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万見
- EMDB-1279: Different quaternary structures of human RECQ1 are associated wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1279
タイトルDifferent quaternary structures of human RECQ1 are associated with its dual enzymatic activity.
マップデータMap of K119R mutant RECQ1 bound to ssDNA, filtered using a 3D Gaussianlow-pass filter to a half-width of 17 Angstrom
試料
  • 試料: K119R mutant RECQ1 and ssDNA
  • タンパク質・ペプチド: RECQ1
  • DNA: Single stranded DNA - oligo-dT-30
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Muzzolini L / Beuron F / Patwardhan A / Popuri V / Cui S / Niccolini B / Rappas M / Freemont PS / Vindigni A
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2007
タイトル: Different quaternary structures of human RECQ1 are associated with its dual enzymatic activity.
著者: Laura Muzzolini / Fabienne Beuron / Ardan Patwardhan / Venkateswarlu Popuri / Sheng Cui / Benedetta Niccolini / Mathieu Rappas / Paul S Freemont / Alessandro Vindigni /
要旨: RecQ helicases are essential for the maintenance of chromosome stability. In addition to DNA unwinding, some RecQ enzymes have an intrinsic DNA strand annealing activity. The function of this dual ...RecQ helicases are essential for the maintenance of chromosome stability. In addition to DNA unwinding, some RecQ enzymes have an intrinsic DNA strand annealing activity. The function of this dual enzymatic activity and the mechanism that regulates it is, however, unknown. Here, we describe two quaternary forms of the human RECQ1 helicase, higher-order oligomers consistent with pentamers or hexamers, and smaller oligomers consistent with monomers or dimers. Size exclusion chromatography and transmission electron microscopy show that the equilibrium between the two assembly states is affected by single-stranded DNA (ssDNA) and ATP binding, where ATP or ATPgammaS favors the smaller oligomeric form. Our three-dimensional electron microscopy reconstructions of human RECQ1 reveal a complex cage-like structure of approximately 120 A x 130 A with a central pore. This oligomeric structure is stabilized under conditions in which RECQ1 is proficient in strand annealing. In contrast, competition experiments with the ATPase-deficient K119R and E220Q mutants indicate that RECQ1 monomers, or tight binding dimers, are required for DNA unwinding. Collectively, our findings suggest that higher-order oligomers are associated with DNA strand annealing, and lower-order oligomers with DNA unwinding.
履歴
登録2006年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月19日-
マップ公開2006年10月19日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08503993
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08503993
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1279.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1279.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of K119R mutant RECQ1 bound to ssDNA, filtered using a 3D Gaussianlow-pass filter to a half-width of 17 Angstrom
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度
表面レベル1: 0.0415 / ムービー #1: 0.0850399
最小 - 最大-0.226079 - 0.341948
平均 (標準偏差)0.000989976 (±0.0269953)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 254 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.000254.000254.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.2260.3420.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : K119R mutant RECQ1 and ssDNA

全体名称: K119R mutant RECQ1 and ssDNA
要素
  • 試料: K119R mutant RECQ1 and ssDNA
  • タンパク質・ペプチド: RECQ1
  • DNA: Single stranded DNA - oligo-dT-30

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超分子 #1000: K119R mutant RECQ1 and ssDNA

超分子名称: K119R mutant RECQ1 and ssDNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Probably hexameric / Number unique components: 2
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 440 KDa / 手法: Size exclusion chromatography

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分子 #1: RECQ1

分子名称: RECQ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RECQ1 / コピー数: 6 / 集合状態: Possibly hexameric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 440 KDa

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分子 #2: Single stranded DNA - oligo-dT-30

分子名称: Single stranded DNA - oligo-dT-30 / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: ssDNA / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM TrisHCl, 150 mM KCl, 2 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: RECQ1 was incubated with a 1.5 molar excess of ssDNA, adsorbed onto a glow-discharged carbon-coated grid and negatively-stained with 1% uranyl acetate
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2005年6月6日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 48600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 1163
最終 角度割当詳細: Imagic
最終 2次元分類クラス数: 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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