened map of the central three F-actin and two myosin-V-LC molecules filtered to nominal resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Denoised map of the central three F-actin and...

ファイルemd_13507_additional_2.map
注釈Denoised map of the central three F-actin and two myosin-V-LC molecules (LAFTER)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of full filament

ファイルemd_13507_half_map_1.map
注釈Half map of full filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map of full filament

ファイルemd_13507_half_map_2.map
注釈Half map of full filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Young actomyosin-V complex in the rigor state

全体名称: Young actomyosin-V complex in the rigor state
要素
  • 複合体: Young actomyosin-V complex in the rigor state
    • タンパク質・ペプチド: Unconventional myosin-Va
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
    • タンパク質・ペプチド: Myosin light chain 6B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Jasplakinolide

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超分子 #1: Young actomyosin-V complex in the rigor state

超分子名称: Young actomyosin-V complex in the rigor state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Young ADP-Pi-bound F-actin stabilized with jasplakinolide and decorated with myosin-Va-LC in the rigor state (nucleotide-free)

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分子 #1: Unconventional myosin-Va

分子名称: Unconventional myosin-Va / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 91.363953 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAASELYTKY ARVWIPDPEE VWKSAELLKD YKPGDKVLQL RLEEGKDLEY CLDPKTKELP PLRNPDILVG ENDLTALSYL HEPAVLHNL KVRFIDSKLI YTYCGIVLVA INPYEQLPIY GEDIINAYSG QNMGDMDPHI FAVAEEAYKQ MARDERNQSI I VSGESGAG ...文字列:
MAASELYTKY ARVWIPDPEE VWKSAELLKD YKPGDKVLQL RLEEGKDLEY CLDPKTKELP PLRNPDILVG ENDLTALSYL HEPAVLHNL KVRFIDSKLI YTYCGIVLVA INPYEQLPIY GEDIINAYSG QNMGDMDPHI FAVAEEAYKQ MARDERNQSI I VSGESGAG KTVSAKYAMR YFATVSGSAS EANVEEKVLA SNPIMESIGN AKTTRNDNSS RFGKYIEIGF DKRYRIIGAN MR TYLLEKS RVVFQAEEER NYHIFYQLCA SAALPEFKTL RLGNANYFHY TKQGGSPVID GIDDAKEMVN TRQACTLLGI SDS YQMGIF RILAGILHLG NVEFASRDSD SCAIPPKHDP LTIFCDLMGV DYEEMAHWLC HRKLATATET YIKPISKLHA INAR DALAK HIYANLFNWI VDHVNKALHS TVKQHSFIGV LDIYGFETFE INSFEQFCIN YANEKLQQQF NMHVFKLEQE EYMKE QIPW TLIDFYDNQP CINLIEAKMG VLDLLDEECK MPKGSDDTWA QKLYNTHLNK CALFEKPRLS NKAFIIKHFA DKVEYQ CEG FLEKNKDTVY EEQIKVLKSS KKFKLLPELF QDEEKAISPT SATPSGRVPL SRTPVKPAKA RPGQTSKEHK KTVGHQF RN SLHLLMETLN ATTPHYVRCI KPNDFKFPFT FDEKRAVQQL RACGVLETIR ISAAGFPSRW TYQEFFSRYR VLMKQKDV L SDRKQTCKNV LEKLILDKDK YQFGKTKIFF RAGQVAYLEK IRADKLRAAC IRIQKTIRGW LMRKKYMRMR R

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分子 #2: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 42.109973 KDa
配列文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG ...文字列:
MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG DGVTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSS S LEKSYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQ KEITALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F

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分子 #3: Myosin light chain 6B

分子名称: Myosin light chain 6B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.090277 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MIEFNKDQLE EFKEAFELFD RVGDGKILYS QCGDVMRALG QNPTNAEVLK VLGNPKSDEL KSRRVDFETF LPMLQAVAKN RGQGTYEDY LEGFRVFDKE GNGKVMGAEL RHVLTTLGEK MTEEEVETVL AGHEDSNGCI NYEAFLKHIL SV

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: Jasplakinolide

分子名称: Jasplakinolide / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: 9UE
分子量理論値: 709.67 Da
Chemical component information

ChemComp-9UE:
Jasplakinolide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: On grid decoration.
詳細Rise 27.7 A, Twist -167.1 degrees

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs-corrected microscope / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3336 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 414148
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5jlh


詳細: Actomyosin only
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
詳細: No helical symmetry was applied. See original publication for details.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7ply

詳細An initial model of jasplakinolide was generated using elBow within Phenix inputting the SMILES string.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7plz:
Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 3er/2er, young JASP-stabilized F-actin)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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