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万見
- EMDB-13151: Negative stain EM 3D Reconstruction of the Dam1cBim1p complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13151
タイトルNegative stain EM 3D Reconstruction of the Dam1cBim1p complex.
マップデータA Dam1 complex dimer with an attached "arch" of one Bim1p. This sample was crosslinked with glutaraldehyde.
試料
  • 複合体: Dam1pBim1p Complex
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to microtubule plus-end / mitotic spindle polar microtubule / mitotic spindle orientation checkpoint signaling / thigmotropism / 2-micrometer plasmid partitioning / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle pole body ...protein localization to microtubule plus-end / mitotic spindle polar microtubule / mitotic spindle orientation checkpoint signaling / thigmotropism / 2-micrometer plasmid partitioning / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle pole body / mitotic spindle midzone / protein localization to microtubule / attachment of spindle microtubules to kinetochore / nuclear migration along microtubule / microtubule plus-end / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule plus-end binding / microtubule depolymerization / microtubule organizing center / mitotic sister chromatid cohesion / cytoplasmic microtubule / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle assembly / spindle midzone / positive regulation of microtubule polymerization / spindle microtubule / mitotic spindle / spindle pole / microtubule / cell division / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DASH complex subunit Hsk3 / DASH complex subunit Hsk3-like / DASH complex subunit Hsk3 like / DASH complex subunit Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / Spc19 / DASH complex subunit Dad1 ...DASH complex subunit Hsk3 / DASH complex subunit Hsk3-like / DASH complex subunit Hsk3 like / DASH complex subunit Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dad4 / DASH complex subunit Dad4 / EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DASH complex subunit ASK1 / DASH complex subunit DAD2 / Protein BIM1 / DASH complex subunit DAM1 / DASH complex subunit DAD3 / DASH complex subunit DAD4 / DASH complex subunit HSK3 / DASH complex subunit SPC19 / DASH complex subunit DAD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Engelhard L / Bourque CB / Klink BU / Gatsogiannis C
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Phospho-regulated Bim1/EB1 interactions trigger Dam1c ring assembly at the budding yeast outer kinetochore.
著者: Alexander Dudziak / Lena Engelhard / Cole Bourque / Björn Udo Klink / Pascaline Rombaut / Nikolay Kornakov / Karolin Jänen / Franz Herzog / Christos Gatsogiannis / Stefan Westermann /
要旨: Kinetochores form the link between chromosomes and microtubules of the mitotic spindle. The heterodecameric Dam1 complex (Dam1c) is a major component of the Saccharomyces cerevisiae outer ...Kinetochores form the link between chromosomes and microtubules of the mitotic spindle. The heterodecameric Dam1 complex (Dam1c) is a major component of the Saccharomyces cerevisiae outer kinetochore, assembling into 3 MDa-sized microtubule-embracing rings, but how ring assembly is specifically initiated in vivo remains to be understood. Here, we describe a molecular pathway that provides local control of ring assembly during the establishment of sister kinetochore bi-orientation. We show that Dam1c and the general microtubule plus end-associated protein (+TIP) Bim1/EB1 form a stable complex depending on a conserved motif in the Duo1 subunit of Dam1c. EM analyses reveal that Bim1 crosslinks protrusion domains of adjacent Dam1c heterodecamers and promotes the formation of oligomers with defined curvature. Disruption of the Dam1c-Bim1 interaction impairs kinetochore localization of Dam1c in metaphase and delays mitosis. Phosphorylation promotes Dam1c-Bim1 binding by relieving an intramolecular inhibition of the Dam1 C-terminus. In addition, Bim1 recruits Bik1/CLIP-170 to Dam1c and induces formation of full rings even in the absence of microtubules. Our data help to explain how new kinetochore end-on attachments are formed during the process of attachment error correction.
履歴
登録2021年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年9月29日-
現状2021年9月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 20
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13151.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A Dam1 complex dimer with an attached "arch" of one Bim1p. This sample was crosslinked with glutaraldehyde.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.92 Å
密度
表面レベル登録者による: 20.0 / ムービー #1: 20
最小 - 最大-0.775786 - 162.91025
平均 (標準偏差)0.9978052 (±6.8564415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ767676
Spacing767676
セルA=B=C: 373.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.924.924.92
M x/y/z767676
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z373.920373.920373.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS767676
D min/max/mean-0.776162.9100.998

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dam1pBim1p Complex

全体名称: Dam1pBim1p Complex
要素
  • 複合体: Dam1pBim1p Complex
    • タンパク質・ペプチド: Ask1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Dam1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Dam1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Duo1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Spc19 protein of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Dad2p of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Dad1p of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Dad3p of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Dad4p of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Hsk3p of the Dam1c from S. cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: Bim1p of S. cerevisiae

