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- EMDB-1272: Cryoelectron microscopy of protein IX-modified adenoviruses sugge... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1272
タイトルCryoelectron microscopy of protein IX-modified adenoviruses suggests a new position for the C terminus of protein IX.
マップデータThis is the reconstruction of Ad-IX-GFP capsids. The data were collected at 2.17 angstrom per pixel and downsampled by 2 for processing. The final reconstruction was guassian lowpass filtered to 22 angstroms. The map deposited here is oriented with the 3-fold axis along z. This map is a half-map.
試料
  • 試料: Adenovirus capsid with GFP fused to C-terminus of capisd protein pIX
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Marsh MP / Campos SK / Baker ML / Chen CY / Chiu W / Barry MA
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2006
タイトル: Cryoelectron microscopy of protein IX-modified adenoviruses suggests a new position for the C terminus of protein IX.
著者: Michael P Marsh / Samuel K Campos / Matthew L Baker / Christopher Y Chen / Wah Chiu / Michael A Barry /
要旨: Recombinant human adenovirus is a useful gene delivery vector for clinical gene therapy. Minor capsid protein IX of adenovirus has been of recent interest since multiple studies have shown that ...Recombinant human adenovirus is a useful gene delivery vector for clinical gene therapy. Minor capsid protein IX of adenovirus has been of recent interest since multiple studies have shown that modifications can be made to its C terminus to alter viral tropism or add molecular tags and/or reporter proteins. We examined the structure of an engineered adenovirus displaying the enhanced green fluorescent protein (EGFP) fused to the C terminus of protein IX. Cryoelectron microscopy and reconstruction localized the C-terminal EGFP fusion between the H2 hexon and the H4 hexon, positioned between adjacent facets, directly above the density previously assigned as protein IIIa. The original assignment of IIIa was based largely on indirect evidence, and the data presented herein support the reassignment of the IIIa density as protein IX.
履歴
登録2006年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月4日-
マップ公開2006年10月4日-
更新2012年10月31日-
現状2012年10月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.298488502
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.298488502
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1272.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1272.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 60.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the reconstruction of Ad-IX-GFP capsids. The data were collected at 2.17 angstrom per pixel and downsampled by 2 for processing. The final reconstruction was guassian lowpass filtered to 22 angstroms. The map deposited here is oriented with the 3-fold axis along z. This map is a half-map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.34 Å/pix.
x 160 pix.
= 690.06 Å		4.34 Å/pix.
x 319 pix.
= 1380.12 Å		4.34 Å/pix.
x 319 pix.
= 1380.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.25 / ムービー #1: 2.2984885
最小 - 最大-4.145 - 5.91242
平均 (標準偏差)0.0000000030212 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-159-159-80
サイズ319319160
Spacing319319160
セルA: 1380.12 Å / B: 1380.12 Å / C: 690.06 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.344.344.34
M x/y/z318318159
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1380.1201380.120690.060
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-159-159-80
NC/NR/NS319319160
D min/max/mean-4.1455.9120.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adenovirus capsid with GFP fused to C-terminus of capisd protein pIX

全体名称: Adenovirus capsid with GFP fused to C-terminus of capisd protein pIX
要素
  • 試料: Adenovirus capsid with GFP fused to C-terminus of capisd protein pIX
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)

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超分子 #1000: Adenovirus capsid with GFP fused to C-terminus of capisd protein pIX

超分子名称: Adenovirus capsid with GFP fused to C-terminus of capisd protein pIX
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 150 MDa

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超分子 #1: Human adenovirus 5

超分子名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Adenovirus, Ad-IX-GFP / 詳細: GFP fusion to protein pIX / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Adenovirus, Ad-IX-GFP
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 150 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 920 Å / T番号(三角分割数): 25

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: Phosphate-buffered Saline (PBS)
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blotted twice for one second each.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 77 K
日付2004年12月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.17 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 18.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.This holder operates in the temperature range from 77K to ambient.
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SAVR / 使用した粒子像数: 800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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