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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1316 | |||||||||
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タイトル | High-resolution electron microscopy of helical specimens: a fresh look at tobacco mosaic virus. | |||||||||
マップデータ | A 69 Angstrom section of the virus. The complete virus contains contains approximately 44 repeats of this 69 Angstrom section. The section contains 49 asymmetric units of the helical virus.Cube of 241 x 241 x 241 Angstrom | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Sachse C / Chen JZ / Coureux PD / Stroupe ME / Fandrich M / Grigorieff N | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2007 タイトル: High-resolution electron microscopy of helical specimens: a fresh look at tobacco mosaic virus. 著者: Carsten Sachse / James Z Chen / Pierre-Damien Coureux / M Elizabeth Stroupe / Marcus Fändrich / Nikolaus Grigorieff / 要旨: The treatment of helical objects as a string of single particles has become an established technique to resolve their three-dimensional (3D) structure using electron cryo-microscopy. It can be ...The treatment of helical objects as a string of single particles has become an established technique to resolve their three-dimensional (3D) structure using electron cryo-microscopy. It can be applied to a wide range of helical particles such as viruses, microtubules and helical filaments. We have made improvements to this approach using Tobacco Mosaic Virus (TMV) as a test specimen and obtained a map from 210,000 asymmetric units at a resolution better than 5 A. This was made possible by performing a full correction of the contrast transfer function of the microscope. Alignment of helical segments was helped by constraints derived from the helical symmetry of the virus. Furthermore, symmetrization was implemented by multiple inclusions of symmetry-related views in the 3D reconstruction. We used the density map to build an atomic model of TMV. The model was refined using a real-space refinement strategy that accommodates multiple conformers. The atomic model shows significant deviations from the deposited model for the helical form of TMV at the lower-radius region (residues 88 to 109). This region appears more ordered with well-defined secondary structure, compared with the earlier helical structure. The RNA phosphate backbone is sandwiched between two arginine side-chains, stabilizing the interaction between RNA and coat protein. A cluster of two or three carboxylates is buried in a hydrophobic environment isolating it from neighboring subunits. These carboxylates may represent the so-called Caspar carboxylates that form a metastable switch for viral disassembly. Overall, the observed differences suggest that the new model represents a different, more stable state of the virus, compared with the earlier published model. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1316.map.gz | 8.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1316-v30.xml emd-1316.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1316.gif | 60 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1316 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A 69 Angstrom section of the virus. The complete virus contains contains approximately 44 repeats of this 69 Angstrom section. The section contains 49 asymmetric units of the helical virus.Cube of 241 x 241 x 241 Angstrom | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.163 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tobacco Mosaic Virus
全体 | 名称: Tobacco Mosaic Virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Tobacco Mosaic Virus
超分子 | 名称: Tobacco Mosaic Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 37.5 MDa |
-超分子 #1: Tobacco mosaic virus
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Virus / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Virus |
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宿主 | 生物種: Nicotiana tabacum (タバコ) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS) |
分子量 | 実験値: 37.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Phosphate (5mM EDTA) |
グリッド | 詳細: Quantifoil grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: self-built model / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 最低: 93 K / 最高: 93 K / 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
日付 | 2005年11月22日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 実像数: 6 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 60190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider 詳細: Final map was calculated from the central 241x241x241 cube. |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND and CTFTILT phase-correction and amplitude-weighting of each paritcle after Grigorieff 1998 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: R |
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ソフトウェア | 名称: XPLOR |
詳細 | Protocol: Torsion angle dynamics. 2TMV pdb code structure was adjusted to fit the density for residues 88-109 and refined |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 90 当てはまり具合の基準: minimization of of least-square difference between observed and calculated densities |
得られたモデル | PDB-2om3: |