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- EMDB-12990: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12990
タイトルCryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies
    • タンパク質・ペプチド: LPS-assembly protein LptD
    • タンパク質・ペプチド: LPS-assembly lipoprotein LptE
    • タンパク質・ペプチド: ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein
キーワードOuter membrane protein LPS transporter Bacterial transporter Neisseria gonorrhoeae Drug target ProMacrobodies Structural chaperone Cryo-electron microscopy / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / carbohydrate transmembrane transporter activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Pectin lyase fold/virulence factor / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Pectin lyase fold/virulence factor / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltodextrin-binding protein / LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / Methanosarcina mazei (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Botte M / Ni D
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Innosuisse25864.1 PFLS-LS スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of a LptDE transporter in complex with Pro-macrobodies offer insight into lipopolysaccharide translocation.
著者: Mathieu Botte / Dongchun Ni / Stephan Schenck / Iwan Zimmermann / Mohamed Chami / Nicolas Bocquet / Pascal Egloff / Denis Bucher / Matilde Trabuco / Robert K Y Cheng / Janine D Brunner / ...著者: Mathieu Botte / Dongchun Ni / Stephan Schenck / Iwan Zimmermann / Mohamed Chami / Nicolas Bocquet / Pascal Egloff / Denis Bucher / Matilde Trabuco / Robert K Y Cheng / Janine D Brunner / Markus A Seeger / Henning Stahlberg / Michael Hennig /
要旨: Lipopolysaccharides are major constituents of the extracellular leaflet in the bacterial outer membrane and form an effective physical barrier for environmental threats and for antibiotics in Gram- ...Lipopolysaccharides are major constituents of the extracellular leaflet in the bacterial outer membrane and form an effective physical barrier for environmental threats and for antibiotics in Gram-negative bacteria. The last step of LPS insertion via the Lpt pathway is mediated by the LptD/E protein complex. Detailed insights into the architecture of LptDE transporter complexes have been derived from X-ray crystallography. However, no structure of a laterally open LptD transporter, a transient state that occurs during LPS release, is available to date. Here, we report a cryo-EM structure of a partially opened LptDE transporter in complex with rigid chaperones derived from nanobodies, at 3.4 Å resolution. In addition, a subset of particles allows to model a structure of a laterally fully opened LptDE complex. Our work offers insights into the mechanism of LPS insertion, provides a structural framework for the development of antibiotics targeting LptD and describes a highly rigid chaperone scaffold to enable structural biology of challenging protein targets.
履歴
登録2021年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12990.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 226.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 390 pix.
= 344.4 Å		0.88 Å/pix.
x 390 pix.
= 344.4 Å		0.88 Å/pix.
x 390 pix.
= 344.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88308 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-1.7183622 - 3.965183
平均 (標準偏差)0.0027313337 (±0.048267312)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ390390390
Spacing390390390
セルA=B=C: 344.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacro...

全体名称: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies
    • タンパク質・ペプチド: LPS-assembly protein LptD
    • タンパク質・ペプチド: LPS-assembly lipoprotein LptE
    • タンパク質・ペプチド: ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein

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超分子 #1: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacro...

超分子名称: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

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分子 #1: LPS-assembly protein LptD

分子名称: LPS-assembly protein LptD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
分子量理論値: 87.65693 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MARLFSLKPL VLSLGFCFGT HCAADTVAAE EADGRVAEGG AQGASESAQA SDLTLGSTCL FCSNESGSPE RTEAAVQGSG EASVPEDYT RIVADRMEGQ SKVKVRAEGS VIIERDGAVL NTDWADYDQS GDTVTVGDRF ALQQDGTLIR GETLTYNLDQ Q TGEAHNVR ...文字列:
MARLFSLKPL VLSLGFCFGT HCAADTVAAE EADGRVAEGG AQGASESAQA SDLTLGSTCL FCSNESGSPE RTEAAVQGSG EASVPEDYT RIVADRMEGQ SKVKVRAEGS VIIERDGAVL NTDWADYDQS GDTVTVGDRF ALQQDGTLIR GETLTYNLDQ Q TGEAHNVR METEQGGRRL QSVSRTAEML GEGRYKLTET QFNTCSAGDA GWYVKAASVE ADRGKGIGVA KHAAFVFGGV PL FYTPWAD FPLDGNRKSG LLVPSVSAGS DGVSLSVPYY FNLAPNFDAT FAPGIIGERG ATFDGQIRYL RPDYSGQTDL TWL PHDKKS GRNNRYQAKW QHRHDISDTL QAGVDFNQVS DSGYYRDFYG GEEIAGNVNL NRRVWLDYGG RAAGGSLNAG LSVQ KYQTL ANQSGYKDEP YAIMPRLSAD WHKNAGRAQI GVSAQFTRFS HDGRQDGSRL VVYPGIKWDF SNSWGYVRPK LGLHA TYYS LDSFGGKASR SVGRVLPVVN IDGGTTFERN TRLFGGGVVQ TIEPRLFYNY IPAKSQNDLP NFDSSESSFG YGQLFR ENL YYGNDRINAA NSLSTAVQSR ILDGATGEER FRAGIGQKFY FKDDAVMLDG SVGKNPRSRS DWVAFASGGI GGRFTLD SS IHYNQNDKRA EHYAVGAGYR PAPGKVLNAR YKYGRNEKIY LQADGSYFYD KLSQLDLSAQ WPLTRNLSAV VRYNYGFE A KKPIEMLAGA EYKSSCGCWG AGVYAQRYVT GENTYKNAVF FSLQLKDLSS VGRNPAGRMD VAVPGYIPAH SLSAGRNKR P

