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- EMDB-13137: In-cell subtomogram average of authentic mumps virus nucleocapsid... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13137
タイトルIn-cell subtomogram average of authentic mumps virus nucleocapsid in HeLa cells
マップデータAuthentic mumps virus nucleocapsid inside HeLa cells at prolonged stress treatment by subtomogram averaging
試料
  • 細胞: Authentic Mumps virus nucleocapsid-RNA complex inside HeLa cells
    • タンパク質・ペプチド: Mumps virus nucleocapsid protein
    • RNA: RNA
キーワードHelical filament / Nucleocapsid / Protein-RNA complex / Scaffold / VIRUS
生物種Mumps virus genotype A (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Mahamid J / Zhang X / Ching C
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)760067European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanisms of stress-induced reactivation in mumps virus condensates.
著者: Xiaojie Zhang / Sindhuja Sridharan / Ievgeniia Zagoriy / Christina Eugster Oegema / Cyan Ching / Tim Pflaesterer / Herman K H Fung / Isabelle Becher / Ina Poser / Christoph W Müller / ...著者: Xiaojie Zhang / Sindhuja Sridharan / Ievgeniia Zagoriy / Christina Eugster Oegema / Cyan Ching / Tim Pflaesterer / Herman K H Fung / Isabelle Becher / Ina Poser / Christoph W Müller / Anthony A Hyman / Mikhail M Savitski / Julia Mahamid /
要旨: Negative-stranded RNA viruses can establish long-term persistent infection in the form of large intracellular inclusions in the human host and cause chronic diseases. Here, we uncover how cellular ...Negative-stranded RNA viruses can establish long-term persistent infection in the form of large intracellular inclusions in the human host and cause chronic diseases. Here, we uncover how cellular stress disrupts the metastable host-virus equilibrium in persistent infection and induces viral replication in a culture model of mumps virus. Using a combination of cell biology, whole-cell proteomics, and cryo-electron tomography, we show that persistent viral replication factories are dynamic condensates and identify the largely disordered viral phosphoprotein as a driver of their assembly. Upon stress, increased phosphorylation of the phosphoprotein at its interaction interface with the viral polymerase coincides with the formation of a stable replication complex. By obtaining atomic models for the authentic mumps virus nucleocapsid, we elucidate a concomitant conformational change that exposes the viral genome to its replication machinery. These events constitute a stress-mediated switch within viral condensates that provide an environment to support upregulation of viral replication.
履歴
登録2021年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13137.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Authentic mumps virus nucleocapsid inside HeLa cells at prolonged stress treatment by subtomogram averaging
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.63 Å/pix.
x 256 pix.
= 417.536 Å		1.63 Å/pix.
x 256 pix.
= 417.536 Å		1.63 Å/pix.
x 256 pix.
= 417.536 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.631 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-0.4819464 - 1.3827438
平均 (標準偏差)0.012148921 (±0.0726092)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 417.536 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Authentic Mumps virus nucleocapsid-RNA complex inside HeLa cells

全体名称: Authentic Mumps virus nucleocapsid-RNA complex inside HeLa cells
要素
  • 細胞: Authentic Mumps virus nucleocapsid-RNA complex inside HeLa cells
    • タンパク質・ペプチド: Mumps virus nucleocapsid protein
    • RNA: RNA

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超分子 #1: Authentic Mumps virus nucleocapsid-RNA complex inside HeLa cells

超分子名称: Authentic Mumps virus nucleocapsid-RNA complex inside HeLa cells
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mumps virus genotype A (ウイルス)

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分子 #1: Mumps virus nucleocapsid protein

分子名称: Mumps virus nucleocapsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mumps virus genotype A (ウイルス)
配列文字列: MSSVLKAFER FTIEQELQDR GEEGSIPPET LKSAVKVFVI NTPNPTTRYQ MLNFCLRIIC SQNARASHRV GALITLFSLP SAGMQNHIRL ADRSPEAQIE RCEIDGFEPG TYRLIPNARA NLTANEIAAY ALLADDLPPT INNGTPYVHA DVEGQPCDEI EQFLDRCYSV ...文字列:
MSSVLKAFER FTIEQELQDR GEEGSIPPET LKSAVKVFVI NTPNPTTRYQ MLNFCLRIIC SQNARASHRV GALITLFSLP SAGMQNHIRL ADRSPEAQIE RCEIDGFEPG TYRLIPNARA NLTANEIAAY ALLADDLPPT INNGTPYVHA DVEGQPCDEI EQFLDRCYSV LIQAWVMVCK CMTAYDQPAG SADRRFAKYQ QQGRLEARYM LQPEAQRLIQ TAIRKSLVVR QYLTFELQLA RRQGLLSNRY YAMVGDIGKY IENSGLTAFF LTLKYALGTK WSPLSLAAFT GELTKLRSLM MLYRDIGEQA RYLALLEAPQ IMDFAPGGYP LIFSYAMGVG TVLDAQMRNY TYARPFLNGY YFQIGVETAR RQQGTVDNRV ADDLGLTPEQ RTEVTQLVDR LARGRGAGIP GGPVNPFVPP VQQQQPAAVY ADIPALEESD DDGDEDGGAG FQNGVQVPAV RQGGQTDFRA QPLQDPIQAQ LFMPLYPQVS NIPSNQNHQI NRIGGLENQD LLRYNENGDS QQDARGEHGN TFPNNPNQNA QLQVGDWDE

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分子 #2: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 2
由来(天然)生物種: Mumps virus genotype A (ウイルス)
配列文字列:
UUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
詳細HeLa cells were chronically infected by mumps virus. HeLa cells thinned by cryo-focused ion beam milling.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 0.16 sec. / 平均電子線量: 2.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.75 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.21 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -27.17 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 2178
抽出トモグラム数: 6 / 使用した粒子像数: 2567 / 手法: filament tracing / ソフトウェア: (名称: Dynamo, Warp) / 詳細: filament tracing module in Amira
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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