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万見
- EMDB-1294: Three-dimensional structure of the native spliceosome by cryo-ele... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1294
タイトルThree-dimensional structure of the native spliceosome by cryo-electron microscopy.
マップデータBiological isosurface is at density value 0.007
試料
  • 試料: native spliceosome
  • 細胞器官・細胞要素: native spliceosome
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Azubel M / Wolf SG / Sperling J / Sperling R
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional structure of the native spliceosome by cryo-electron microscopy.
著者: Maia Azubel / Sharon G Wolf / Joseph Sperling / Ruth Sperling /
要旨: Splicing of pre-mRNA occurs in a multicomponent macromolecular machine--the spliceosome. The spliceosome can be assembled in vitro by a stepwise assembly of a number of snRNPs and additional proteins ...Splicing of pre-mRNA occurs in a multicomponent macromolecular machine--the spliceosome. The spliceosome can be assembled in vitro by a stepwise assembly of a number of snRNPs and additional proteins on exogenously added pre-mRNA. In contrast, splicing in vivo occurs in preformed particles where endogenous pre-mRNAs are packaged with all five spliceosomal U snRNPs (penta-snRNP) together with other splicing factors. Here we present a three-dimensional image reconstruction by cryo-electron microscopy of native spliceosomes, derived from cell nuclei, at a resolution of 20 angstroms. The structure revealed an elongated globular particle made up of two distinct subunits connected to each other leaving a tunnel in between. We show here that the larger subunit is a suitable candidate to accommodate the penta-snRNP, and that the tunnel could accommodate the pre-mRNA component of the spliceosome. The features this structure reveals provide new insight into the global architecture of the native splicing machine.
履歴
登録2006年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年11月12日-
マップ公開2006年11月12日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00779575
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00779575
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1294.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Biological isosurface is at density value 0.007
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.25 Å/pix.
x 100 pix.
= 525. Å		5.25 Å/pix.
x 100 pix.
= 525. Å		5.25 Å/pix.
x 100 pix.
= 525. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.00621 / ムービー #1: 0.0077958
最小 - 最大-0.00948555 - 0.0274964
平均 (標準偏差)0.000361584 (±0.00275396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 525 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.255.255.25
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z525.000525.000525.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0090.0270.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : native spliceosome

全体名称: native spliceosome
要素
  • 試料: native spliceosome
  • 細胞器官・細胞要素: native spliceosome

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超分子 #1000: native spliceosome

超分子名称: native spliceosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomeric / Number unique components: 1
分子量実験値: 4.8 MDa / 手法: STEM mass measurement

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超分子 #1: native spliceosome

超分子名称: native spliceosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 4.8 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: lacey (SPI) or Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: I. Talmon plunger
手法: the samples were incubated in Teflon wells under charged lipid monolayers for 20 min., picked up on grids, rinsed, blotted and plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 95 K / 最高: 100 K / 平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: correction at 100,000 to 250,000 times mag
詳細magnification with calibrated camera postmag factor was 93,620
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / デジタル化 - サンプリング間隔: 24 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: TVIPS Biocam 1k X 1k CCD camera / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase correction, each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 詳細: see Supplemental material at Molecular Cell website / 使用した粒子像数: 7500
最終 角度割当詳細: see Supplemental material at Molecular Cell website.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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