UniProtKB: LPS-assembly protein LptD

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分子 #2: LPS-assembly lipoprotein LptE

分子名称: LPS-assembly lipoprotein LptE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
分子量理論値: 18.499066 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MNKIFLTAAA LVLGACGFHL KGADGISPPL TYRSWHIEGG QALQFPLETA LYQASGRVDD AAGAQMTLRI DSVSQNKETY TVTRAAVIN EYLLILTVEA QVLKRGEPVG KPMTVSVRRI LDYADNEILG KQEEEETLWA EMRQDVAEQI VRRLTFLKAE H HHHHH

UniProtKB: LPS-assembly lipoprotein LptE

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分子 #3: ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein

分子名称: ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina mazei (古細菌)
分子量理論値: 56.714457 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF PVKYEHMYWY RQAPGKEREW VAAINSAGNE THYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC NVKDIGWWAA YDYWGQGTQV TVPPLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK L EEKFPQVA ...文字列:
GPSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF PVKYEHMYWY RQAPGKEREW VAAINSAGNE THYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC NVKDIGWWAA YDYWGQGTQV TVPPLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK L EEKFPQVA ATGDGPDIIF WAHDRFGGYA QSGLLAEITP DKAFQDKLYP FTWDAVRYNG KLIAYPIAVE ALSLIYNKDL LP NPPKTWE EIPALDKELK AKGKSALMFN LQEPYFTWPL IAADGGYAFK YENGKYDIKD VGVDNAGAKA GLTFLVDLIK NKH MNADTD YSIAEAAFNK GETAMTINGP WAWSNIDTSK VNYGVTVLPT FKGQPSKPFV GVLSAGINAA SPNKELAKEF LENY LLTDE GLEAVNKDKP LGAVALKSYE EELAKDPRIA ATMENAQKGE IMPNIPQMSA FWYAVRTAVI NAASGRQTVD EALKD AQTP GSGGGSAWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEKA

UniProtKB: Maltodextrin-binding protein

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分子 #4: ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein

分子名称: ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina mazei (古細菌)
分子量理論値: 56.86159 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPSQVQLVES GGGSVQAGGS LRLSCAASGS ISSITYLGWF RQAPGKEREG VAALATYYGH TYYADSVKGR FTVSLDNAKN TVYLQMNSL KPEDTALYYC AAAYSGIWTP LGVWATYEYW GQGTQVTVPP LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT V EHPDKLEE ...文字列:
GPSQVQLVES GGGSVQAGGS LRLSCAASGS ISSITYLGWF RQAPGKEREG VAALATYYGH TYYADSVKGR FTVSLDNAKN TVYLQMNSL KPEDTALYYC AAAYSGIWTP LGVWATYEYW GQGTQVTVPP LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT V EHPDKLEE KFPQVAATGD GPDIIFWAHD RFGGYAQSGL LAEITPDKAF QDKLYPFTWD AVRYNGKLIA YPIAVEALSL IY NKDLLPN PPKTWEEIPA LDKELKAKGK SALMFNLQEP YFTWPLIAAD GGYAFKYENG KYDIKDVGVD NAGAKAGLTF LVD LIKNKH MNADTDYSIA EAAFNKGETA MTINGPWAWS NIDTSKVNYG VTVLPTFKGQ PSKPFVGVLS AGINAASPNK ELAK EFLEN YLLTDEGLEA VNKDKPLGAV ALKSYEEELA KDPRIAATME NAQKGEIMPN IPQMSAFWYA VRTAVINAAS GRQTV DEAL KDAQTPGSGG GSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KA

UniProtKB: Maltodextrin-binding protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184206
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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