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万見
- EMDB-13061: Tomogram of nuclear envelope of MEF cell carrying homozygous H222... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13061
タイトルTomogram of nuclear envelope of MEF cell carrying homozygous H222P mutation in Lmna.
マップデータTomogram of nuclear envelope of MEF carrying LmnaH222P/H222P mutation.
試料
  • 細胞: H222P MEF
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kronenberg-Tenga R
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationSNSF 31003A_179418 スイス
引用ジャーナル: J Cell Sci / 年: 2021
タイトル: A lamin A/C variant causing striated muscle disease provides insights into filament organization.
著者: Rafael Kronenberg-Tenga / Meltem Tatli / Matthias Eibauer / Wei Wu / Ji-Yeon Shin / Gisèle Bonne / Howard J Worman / Ohad Medalia /
要旨: The gene encodes the A-type lamins, which polymerize into ∼3.5-nm-thick filaments and, together with B-type lamins and associated proteins, form the nuclear lamina. Mutations in cause a wide ...The gene encodes the A-type lamins, which polymerize into ∼3.5-nm-thick filaments and, together with B-type lamins and associated proteins, form the nuclear lamina. Mutations in cause a wide variety of pathologies. In this study, we analyzed the nuclear lamina of embryonic fibroblasts from mice, which develop cardiomyopathy and muscular dystrophy. Although the organization of the lamina appeared unaltered, there were changes in chromatin and B-type lamin expression. An increase in nuclear size and consequently a relative reduction in heterochromatin near the lamina allowed for a higher resolution structural analysis of lamin filaments using cryo-electron tomography. This was most apparent when visualizing lamin filaments and using a nuclear extraction protocol. Averaging of individual segments of filaments in mouse fibroblasts resolved two polymers that constitute the mature filaments. Our findings provide better views of the organization of lamin filaments and the effect of a striated muscle disease-causing mutation on nuclear structure.
履歴
登録2021年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2022年6月22日-
現状2022年6月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13061.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13061.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 662.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of nuclear envelope of MEF carrying LmnaH222P/H222P mutation.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.83 Å/pix.
x 928 pix.
= 8190.556 Å		8.83 Å/pix.
x 195 pix.
= 1721.076 Å		8.83 Å/pix.
x 960 pix.
= 8472.988 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.82603 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-3366.405 - 2024.2427
平均 (標準偏差)38.223618 (±65.75597)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin9716-16
サイズ195960928
Spacing960195928
セルA: 8472.988 Å / B: 1721.0758 Å / C: 8190.5557 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : H222P MEF

全体名称: H222P MEF
要素
  • 細胞: H222P MEF

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超分子 #1: H222P MEF

超分子名称: H222P MEF / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: MEF cell carrying homozygous H222P mutation in Lmna.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE
詳細MEF cell carrying homozygous H222P mutation in Lmna.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.24 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 128 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Auriga. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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