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- EMDB-13255: The structure of E. coli MutL bound to a 3' resected DNA end -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13255
タイトルThe structure of E. coli MutL bound to a 3' resected DNA end
マップデータ
試料
  • 複合体: E. coli MutL N-terminal dimer bound to a 3' resected DNA end
    • 複合体: 3' resected DNA end
      • DNA: Template strand
      • DNA: Primer strand
    • 複合体: E. coli MutL N-terminal dimer
      • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein MutL
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードDNA mismatch repair / Protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site ...DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein MutL
類似検索 - 構成要素
生物種DNA molecule (その他) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Borsellini A / Lamers MH
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNEuropean Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: MutL binds to 3' resected DNA ends and blocks DNA polymerase access.
著者: Alessandro Borsellini / Joyce H G Lebbink / Meindert H Lamers /
要旨: DNA mismatch repair removes mis-incorporated bases after DNA replication and reduces the error rate a 100-1000-fold. After recognition of a mismatch, a large section of up to a thousand nucleotides ...DNA mismatch repair removes mis-incorporated bases after DNA replication and reduces the error rate a 100-1000-fold. After recognition of a mismatch, a large section of up to a thousand nucleotides is removed from the daughter strand followed by re-synthesis. How these opposite activities are coordinated is poorly understood. Here we show that the Escherichia coli MutL protein binds to the 3' end of the resected strand and blocks access of Pol I and Pol III. The cryo-EM structure of an 85-kDa MutL-DNA complex, determined to 3.7 Å resolution, reveals a unique DNA binding mode that positions MutL at the 3' end of a primer-template, but not at a 5' resected DNA end or a blunt DNA end. Hence, our work reveals a novel role for MutL in the final stages of mismatch repair by preventing premature DNA synthesis during removal of the mismatched strand.
履歴
登録2021年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13255.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 219.904 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 219.904 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 219.904 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.859 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.03163788 - 0.06550156
平均 (標準偏差)0.000099354096 (±0.0013708891)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 219.904 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli MutL N-terminal dimer bound to a 3' resected DNA end

全体名称: E. coli MutL N-terminal dimer bound to a 3' resected DNA end
要素
  • 複合体: E. coli MutL N-terminal dimer bound to a 3' resected DNA end
    • 複合体: 3' resected DNA end
      • DNA: Template strand
      • DNA: Primer strand
    • 複合体: E. coli MutL N-terminal dimer
      • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein MutL
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: E. coli MutL N-terminal dimer bound to a 3' resected DNA end

超分子名称: E. coli MutL N-terminal dimer bound to a 3' resected DNA end
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: 3' resected DNA end

超分子名称: 3' resected DNA end / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)

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超分子 #3: E. coli MutL N-terminal dimer

超分子名称: E. coli MutL N-terminal dimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: DNA mismatch repair protein MutL

分子名称: DNA mismatch repair protein MutL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 68.005508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPIQVLPPQL ANQIAAGEVV ERPASVVKEL VENSLDAGAT RIDIDIERGG AKLIRIRDNG CGIKKDELAL ALARHATSKI ASLDDLEAI ISLGFRGEAL ASISSVSRLT LTSRTAEQQE AWQAYAEGRD MNVTVKPAAH PVGTTLEVLD LFYNTPARRK F LRTEKTEF ...文字列:
MPIQVLPPQL ANQIAAGEVV ERPASVVKEL VENSLDAGAT RIDIDIERGG AKLIRIRDNG CGIKKDELAL ALARHATSKI ASLDDLEAI ISLGFRGEAL ASISSVSRLT LTSRTAEQQE AWQAYAEGRD MNVTVKPAAH PVGTTLEVLD LFYNTPARRK F LRTEKTEF NHIDEIIRRI ALARFDVTIN LSHNGKIVRQ YRAVPEGGQK ERRLGAICGT AFLEQALAIE WQHGDLTLRG WV ADPNHTT PALAEIQYCY VNGRMMRDRL INHAIRQACE DKLGADQQPA FVLYLEIDPH QVDVNVHPAK HEVRFHQSRL VHD FIYQGV LSVLQQQLET PLPLDDEPQP APRSIPENRV AAGRNHFAEP AAREPVAPRY TPAPASGSRP AAPWPNAQPG YQKQ QGEVY RQLLQTPAPM QKLKAPEPQE PALAANSQSF GRVLTIVHSD CALLERDGNI SLLSLPVAER WLRQAQLTPG EAPVC AQPL LIPLRLKVSA EEKSALEKAQ SALAELGIDF QSDAQHVTIR AVPLPLRQQN LQILIPELIG YLAKQSVFEP GNIAQW IAR NLMSEHAQWS MAQAITLLAD VERLCPQLVK TPPGGLLQSV DLHPAIKALK DE

UniProtKB: DNA mismatch repair protein MutL

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分子 #2: Template strand

分子名称: Template strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 6.841428 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DA)

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分子 #3: Primer strand

分子名称: Primer strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 3.941584 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)

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分子 #4: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3tris
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
0.01 %C58H114O26tween20
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 76 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 539000 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 539000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: model generated with initial model job type in RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 149000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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