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- EMDB-13110: Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13110
タイトルCryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex
マップデータ3d map
試料
  • 複合体: RC-LH1 from rhodospirillum rubrum
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting protein B-870 beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center, H-chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Qian P / Croll TI / Castro HP / Moriarty NW / sader K / Hunter CN
資金援助 英国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1 英国
European Research Council (ERC)Synergy Award 854126European Union
Wellcome Trust209407/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex at 2.5 Å.
著者: Pu Qian / Tristan I Croll / David J K Swainsbury / Pablo Castro-Hartmann / Nigel W Moriarty / Kasim Sader / C Neil Hunter /
要旨: The reaction centre light-harvesting 1 (RC-LH1) complex is the core functional component of bacterial photosynthesis. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the RC-LH1 ...The reaction centre light-harvesting 1 (RC-LH1) complex is the core functional component of bacterial photosynthesis. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the RC-LH1 complex from Rhodospirillum rubrum at 2.5 Å resolution, which reveals a unique monomeric bacteriochlorophyll with a phospholipid ligand in the gap between the RC and LH1 complexes. The LH1 complex comprises a circular array of 16 αβ-polypeptide subunits that completely surrounds the RC, with a preferential binding site for a quinone, designated QP, on the inner face of the encircling LH1 complex. Quinols, initially generated at the RC QB site, are proposed to transiently occupy the QP site prior to traversing the LH1 barrier and diffusing to the cytochrome bc1 complex. Thus, the QP site, which is analogous to other such sites in recent cryo-EM structures of RC-LH1 complexes, likely reflects a general mechanism for exporting quinols from the RC-LH1 complex.
履歴
登録2021年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月22日-
マップ公開2021年9月22日-
更新2021年9月22日-
現状2021年9月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 0.02
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13110.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3d map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0165 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.07090002 - 0.16119713
平均 (標準偏差)0.00027483224 (±0.0032619392)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0710.1610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RC-LH1 from rhodospirillum rubrum

全体名称: RC-LH1 from rhodospirillum rubrum
要素
  • 複合体: RC-LH1 from rhodospirillum rubrum
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-870 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex, alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center, H-chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center L subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex, alpha/beta subunit
  • リガンド: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: RC-LH1 from rhodospirillum rubrum

超分子名称: RC-LH1 from rhodospirillum rubrum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: A reaction centre light harvesting core complex from purple bacterium ops. rubrum.
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: S1
分子量実験値: 297.7 kDa/nm

+
分子 #1: Light-harvesting protein B-870 beta chain

分子名称: Light-harvesting protein B-870 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
分子量理論値: 6.083941 KDa
配列文字列:
EVKQESLSGI TEGEAKEFHK IFTSSILVFF GVAAFAHLLV WIWRPWVPGP NGYS

+
分子 #2: Antenna complex, alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex, alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
分子量理論値: 5.920986 KDa
配列文字列:
(FME)WRIWQLFDP RQALVGLATF LFVLALLIHF ILLSTERFNW LEGASTKPVQ

+
分子 #3: Photosynthetic reaction center, H-chain

分子名称: Photosynthetic reaction center, H-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
分子量理論値: 27.976193 KDa
配列文字列: MNKGDITGYM DVAQVVLYAF WIFFAGLIIY LRREDRREGY PLEDAISGKI NSLQGLGSVF SIARPKIFKL KTGATYAAPN FKRDAVAIK ATRTAPTAGA PFEPTGNPMT DAVGPAAYAL RDELPDLTLG GQPAIVPLRV APTFSVAAED TDPRGLPVVD R KGAVAGKV ...文字列:
MNKGDITGYM DVAQVVLYAF WIFFAGLIIY LRREDRREGY PLEDAISGKI NSLQGLGSVF SIARPKIFKL KTGATYAAPN FKRDAVAIK ATRTAPTAGA PFEPTGNPMT DAVGPAAYAL RDELPDLTLG GQPAIVPLRV APTFSVAAED TDPRGLPVVD R KGAVAGKV TDLWIDRASI AIRYLEVELA ATPGRKVLLP FAATRINAKT KSKTVTVQSI LARHFANVPT IAKTDSITRR EE DKVMAYY SSGYLYSDRV

