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万見
- EMDB-13228: Cryo-electron tomogram of a hybrid virus particle generated by co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13228
タイトルCryo-electron tomogram of a hybrid virus particle generated by coinfection of human Influenza A virus and Respiratory Syncytial virus on lung cells.
マップデータCryo-electron tomogram of a hybrid virus particle generated during coinfection of Influenza A virus and Respiratory Syncytial virus in lung cells.
試料
  • ウイルス: Hybrid virus particle formed from RSV A2 and IAV PR8 (ウイルス)
キーワードhybrid virus / filament / glycoprotein spikes / RNPs / VIRUS
生物種Hybrid virus particle formed from RSV A2 and IAV PR8 (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Vijayakrishnan S / Haney J / Murcia PR
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N013166/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/9 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Coinfection by influenza A virus and respiratory syncytial virus produces hybrid virus particles.
著者: Joanne Haney / Swetha Vijayakrishnan / James Streetley / Kieran Dee / Daniel Max Goldfarb / Mairi Clarke / Margaret Mullin / Stephen D Carter / David Bhella / Pablo R Murcia /
要旨: Interactions between respiratory viruses during infection affect transmission dynamics and clinical outcomes. To identify and characterize virus-virus interactions at the cellular level, we ...Interactions between respiratory viruses during infection affect transmission dynamics and clinical outcomes. To identify and characterize virus-virus interactions at the cellular level, we coinfected human lung cells with influenza A virus (IAV) and respiratory syncytial virus (RSV). Super-resolution microscopy, live-cell imaging, scanning electron microscopy and cryo-electron tomography revealed extracellular and membrane-associated filamentous structures consistent with hybrid viral particles (HVPs). We found that HVPs harbour surface glycoproteins and ribonucleoproteins of IAV and RSV. HVPs use the RSV fusion glycoprotein to evade anti-IAV neutralizing antibodies and infect and spread among cells lacking IAV receptors. Finally, we show that IAV and RSV coinfection in primary cells of the bronchial epithelium results in viral proteins from both viruses co-localizing at the apical cell surface. Our observations define a previously unknown interaction between respiratory viruses that might affect virus pathogenesis by expanding virus tropism and enabling immune evasion.
履歴
登録2021年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2023年10月25日-
現状2023年10月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13228.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 648 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-electron tomogram of a hybrid virus particle generated during coinfection of Influenza A virus and Respiratory Syncytial virus in lung cells.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.99 Å/pix.
x 162 pix.
= 1942.704 Å		11.99 Å/pix.
x 1024 pix.
= 12279.808 Å		11.99 Å/pix.
x 1024 pix.
= 12279.808 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.992 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-6986.620600000000195 - 6655.004399999999805
平均 (標準偏差)17.468132000000001 (±175.44765000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0081
サイズ10241024162
Spacing10241024162
セルA: 12279.808 Å / B: 12279.808 Å / C: 1942.704 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hybrid virus particle formed from RSV A2 and IAV PR8

全体名称: Hybrid virus particle formed from RSV A2 and IAV PR8 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hybrid virus particle formed from RSV A2 and IAV PR8 (ウイルス)

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超分子 #1: Hybrid virus particle formed from RSV A2 and IAV PR8

超分子名称: Hybrid virus particle formed from RSV A2 and IAV PR8
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: This sample was A549 lung fibroblasts coinfected with both the PR8 strain of Influenza A virus and the A2 strain of Respiratory Syncytial Virus.
NCBI-ID: 1972429
生物種: Hybrid virus particle formed from RSV A2 and IAV PR8
Sci species strain: A2 and PR8 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: PR8 and A2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted from backside for 5 seconds before plunging..
詳細This sample was A549 lung fibroblasts coinfected with the human PR8 strain of Influenza A virus and A2 strain of Respiratory Syncytial virus directly on EM grids.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: British Biocell International / 直径: 20 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11)
ソフトウェア - 詳細: Tomograms reconstructed using Etomo module of IMOD
詳細: Tilt series were aligned and dose filtered using alignframes module in IMOD; tomograms were reconstructed using weighted back projection via the etomo module in IMOD. CTF correction was ...詳細: Tilt series were aligned and dose filtered using alignframes module in IMOD; tomograms were reconstructed using weighted back projection via the etomo module in IMOD. CTF correction was carried out using ctfplotter. Final tomograms were binned by 8 (bin8) to aid in visualisation and interpretation.
使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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