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- EMDB-13167: Mumps viral factory at a chronic infection stage in a HeLa cell u... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13167
タイトルMumps viral factory at a chronic infection stage in a HeLa cell under prolonged mild arsenite stress
マップデータTomogram of a viral factory in HeLa cells chronically infected by mumps virus after 6 h of 30 uM arsenite stress
試料
  • 細胞: Cytoplasmic mumps viral factory at chronic infection stage in a HeLa cell after 6 h of 30 uM arsenite stress
キーワードCryo-ET / cryo-FIB / Helical filament / Nucleocapsid / Protein-RNA complex / Viral factories / Host-virus / VIRUS
生物種Mumps virus genotype A (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Mahamid J / Zhang X / Ching C
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)760067European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanisms of stress-induced reactivation in mumps virus condensates.
著者: Xiaojie Zhang / Sindhuja Sridharan / Ievgeniia Zagoriy / Christina Eugster Oegema / Cyan Ching / Tim Pflaesterer / Herman K H Fung / Isabelle Becher / Ina Poser / Christoph W Müller / ...著者: Xiaojie Zhang / Sindhuja Sridharan / Ievgeniia Zagoriy / Christina Eugster Oegema / Cyan Ching / Tim Pflaesterer / Herman K H Fung / Isabelle Becher / Ina Poser / Christoph W Müller / Anthony A Hyman / Mikhail M Savitski / Julia Mahamid /
要旨: Negative-stranded RNA viruses can establish long-term persistent infection in the form of large intracellular inclusions in the human host and cause chronic diseases. Here, we uncover how cellular ...Negative-stranded RNA viruses can establish long-term persistent infection in the form of large intracellular inclusions in the human host and cause chronic diseases. Here, we uncover how cellular stress disrupts the metastable host-virus equilibrium in persistent infection and induces viral replication in a culture model of mumps virus. Using a combination of cell biology, whole-cell proteomics, and cryo-electron tomography, we show that persistent viral replication factories are dynamic condensates and identify the largely disordered viral phosphoprotein as a driver of their assembly. Upon stress, increased phosphorylation of the phosphoprotein at its interaction interface with the viral polymerase coincides with the formation of a stable replication complex. By obtaining atomic models for the authentic mumps virus nucleocapsid, we elucidate a concomitant conformational change that exposes the viral genome to its replication machinery. These events constitute a stress-mediated switch within viral condensates that provide an environment to support upregulation of viral replication.
履歴
登録2021年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13167.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13167.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 527.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of a viral factory in HeLa cells chronically infected by mumps virus after 6 h of 30 uM arsenite stress
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.05 Å/pix.
x 375 pix.
= 4893. Å		13.05 Å/pix.
x 720 pix.
= 9394.561 Å		13.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 6680.576 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-99.497259999999997 - 92.387794
平均 (標準偏差)0.8605723 (±3.0305398)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720512375
Spacing512720375
セルA: 6680.576 Å / B: 9394.561 Å / C: 4893.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13167_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Tomogram and nucleocapsid tracing of a viral factory...

ファイルemd_13167_additional_1.map
注釈Tomogram and nucleocapsid tracing of a viral factory in HeLa cells chronically infected by mumps virus after 6 h of 30 uM arsenite stress
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytoplasmic mumps viral factory at chronic infection stage in a H...

全体名称: Cytoplasmic mumps viral factory at chronic infection stage in a HeLa cell after 6 h of 30 uM arsenite stress
要素
  • 細胞: Cytoplasmic mumps viral factory at chronic infection stage in a HeLa cell after 6 h of 30 uM arsenite stress

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超分子 #1: Cytoplasmic mumps viral factory at chronic infection stage in a H...

超分子名称: Cytoplasmic mumps viral factory at chronic infection stage in a HeLa cell after 6 h of 30 uM arsenite stress
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mumps virus genotype A (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 600 / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 120
集束イオンビーム - 詳細: Rough milling was done with currents of 1 nA, gradually reduced to lower currents, down to 50 pA for the final polishing step. The value given for _em_focused_ion_ ...集束イオンビーム - 詳細: Rough milling was done with currents of 1 nA, gradually reduced to lower currents, down to 50 pA for the final polishing step. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos Cryo-FIB. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-11 / 実像数: 61 / 平均露光時間: 0.14 sec. / 平均電子線量: 2.61 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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