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分子 #4: Photosynthetic reaction center L subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center L subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
分子量理論値: 30.660688 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTL LFTVLGTALI VWGAALGPSW TFWQISINPP DVSYGLAMAP MAKGGLWQI ITFSAIGAFV SWALREVEIC RKLGIGYHIP FAFGFAILAY VSLVVIRPVM MGAWGYGFPY GFMTHLDWVS N TGYQYANF ...文字列:
MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTL LFTVLGTALI VWGAALGPSW TFWQISINPP DVSYGLAMAP MAKGGLWQI ITFSAIGAFV SWALREVEIC RKLGIGYHIP FAFGFAILAY VSLVVIRPVM MGAWGYGFPY GFMTHLDWVS N TGYQYANF HYNPAHMLGI TLFFTTCLAL ALHGSLILSA ANPGKGEVVK GPEHENTYFQ DTIGYSVGTL GIHRVGLILA LS AVVWSII CMILSGPIYT GSWPDWWLWW QKLPFWNHG

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分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
分子量理論値: 34.234547 KDa
配列文字列: MSEYQNILTG VQVRTAPHSA PIAKGIFPRL GKPGFSYWLG KIGDAQIGPI YLGTTGVLSL VFGFFAIEII GFNLLASVNW SPMEFGRQF FWLGLEPPAA EYGLGFAPLA EGGWWQIAGF FLTTSILLWW VRMYRRARAL KMGTHTAWAF ASAIFLFLSL G FIRPLLMG ...文字列:
MSEYQNILTG VQVRTAPHSA PIAKGIFPRL GKPGFSYWLG KIGDAQIGPI YLGTTGVLSL VFGFFAIEII GFNLLASVNW SPMEFGRQF FWLGLEPPAA EYGLGFAPLA EGGWWQIAGF FLTTSILLWW VRMYRRARAL KMGTHTAWAF ASAIFLFLSL G FIRPLLMG NFSESVPFGI FPHLEWTNSF SLNYGNFFYN PFHMLSIAFL YGSALLFAMH GATILAVSRL GGDREVEQIT DR GTAAERA ALFWRWTMGF NATMESIHRW AWWFAVLCTF TGAIGILLTG TVVDNWFEWG VKHGLAPAP

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分子 #6: Antenna complex, alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex, alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1) (バクテリア)
株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIMB 8255 / S1
分子量理論値: 7.112404 KDa
配列文字列:
MWRIWQLFDP RQALVGLATF LFVLALLIHF ILLSTERFNW LEGASTKPVQ TSMVMPSSDL AV

+
分子 #7: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 37 / 式: 07D
分子量理論値: 901.425 Da
Chemical component information

ChemComp-07D:
Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A

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分子 #8: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 17 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

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分子 #9: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: PGW
分子量理論値: 749.007 Da

+
分子 #10: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(te...

分子名称: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: CD4
分子量理論値: 1.241633 KDa
Chemical component information

ChemComp-CD4:
(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate / テトラミリストイルカルジオリピン

+
分子 #11: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #12: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E}...

分子名称: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy- ...名称: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: RQ0
分子量理論値: 844.3 Da
Chemical component information

ChemComp-RQ0:
2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione

+
分子 #13: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #14: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #15: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #16: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

+
分子 #17: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #18: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 372 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES / 詳細: 20 mM HEPES, 0.03% beta DDM, pH 8.0
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Quantifiol R1.2/1.3 grid, glow discharged. bloting time: 2.5, bloting force 3, waiting time 0.
詳細The protein were solubilised using detergent beta DDM, and purified by the use of ion exchange column and size exclusion column. Monodisperse sample was used for cry-EM preparation.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9024 / 平均露光時間: 12.12 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
詳細: total dose of 45 was fractionated to 42 frames within 12.12 second.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Images were motion corrected and CTF corrected.
粒子像選択選択した数: 1519688
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Selected 2D classes were used to build up an initial model using EMAN2.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 519005
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: A best 3D class was selected.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1lgh

,

3i4d

)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7oy8:
Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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