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- EMDB-13118: Cryo-EM structure of ABCG1 E242Q mutant with ATP and cholesteryl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13118
タイトルCryo-EM structure of ABCG1 E242Q mutant with ATP and cholesteryl hemisuccinate bound
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Human ABCG1 with bound ATP and CHS
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of ATP-binding cassette sub-family G member 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type sterol transporter activity / glycoprotein transport / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / intracellular cholesterol transport / toxin transmembrane transporter activity / ABC transporters in lipid homeostasis / floppase activity / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / phosphatidylcholine floppase activity / phospholipid homeostasis ...ABC-type sterol transporter activity / glycoprotein transport / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / intracellular cholesterol transport / toxin transmembrane transporter activity / ABC transporters in lipid homeostasis / floppase activity / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / phosphatidylcholine floppase activity / phospholipid homeostasis / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / cholesterol transfer activity / reverse cholesterol transport / low-density lipoprotein particle remodeling / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / HDL remodeling / cholesterol efflux / regulation of cholesterol metabolic process / cholesterol binding / positive regulation of amyloid-beta formation / response to lipid / negative regulation of cholesterol storage / amyloid precursor protein catabolic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / positive regulation of protein secretion / ADP binding / recycling endosome / transmembrane transport / phospholipid binding / endosome / protein heterodimerization activity / Golgi membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pigment precursor permease/Protein ATP-binding cassette sub-family G / ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...Pigment precursor permease/Protein ATP-binding cassette sub-family G / ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family G member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Skarda L / Kowal J / Locher KP
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the Human Cholesterol Transporter ABCG1.
著者: Liga Skarda / Julia Kowal / Kaspar P Locher /
要旨: ABCG1 is an ATP binding cassette (ABC) transporter that removes excess cholesterol from peripheral tissues. Despite its role in preventing lipid accumulation and the development of cardiovascular and ...ABCG1 is an ATP binding cassette (ABC) transporter that removes excess cholesterol from peripheral tissues. Despite its role in preventing lipid accumulation and the development of cardiovascular and metabolic disease, the mechanism underpinning ABCG1-mediated cholesterol transport is unknown. Here we report a cryo-EM structure of human ABCG1 at 4 Å resolution in an inward-open state, featuring sterol-like density in the binding cavity. Structural comparison with the multidrug transporter ABCG2 and the sterol transporter ABCG5/G8 reveals the basis of mechanistic differences and distinct substrate specificity. Benzamil and taurocholate inhibited the ATPase activity of liposome-reconstituted ABCG1, whereas the ABCG2 inhibitor Ko143 did not. Based on the structural insights into ABCG1, we propose a mechanism for ABCG1-mediated cholesterol transport.
履歴
登録2021年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月22日-
マップ公開2021年9月22日-
更新2021年9月29日-
現状2021年9月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oz1
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13118.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å		0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å		0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.04864176 - 0.059445824
平均 (標準偏差)3.3738164e-05 (±0.0021319638)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 253.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.660.660.66
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z253.440253.440253.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0490.0590.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human ABCG1 with bound ATP and CHS

全体名称: Human ABCG1 with bound ATP and CHS
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Human ABCG1 with bound ATP and CHS
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of ATP-binding cassette sub-family G member 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

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超分子 #1: Human ABCG1 with bound ATP and CHS

超分子名称: Human ABCG1 with bound ATP and CHS / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform 4 of ATP-binding cassette sub-family G member 1

分子名称: Isoform 4 of ATP-binding cassette sub-family G member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.658508 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MACLMAAFSV GTAMNASSYS AEMTEPKSVC VSVDEVVSSN MEATETDLLN GHLKKVDNNL TEAQRFSSLP RRAAVNIEFR DLSYSVPEG PWWRKKGYKT LLKGISGKFN SGELVAIMGP SGAGKSTLMN ILAGYRETGM KGAVLINGLP RDLRCFRKVS C YIMQDDML ...文字列:
MACLMAAFSV GTAMNASSYS AEMTEPKSVC VSVDEVVSSN MEATETDLLN GHLKKVDNNL TEAQRFSSLP RRAAVNIEFR DLSYSVPEG PWWRKKGYKT LLKGISGKFN SGELVAIMGP SGAGKSTLMN ILAGYRETGM KGAVLINGLP RDLRCFRKVS C YIMQDDML LPHLTVQEAM MVSAHLKLQE KDEGRREMVK EILTALGLLS CANTRTGSLS GGQRKRLAIA LELVNNPPVM FF DQPTSGL DSASCFQVVS LMKGLAQGGR SIICTIHQPS AKLFELFDQL YVLSQGQCVY RGKVCNLVPY LRDLGLNCPT YHN PADFVM EVASGEYGDQ NSRLVRAVRE GMCDSDHKRD LGGDAEVNPF LWHRPSEEDS SSMEGCHSFS ASCLTQFCIL FKRT FLSIM RDSVLTHLRI TSHIGIGLLI GLLYLGIGNE AKKVLSNSGF LFFSMLFLMF AALMPTVLTF PLEMGVFLRE HLNYW YSLK AYYLAKTMAD VPFQIMFPVA YCSIVYWMTS QPSDAVRFVL FAALGTMTSL VAQSLGLLIG AASTSLQVAT FVGPVT AIP VLLFSGFFVS FDTIPTYLQW MSYISYVRYG FEGVILSIYG LDREDLHCDI DETCHFQKSE AILRELDVEN AKLYLDF IV LGIFFISLRL IAYFVLRYKI RAERSSRVDT ETSQVAPA

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #4: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.05 % (w/v)C56H92O25glycodiosgenin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 17524 / 平均電子線量: 1.76 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39791
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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