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万見
- EMDB-12792: MS2 coat protein dimer with 145-GSGGGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGGSGT-173... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12792
タイトルMS2 coat protein dimer with 145-GSGGGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGGSGT-173 insertion VLP displaying fullerene C70-like D5 symmetry
マップデータmain volume
試料
  • ウイルス: Escherichia virus MS2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: MS2 bacteriophage coat protein dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage MS2 (ファージ) / Escherichia virus MS2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Biela AP
資金援助 ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2016/20/W/NZ1/00095 ポーランド
Polish National Science Centre2019/34/A/NZ1/00196 ポーランド
引用ジャーナル: Commun Mater / 年: 2022
タイトル: Programmable polymorphism of a virus-like particle.
著者: Artur P Biela / Antonina Naskalska / Farzad Fatehi / Reidun Twarock / Jonathan G Heddle /
要旨: Virus-like particles (VLPs) have significant potential as artificial vaccines and drug delivery systems. The ability to control their size has wide ranging utility but achieving such controlled ...Virus-like particles (VLPs) have significant potential as artificial vaccines and drug delivery systems. The ability to control their size has wide ranging utility but achieving such controlled polymorphism using a single protein subunit is challenging as it requires altering VLP geometry. Here we achieve size control of MS2 bacteriophage VLPs via insertion of amino acid sequences in an external loop to shift morphology to significantly larger forms. The resulting VLP size and geometry is controlled by altering the length and type of the insert. Cryo electron microscopy structures of the new VLPs, in combination with a kinetic model of their assembly, show that the abundance of wild type ( = 3), = 4, D3 and D5 symmetrical VLPs can be biased in this way. We propose a mechanism whereby the insert leads to a change in the dynamic behavior of the capsid protein dimer, affecting the interconversion between the symmetric and asymmetric conformers and thus determining VLP size and morphology.
履歴
登録2021年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2022年2月23日-
現状2022年2月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main volume
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 450 pix.
= 516. Å		1.15 Å/pix.
x 450 pix.
= 516. Å		1.15 Å/pix.
x 450 pix.
= 516. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14667 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.14 / ムービー #1: 1.14
最小 - 最大-2.7958586 - 6.5594454
平均 (標準偏差)0.011699544 (±0.32690832)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 516.0001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.14666666666671.14666666666671.1466666666667
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z516.000516.000516.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-2.7966.5590.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia virus MS2

全体名称: Escherichia virus MS2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Escherichia virus MS2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: MS2 bacteriophage coat protein dimer

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超分子 #1: Escherichia virus MS2

超分子名称: Escherichia virus MS2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 329852 / 生物種: Escherichia virus MS2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 3.1 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 360.0 Å

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分子 #1: MS2 bacteriophage coat protein dimer

分子名称: MS2 bacteriophage coat protein dimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: MS2 coat protein dimer with 145-GSGGGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGGSGT-173 insertion
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASNFTQFVL VDNGGTGDVT VAPSNFASGV AEWISSNSRS QACKVTCSVR QSSAQNRKYA IKVEVPKVAT QTVGGVELPV AAWRSYLNME LTIPIFATNS DCELIVKAMQ GLLKDGNPIP SAIAANSGIY ANFTQFVLVD NGGTGGSGGG SAHIVMVDAY KPTKGGGSGG ...文字列:
MASNFTQFVL VDNGGTGDVT VAPSNFASGV AEWISSNSRS QACKVTCSVR QSSAQNRKYA IKVEVPKVAT QTVGGVELPV AAWRSYLNME LTIPIFATNS DCELIVKAMQ GLLKDGNPIP SAIAANSGIY ANFTQFVLVD NGGTGGSGGG SAHIVMVDAY KPTKGGGSGG SGTGDVTVAP SNFANGVAEW ISSNSRSQAY KVTCSVRQSS AQNRKYTIKV EVPKVATQTV GGVELPVAAW RSYLNMELTI PIFATNSDCE LIVKAMQGLL KDGNPIPSAI AANSGIY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8687 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 537
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 14335
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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