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- EMDB-1323: Spontaneous reverse movement of mRNA-bound tRNA through the ribosome. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1323
タイトルSpontaneous reverse movement of mRNA-bound tRNA through the ribosome.
マップデータnone
試料
  • 試料: E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMEt
  • 複合体: E. Coli 70S
  • RNA: fMet-Val-tRNAVal
  • RNA: tRNAfMet
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Konevega AL / Fischer N / Semenkov YP / Stark H / Wintermeyer W / Rodnina MV
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2007
タイトル: Spontaneous reverse movement of mRNA-bound tRNA through the ribosome.
著者: Andrey L Konevega / Niels Fischer / Yuri P Semenkov / Holger Stark / Wolfgang Wintermeyer / Marina V Rodnina /
要旨: During the translocation step of protein synthesis, a complex of two transfer RNAs bound to messenger RNA (tRNA-mRNA) moves through the ribosome. The reaction is promoted by an elongation factor, ...During the translocation step of protein synthesis, a complex of two transfer RNAs bound to messenger RNA (tRNA-mRNA) moves through the ribosome. The reaction is promoted by an elongation factor, called EF-G in bacteria, which, powered by GTP hydrolysis, induces an open, unlocked conformation of the ribosome that allows for spontaneous tRNA-mRNA movement. Here we show that, in the absence of EF-G, there is spontaneous backward movement, or retrotranslocation, of two tRNAs bound to mRNA. Retrotranslocation is driven by the gain in affinity when a cognate E-site tRNA moves into the P site, which compensates the affinity loss accompanying the movement of peptidyl-tRNA from the P to the A site. These results lend support to the diffusion model of tRNA movement during translocation. In the cell, tRNA movement is biased in the forward direction by EF-G, which acts as a Brownian ratchet and prevents backward movement.
履歴
登録2007年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年2月16日-
マップ公開2007年4月18日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1323.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈none
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.174 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.704441 - 0.908106
平均 (標準偏差)-0.000395249 (±0.0872899)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ144144144
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.7040.908-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRN...

全体名称: E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMEt
要素
  • 試料: E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMEt
  • 複合体: E. Coli 70S
  • RNA: fMet-Val-tRNAVal
  • RNA: tRNAfMet

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超分子 #1000: E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRN...

超分子名称: E. Coli 70S-tRNA complex after retrotranslocation 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMEt
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3

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超分子 #1: E. Coli 70S

超分子名称: E. Coli 70S / タイプ: complex / ID: 1 / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL

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分子 #1: fMet-Val-tRNAVal

分子名称: fMet-Val-tRNAVal / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: tRNAfMet

分子名称: tRNAfMet / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine.
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Costume-made / 手法: Manual blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
平均電子線量: 19 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 166000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Particles selected using an automatic selection program.
CTF補正詳細: local
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 5001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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