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超分子 #1: Dam1pBim1p Complex

超分子名称: Dam1pBim1p Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: An unknown number of copies of Bim1p (2-4) binds to a dimeric complex formed by two Dam1c heterodecamers
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Ask1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Ask1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDSASKEETL EKLDQEITVN LQKIDSNLSF CFHKITQDII PHVATYSEIC ERIMDSTEWL GTMFQETGLV NLQANAAAPV GNAPVKSLVS NNVGIFPTSA EEASRQSQTD NGPNEADSAV HVNRDVHSMF NNDSIDDFHT ANITSTGQIL KLPDSSDEDT GSEAVPSREQ ...文字列:
MDSASKEETL EKLDQEITVN LQKIDSNLSF CFHKITQDII PHVATYSEIC ERIMDSTEWL GTMFQETGLV NLQANAAAPV GNAPVKSLVS NNVGIFPTSA EEASRQSQTD NGPNEADSAV HVNRDVHSMF NNDSIDDFHT ANITSTGQIL KLPDSSDEDT GSEAVPSREQ TDLTGEGHGG ADDEQDESTI QRQSRKRKIS LLLQQQYGSS SSMVPSPIVP NKMRKQLAHE EHINNDGDND DENSNNIESS PLKQGHHHPK GQADDNNEGP DEEESTKEVP KPGTIIHFST NR

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分子 #2: Dam1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Dam1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSEDKAKLGT TRSATEYRLS IGSAPTSRRS SMGESSSLMK FADQEGLTSS VGEYNENTIQ QLLLPKIREL SDSIITLDSN FTRLNFIHES LADLNESLGS LLYGIMSNSW CVEFSQAPHD IQDDLIAIKQ LKSLEDEKNN LVMELSNMER GIKRKKDEQG ENDLAKASQN ...文字列:
MSEDKAKLGT TRSATEYRLS IGSAPTSRRS SMGESSSLMK FADQEGLTSS VGEYNENTIQ QLLLPKIREL SDSIITLDSN FTRLNFIHES LADLNESLGS LLYGIMSNSW CVEFSQAPHD IQDDLIAIKQ LKSLEDEKNN LVMELSNMER GIKRKKDEQG ENDLAKASQN KQFNQPLFPS SQVRKYRSYD NRDKRKPSKI GNNLQVENEE DYEDDTSSEA SFVLNPTNIG MSKSSQGHVT KTTRLNNNTN SKLRRKSILH TIRNSIASGA DLPIENDNVV NLGDLHPNNR ISLGSGAARV VNGPVTKNRN SMFSGRAERK PTESRHSVAK KTEKKINTRP PFR

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分子 #3: Dam1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Dam1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGESLDRCID DINRAVDSMS TLYFKPPGIF HNAILQGASN KASIRKDITR LIKDCNHDEA YLLFKVNPEK QSVSRRDGKE GVFDYVIKRD TDMKRNRRLG RPGEKPIIHV PKEVYLNKDR LDLNNKRRRT ATTSGGGLNG FIFDTDLIGS SVISNSSSGT FKALSAVFKD ...文字列:
MGESLDRCID DINRAVDSMS TLYFKPPGIF HNAILQGASN KASIRKDITR LIKDCNHDEA YLLFKVNPEK QSVSRRDGKE GVFDYVIKRD TDMKRNRRLG RPGEKPIIHV PKEVYLNKDR LDLNNKRRRT ATTSGGGLNG FIFDTDLIGS SVISNSSSGT FKALSAVFKD DPQIQRLLYA LENGSVLMEE ESNNQRRKTI FVEDFPTDLI LKVMAEVTDL WPLTEFKQDY DQLYHNYEQL SSKLRFIKKE VLLQDDRLKT MSQYHPSSSH DVAKIIRKEK DEIRRLEMEI ANLQE

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分子 #4: Duo1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Duo1 protein of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSEQSQLDDS TIDKLIPQIF NEMRSNLNNT TNKFPKSTGG GASDNISANS NSIRSFNSIT TQSLLKESES LDKITAMIKN VTAALKNNLP VYVNQVHEVC KSTNSILDSW INIHSQAGYI HKLMSDQTYL KLINDRLHNE NVNTNDEDGS TLHNVIALKK KEILDLRQKL ...文字列:
MSEQSQLDDS TIDKLIPQIF NEMRSNLNNT TNKFPKSTGG GASDNISANS NSIRSFNSIT TQSLLKESES LDKITAMIKN VTAALKNNLP VYVNQVHEVC KSTNSILDSW INIHSQAGYI HKLMSDQTYL KLINDRLHNE NVNTNDEDGS TLHNVIALKK KEILDLRQKL ENRKGEKDAA PAKPPNQGLN PRYGVQSGRR PVPSAGISNN GRVRKTHVPA SKRPSGIPRV TNRWTKPTAS SSRKMFR

