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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12986 | ||||||||||||
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タイトル | Control sample rancRNA_18 | ||||||||||||
マップデータ | postrpocessed 60S all particles | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zuber B / Iacovache I | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: RNA Biol / 年: 2021 タイトル: A small ribosome-associated ncRNA globally inhibits translation by restricting ribosome dynamics. 著者: Julia Reuther / Lukas Schneider / Ioan Iacovache / Andreas Pircher / Walid H Gharib / Benoît Zuber / Norbert Polacek / 要旨: Ribosome-associated non-coding RNAs (rancRNAs) have been recognized as an emerging class of regulatory molecules capable of fine-tuning translation in all domains of life. RancRNAs are ideally suited ...Ribosome-associated non-coding RNAs (rancRNAs) have been recognized as an emerging class of regulatory molecules capable of fine-tuning translation in all domains of life. RancRNAs are ideally suited for allowing a swift response to changing environments and are therefore considered pivotal during the first wave of stress adaptation. Previously, we identified an mRNA-derived 18 nucleotides long rancRNA (rancRNA_18) in that rapidly downregulates protein synthesis during hyperosmotic stress. However, the molecular mechanism of action remained enigmatic. Here, we combine biochemical, genetic, transcriptome-wide and structural evidence, thus revealing rancRNA_18 as global translation inhibitor by targeting the E-site region of the large ribosomal subunit. Ribosomes carrying rancRNA_18 possess decreased affinity for A-site tRNA and impaired structural dynamics. Cumulatively, these discoveries reveal the mode of action of a rancRNA involved in modulating protein biosynthesis at a thus far unequalled precision. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12986.map.gz | 25.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12986-v30.xml emd-12986.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12986_fsc.xml | 16.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12986.png | 82.4 KB | ||
その他 | emd_12986_additional_1.map.gz emd_12986_additional_2.map.gz emd_12986_additional_3.map.gz emd_12986_additional_4.map.gz emd_12986_additional_5.map.gz | 274.1 MB 275.6 MB 274.8 MB 275 MB 273.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12986 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12986_validation.pdf.gz | 344.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12986_full_validation.pdf.gz | 344.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12986_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12986_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12986 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12986 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12986.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | postrpocessed 60S all particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.052 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: 2D classification C5
ファイル | emd_12986_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 2D classification C5 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 2D classification C6
ファイル | emd_12986_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 2D classification C6 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Refinement 80s all particles
ファイル | emd_12986_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Refinement 80s all particles | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 2D classification C10
ファイル | emd_12986_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | 2D classification C10 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 2D classification C8
ファイル | emd_12986_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | 2D classification C8 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : control sample for rancRNA_18 - cryoEM analysis and classification
全体 | 名称: control sample for rancRNA_18 - cryoEM analysis and classification |
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要素 |
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-超分子 #1: control sample for rancRNA_18 - cryoEM analysis and classification
超分子 | 名称: control sample for rancRNA_18 - cryoEM analysis and classification タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: trm10d |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.25 mm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |