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万見
- EMDB-1339: Genome sequence, structural proteins, and capsid organization of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1339
タイトルGenome sequence, structural proteins, and capsid organization of the cyanophage Syn5: a "horned" bacteriophage of marine synechococcus.
マップデータBacteriophage Syn5
試料
  • 試料: Syn5
  • ウイルス: Synechococcus phage Syn5 (ファージ)
生物種Synechococcus phage Syn5 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Pope WH / Weigele PR / Chang J / Pedulla ML / Ford ME / Houtz JM / Jiang W / Chiu W / Hatfull GF / Hendrix RW / King J
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2007
タイトル: Genome sequence, structural proteins, and capsid organization of the cyanophage Syn5: a "horned" bacteriophage of marine synechococcus.
著者: Welkin H Pope / Peter R Weigele / Juan Chang / Marisa L Pedulla / Michael E Ford / Jennifer M Houtz / Wen Jiang / Wah Chiu / Graham F Hatfull / Roger W Hendrix / Jonathan King /
要旨: Marine Synechococcus spp and marine Prochlorococcus spp are numerically dominant photoautotrophs in the open oceans and contributors to the global carbon cycle. Syn5 is a short-tailed cyanophage ...Marine Synechococcus spp and marine Prochlorococcus spp are numerically dominant photoautotrophs in the open oceans and contributors to the global carbon cycle. Syn5 is a short-tailed cyanophage isolated from the Sargasso Sea on Synechococcus strain WH8109. Syn5 has been grown in WH8109 to high titer in the laboratory and purified and concentrated retaining infectivity. Genome sequencing and annotation of Syn5 revealed that the linear genome is 46,214 bp with a 237 bp terminal direct repeat. Sixty-one open reading frames (ORFs) were identified. Based on genomic organization and sequence similarity to known protein sequences within GenBank, Syn5 shares features with T7-like phages. The presence of a putative integrase suggests access to a temperate life cycle. Assignment of 11 ORFs to structural proteins found within the phage virion was confirmed by mass-spectrometry and N-terminal sequencing. Eight of these identified structural proteins exhibited amino acid sequence similarity to enteric phage proteins. The remaining three virion proteins did not resemble any known phage sequences in GenBank as of August 2006. Cryo-electron micrographs of purified Syn5 virions revealed that the capsid has a single "horn", a novel fibrous structure protruding from the opposing end of the capsid from the tail of the virion. The tail appendage displayed an apparent 3-fold rather than 6-fold symmetry. An 18 A resolution icosahedral reconstruction of the capsid revealed a T=7 lattice, but with an unusual pattern of surface knobs. This phage/host system should allow detailed investigation of the physiology and biochemistry of phage propagation in marine photosynthetic bacteria.
履歴
登録2007年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年3月9日-
マップ公開2008年3月9日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.746914829
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.746914829
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1339.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacteriophage Syn5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.43 Å/pix.
x 144 pix.
= 781.92 Å		5.43 Å/pix.
x 144 pix.
= 781.92 Å		5.43 Å/pix.
x 144 pix.
= 781.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.43 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 3.57 / ムービー #1: 1.7469148
最小 - 最大-10.248900000000001 - 23.807700000000001
平均 (標準偏差)0.13807 (±2.3099)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 781.92 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.435.435.43
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z781.920781.920781.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-10.24923.8080.138

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Syn5

全体名称: Syn5
要素
  • 試料: Syn5
  • ウイルス: Synechococcus phage Syn5 (ファージ)

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超分子 #1000: Syn5

超分子名称: Syn5 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Synechococcus phage Syn5

超分子名称: Synechococcus phage Syn5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Cyanophage Syn5 / NCBI-ID: 438482 / 生物種: Synechococcus phage Syn5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Cyanophage Syn5
宿主生物種: Synechococcus (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 100mM NaCl, 100mM MgCl2, 50mM Tris
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度平均: 100 K
詳細55360 magnification on CCD
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SAVR / 使用した粒子像数: 2616

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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