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分子 #5: Spc19 protein of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Spc19 protein of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MTDALEQSVL ALEGTVSVLK DSVESLKCAN EPSTNLASTM LQTKRVFRLV PEYDVERSKL DLIEEVEPLV RTLGDKLRKS MGRMQRELDT LQQTYELNDL RLKKNISMDD DDALNSPDMG QEYEGRDADD VVMMASSTNE ELEELKKLKE KKKQLENKLE ILKQK

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分子 #6: Dad2p of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Dad2p of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MDSIDEQIAI KRKELQSLQK ITSLTDGLKI QLTELNEQIK EMGMNADSVA QLMNNWDSII NNISQASLGL LQYAEGDYEI GPWKDSKKKE SEQSNETGLE AQENDKNDED NDEDEDLVPL PETMVRIRVD GNE

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分子 #7: Dad1p of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Dad1p of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MMASTSNDEE KLISTTDKYF IEQRNIVLQE INETMNSILN GLNGLNISLE SSIAVGREFQ SVSDLWKTLY DGLESLSDEA PIDEQPTLSQ SKTK

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分子 #8: Dad3p of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Dad3p of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MEHNLSPLQQ EVLDKYKQLS LDLKALDETI KELNYSQHRQ QHSQQETVSP DEILQEMRDI EVKIGLVGTL LKGSVYSLIL QRKQEQESLG SNSK

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分子 #9: Dad4p of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Dad4p of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MENPHEQVQA NILSRIIGNV KRLNESVAIL NQELVTINNR NKNLEIMGAI CDNYHSSVQF NLEATNNKKP PL

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分子 #10: Hsk3p of the Dam1c from S. cerevisiae

分子名称: Hsk3p of the Dam1c from S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MNANKQRQYN QLAHELRELQ TNLQETTKQL DIMSKQCNEN LVGQLGKVHG SWLIGSYIYY MEQMLGKTQ

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分子 #11: Bim1p of S. cerevisiae

分子名称: Bim1p of S. cerevisiae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAGIGESRT ELLTWLNGLL NLNYKKIEEC GTGAAYCQIM DSIYGDLPMN RVKFNATAEY EFQTNYKILQ SCFSRHGIEK TVYVDKLIRC KFQDNLEFLQ WLKKHWIRHK DESVYDPDAR RKYRPIITNN SATKPRTVSN PTTAKRSSST GTGSAMSGGL ATRHSSLGIN ...文字列:
MSAGIGESRT ELLTWLNGLL NLNYKKIEEC GTGAAYCQIM DSIYGDLPMN RVKFNATAEY EFQTNYKILQ SCFSRHGIEK TVYVDKLIRC KFQDNLEFLQ WLKKHWIRHK DESVYDPDAR RKYRPIITNN SATKPRTVSN PTTAKRSSST GTGSAMSGGL ATRHSSLGIN GSRKTSVTQG QLVAIQAELT KSQETIGSLN EEIEQYKGTV STLEIEREFY FNKLRDIEIL VHTTQDLINE GVYKFNDETI TGHGNGNGGA LLRFVKKVES ILYATAEGFE MNDGEDELND KNLGEHGTVP NQGGYANSNG EVNGNEGSNH DVIMQNDEGE VGVSNNLIID EETF

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素: (式: HEPES, NaCl, TCEP, Glycerol)
詳細: The sample was crosslinked using 0.5 % glutaraldehyde. The crosslinking reaction was stopped after 60 seconds by the addition of TRIS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: 4 microl of complex were applied on freshly glow-discharged carbon-coated copper grids (Agar Scientific, G400C). After an incubation of 2 minutes, the sample was blotted with Whatman no. 4 ...詳細: 4 microl of complex were applied on freshly glow-discharged carbon-coated copper grids (Agar Scientific, G400C). After an incubation of 2 minutes, the sample was blotted with Whatman no. 4 filter paper, washed 2 times with ddH2O and stained with 0.75 % uranyl formate.
グリッドモデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細25 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP and 2.5 (v/v) % glycerol

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 5.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial Model was computed using SPHIRE (VIPER module)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 36980
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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