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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1294 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of the native spliceosome by cryo-electron microscopy. | |||||||||
マップデータ | Biological isosurface is at density value 0.007 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Azubel M / Wolf SG / Sperling J / Sperling R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2004 タイトル: Three-dimensional structure of the native spliceosome by cryo-electron microscopy. 著者: Maia Azubel / Sharon G Wolf / Joseph Sperling / Ruth Sperling / 要旨: Splicing of pre-mRNA occurs in a multicomponent macromolecular machine--the spliceosome. The spliceosome can be assembled in vitro by a stepwise assembly of a number of snRNPs and additional proteins ...Splicing of pre-mRNA occurs in a multicomponent macromolecular machine--the spliceosome. The spliceosome can be assembled in vitro by a stepwise assembly of a number of snRNPs and additional proteins on exogenously added pre-mRNA. In contrast, splicing in vivo occurs in preformed particles where endogenous pre-mRNAs are packaged with all five spliceosomal U snRNPs (penta-snRNP) together with other splicing factors. Here we present a three-dimensional image reconstruction by cryo-electron microscopy of native spliceosomes, derived from cell nuclei, at a resolution of 20 angstroms. The structure revealed an elongated globular particle made up of two distinct subunits connected to each other leaving a tunnel in between. We show here that the larger subunit is a suitable candidate to accommodate the penta-snRNP, and that the tunnel could accommodate the pre-mRNA component of the spliceosome. The features this structure reveals provide new insight into the global architecture of the native splicing machine. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1294.map.gz | 3.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1294-v30.xml emd-1294.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1294.gif | 31.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1294 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1294 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1294_validation.pdf.gz | 214.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1294_full_validation.pdf.gz | 213.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1294_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1294 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1294 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Biological isosurface is at density value 0.007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : native spliceosome
全体 | 名称: native spliceosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: native spliceosome
超分子 | 名称: native spliceosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomeric / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 4.8 MDa / 手法: STEM mass measurement |
-超分子 #1: native spliceosome
超分子 | 名称: native spliceosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: nucleus |
分子量 | 理論値: 4.8 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
グリッド | 詳細: lacey (SPI) or Quantifoil grids |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: I. Talmon plunger 手法: the samples were incubated in Teflon wells under charged lipid monolayers for 20 min., picked up on grids, rinsed, blotted and plunged into liquid ethane. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 95 K / 最高: 100 K / 平均: 97 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: correction at 100,000 to 250,000 times mag |
詳細 | magnification with calibrated camera postmag factor was 93,620 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / デジタル化 - サンプリング間隔: 24 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: TVIPS Biocam 1k X 1k CCD camera / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: phase correction, each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 詳細: see Supplemental material at Molecular Cell website / 使用した粒子像数: 7500 |
最終 角度割当 | 詳細: see Supplemental material at Molecular Cell website. |