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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12993 | |||||||||
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タイトル | Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Kinetochore / Nucleosome / Complex / CELL CYCLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan K / Yang J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C 著者: Yan K / Yang J / Zhang Z / Barford D | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12993.map.gz | 9.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12993-v30.xml emd-12993.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12993.png | 100 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12993.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12993 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12993 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12993_validation.pdf.gz | 369.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12993_full_validation.pdf.gz | 368.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12993_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12993_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12993 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12993 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
+超分子 #1: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
+超分子 #2: Kinetochore subunit
+超分子 #3: Histones
+超分子 #4: DNA (152-MER), DNA (123-MER)
+分子 #1: BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2B
+分子 #4: BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1
+分子 #5: Histone H2A
+分子 #6: DNA (152-MER)
+分子 #7: DNA (123-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124953 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |