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万見
- EMDB-1281: Determinants of bacteriophage phi29 head morphology. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1281
タイトルDeterminants of bacteriophage phi29 head morphology.
マップデータThis map is a cryo-EM 3D reconstruction of a fibered, T=4 isometric variant of bacteriophage phi29
試料
  • 試料: fibered isometric variants of bacteriophage phi29
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Choi KH / Morais MC / Anderson DL / Rossmann MG
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Determinants of bacteriophage phi29 head morphology.
著者: Kyung H Choi / Marc C Morais / Dwight L Anderson / Michael G Rossmann /
要旨: Bacteriophage phi29 requires scaffolding protein to assemble the 450 x 540 A prolate prohead with T = 3 symmetry end caps. In infections with a temperature-sensitive mutant scaffolding protein, ...Bacteriophage phi29 requires scaffolding protein to assemble the 450 x 540 A prolate prohead with T = 3 symmetry end caps. In infections with a temperature-sensitive mutant scaffolding protein, capsids assemble predominantly into 370 A diameter isometric particles with T = 3 symmetry that lack a head-tail connector. However, a few larger, 430 A diameter, particles are also assembled. Cryo-electron microscopy shows that these larger particles are icosahedral with T = 4 symmetry. The prolate prohead, as well as the two isometric capsids with T = 3 and T = 4 symmetry, are composed of similar pentamers and differently skewed hexamers. The skewing of the hexamers in the equatorial region of proheads and in the T = 4 isometric particles reflects their different environments. One of the functions of the scaffolding protein, present in the prohead, may be to stabilize skewed hexamers during assembly.
履歴
登録2006年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月23日-
マップ公開2006年11月15日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.54
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.54
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1281.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This map is a cryo-EM 3D reconstruction of a fibered, T=4 isometric variant of bacteriophage phi29
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.68 Å/pix.
x 420 pix.
= 1545.6 Å		3.68 Å/pix.
x 420 pix.
= 1545.6 Å		3.68 Å/pix.
x 420 pix.
= 1545.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 4.66 / ムービー #1: 0.54
最小 - 最大-5.02178 - 16.562100000000001
平均 (標準偏差)-0.251969 (±2.95932)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 1545.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.683.683.68
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1545.6001545.6001545.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-210-210-210
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-5.02216.562-0.252

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : fibered isometric variants of bacteriophage phi29

全体名称: fibered isometric variants of bacteriophage phi29
要素
  • 試料: fibered isometric variants of bacteriophage phi29
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)

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超分子 #1000: fibered isometric variants of bacteriophage phi29

超分子名称: fibered isometric variants of bacteriophage phi29 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: T4 icosahderal / Number unique components: 1

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超分子 #1: Bacillus phage phi29

超分子名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: phi29 / NCBI-ID: 10756 / 生物種: Bacillus phage phi29 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: phi29
宿主生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量理論値: 17.3 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: gp8 / 直径: 430 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 25 mM Tris 5 mM MgCl2 50 mM NaCl 2 mM sodium azide
グリッド詳細: holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 113 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付1997年10月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.68 µm / 実像数: 28 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.903 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.091 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correction, phases and amplitudes, for each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN PFT P3DR POR / 使用した粒子像数: 785

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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