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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1293 | |||||||||
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タイトル | Structural basis of allosteric changes in the GroEL mutant Arg197-->Ala. | |||||||||
![]() | R197A mutant of GroEL with 25mM ATP | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
![]() | White HE / Chen S / Roseman AM / Yifrach O / Horovitz A / SAibil HR | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of allosteric changes in the GroEL mutant Arg197-->Ala. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 923.3 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 7.4 KB 7.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 118.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 209.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 208.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | R197A mutant of GroEL with 25mM ATP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : R197A mutant of GroEL with 2.5mM ATP
全体 | 名称: R197A mutant of GroEL with 2.5mM ATP |
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要素 |
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-超分子 #1000: R197A mutant of GroEL with 2.5mM ATP
超分子 | 名称: R197A mutant of GroEL with 2.5mM ATP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: R197A mutant of GroEL
分子 | 名称: R197A mutant of GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: MUTANT / コピー数: 1 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 10mM KCl, 8mmM MgCl2,2.5mM ATP |
グリッド | 詳細: holey carbon grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE Timed resolved state: Vitrified 5-15 minutes after adding ATP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EX |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: AGFA SCIENTA FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / ソフトウェア - 名称: SPIDER |
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-原子モデル構築 1
詳細 | Manual fitting in O of an apical domain of GroEL |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |