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- EMDB-13119: S. agalactiae BusR in complex with its busA-promotor DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13119
タイトルS. agalactiae BusR in complex with its busA-promotor DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: transcriptional repressor BusR bound to target DNA
    • タンパク質・ペプチド: GntR family transcriptional regulator
    • DNA: pBusA_rev
    • DNA: pBusA_for
  • リガンド: (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide
キーワードRepressor / complex / GntR / Transcription / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GntR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å
データ登録者Bandera AM / Witte G
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)WI3717/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: BusR senses bipartite DNA binding motifs by a unique molecular ruler architecture.
著者: Adrian M Bandera / Joseph Bartho / Katja Lammens / David Jan Drexler / Jasmin Kleinschwärzer / Karl-Peter Hopfner / Gregor Witte /
要旨: The cyclic dinucleotide second messenger c-di-AMP is a major player in regulation of potassium homeostasis and osmolyte transport in a variety of bacteria. Along with various direct interactions with ...The cyclic dinucleotide second messenger c-di-AMP is a major player in regulation of potassium homeostasis and osmolyte transport in a variety of bacteria. Along with various direct interactions with proteins such as potassium channels, the second messenger also specifically binds to transcription factors, thereby altering the processes in the cell on the transcriptional level. We here describe the structural and biochemical characterization of BusR from the human pathogen Streptococcus agalactiae. BusR is a member of a yet structurally uncharacterized subfamily of the GntR family of transcription factors that downregulates transcription of the genes for the BusA (OpuA) glycine-betaine transporter upon c-di-AMP binding. We report crystal structures of full-length BusR, its apo and c-di-AMP bound effector domain, as well as cryo-EM structures of BusR bound to its operator DNA. Our structural data, supported by biochemical and biophysical data, reveal that BusR utilizes a unique domain assembly with a tetrameric coiled-coil in between the binding platforms, serving as a molecular ruler to specifically recognize a 22 bp separated bipartite binding motif. Binding of c-di-AMP to BusR induces a shift in equilibrium from an inactivated towards an activated state that allows BusR to bind the target DNA, leading to transcriptional repression.
履歴
登録2021年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oz3
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13119.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.776 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.776 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.776 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.046 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大-0.037420247 - 0.07822399
平均 (標準偏差)0.00017319388 (±0.0020986376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 267.776 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0461.0461.046
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z267.776267.776267.776
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0370.0780.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13119_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13119_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13119_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : transcriptional repressor BusR bound to target DNA

全体名称: transcriptional repressor BusR bound to target DNA
要素
  • 複合体: transcriptional repressor BusR bound to target DNA
    • タンパク質・ペプチド: GntR family transcriptional regulator
    • DNA: pBusA_rev
    • DNA: pBusA_for
  • リガンド: (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide

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超分子 #1: transcriptional repressor BusR bound to target DNA

超分子名称: transcriptional repressor BusR bound to target DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Streptococcus agalactiae (バクテリア)
分子量理論値: 122 KDa

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分子 #1: GntR family transcriptional regulator

分子名称: GntR family transcriptional regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus agalactiae (バクテリア)
分子量理論値: 23.88016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPMVSEQSEI VTSKYQKIAV AVAQRIANGD YEVGEKLKSR TTIASTFNVS PETARKGLNI LADLQILTLK HGSGAIILSK EKAIEFLNQ YETSHSVAIL KGKIRDNIKA QQQEMEELAT LVDDFLLQTR AVSKQYPLAP YEIIVSEDSE HLGKSIGELN V WHQTGATI ...文字列:
GPMVSEQSEI VTSKYQKIAV AVAQRIANGD YEVGEKLKSR TTIASTFNVS PETARKGLNI LADLQILTLK HGSGAIILSK EKAIEFLNQ YETSHSVAIL KGKIRDNIKA QQQEMEELAT LVDDFLLQTR AVSKQYPLAP YEIIVSEDSE HLGKSIGELN V WHQTGATI VAIEHEGKFI VSPGPFSVIE QGDHIFFVGD EDVYARMKTY FNLRMGL

UniProtKB: GntR family transcriptional regulator

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分子 #2: pBusA_rev

分子名称: pBusA_rev / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptococcus agalactiae (バクテリア)
分子量理論値: 46.903086 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA) (DT) (DC)(DG)(DT)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA) (DT) (DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)

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分子 #3: pBusA_for

分子名称: pBusA_for / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Streptococcus agalactiae (バクテリア)
分子量理論値: 46.903062 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA) (DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG)(DT) (DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)

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分子 #4: (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-...

分子名称: (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: 2BA
分子量理論値: 658.412 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes
100.0 mMsodium chlorideNaCl

詳細: degassed, filtered
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K
詳細: 0.05% beta-octyl glycoside added prior to plunge freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7b5t


詳細: structure of ligand-free full-length BusR
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 112451
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7b5t

residue_range: 1-127, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7b5u

residue_range: 136-200, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細RCK_C domains were build by rigid body fit of the model 7B5U. The flexible linker between RCK_C domain and coiled-coil domain were build de novo.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 177
得られたモデル

PDB-7oz3:
S. agalactiae BusR in complex with its busA-promotor DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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