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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13487 | ||||||||||||
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タイトル | Horse spleen apoferritin frozen under anaerobic conditions | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Cherrier MV / Vernede X / Fenel D / Martin L / Arragain B / Neumann E / Fontecilla-Camps JC / Schoehn G / Nicolet Y | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022 タイトル: Oxygen-Sensitive Metalloprotein Structure Determination by Cryo-Electron Microscopy. 著者: Mickaël V Cherrier / Xavier Vernède / Daphna Fenel / Lydie Martin / Benoit Arragain / Emmanuelle Neumann / Juan C Fontecilla-Camps / Guy Schoehn / Yvain Nicolet / 要旨: Metalloproteins are involved in key cell processes such as photosynthesis, respiration, and oxygen transport. However, the presence of transition metals (notably iron as a component of [Fe-S] ...Metalloproteins are involved in key cell processes such as photosynthesis, respiration, and oxygen transport. However, the presence of transition metals (notably iron as a component of [Fe-S] clusters) often makes these proteins sensitive to oxygen-induced degradation. Consequently, their study usually requires strict anaerobic conditions. Although X-ray crystallography has been the method of choice for solving macromolecular structures for many years, recently electron microscopy has also become an increasingly powerful structure-solving technique. We have used our previous experience with cryo-crystallography to develop a method to prepare cryo-EM grids in an anaerobic chamber and have applied it to solve the structures of apoferritin and the 3 [FeS]-containing pyruvate ferredoxin oxidoreductase (PFOR) at 2.40 Å and 2.90 Å resolution, respectively. The maps are of similar quality to the ones obtained under air, thereby validating our method as an improvement in the structural investigation of oxygen-sensitive metalloproteins by cryo-EM. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13487.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13487-v30.xml emd-13487.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13487.png | 217.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13487 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13487_validation.pdf.gz | 331.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13487_full_validation.pdf.gz | 331.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13487_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13487_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13487 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.899 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Apoferritin
全体 | 名称: Apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin
超分子 | 名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) / 器官: spleen |
組換発現 | 生物種: Escherichia (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 440 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 30 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Under anaerobic conditions. |
詳細 | From Sigma (A3641) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 961 / 平均露光時間: 5.5 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.5500000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.5500000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 118 |
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