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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1270 | |||||||||
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タイトル | Structural model of full-length human Ku70-Ku80 heterodimer and its recognition of DNA and DNA-PKcs. | |||||||||
![]() | Frontal view of the apoKu volume at a thresold of 2.5 | |||||||||
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機能・相同性 | : / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / nucleus![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
![]() | Rivera-Calzada A / Spagnolo L / Pearl LH / Llorca O | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural model of full-length human Ku70-Ku80 heterodimer and its recognition of DNA and DNA-PKcs. 著者: Angel Rivera-Calzada / Laura Spagnolo / Laurence H Pearl / Oscar Llorca / ![]() 要旨: Recognition of DNA double-strand breaks during non-homologous end joining is carried out by the Ku70-Ku80 protein, a 150 kDa heterodimer that recruits the DNA repair kinase DNA-dependent protein ...Recognition of DNA double-strand breaks during non-homologous end joining is carried out by the Ku70-Ku80 protein, a 150 kDa heterodimer that recruits the DNA repair kinase DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs) to the lesion. The atomic structure of a truncated Ku70-Ku80 was determined; however, the subunit-specific carboxy-terminal domain of Ku80--essential for binding to DNA-PKcs--was determined only in isolation, and the C-terminal domain of Ku70 was not resolved in its DNA-bound conformation. Both regions are conserved and mediate protein-protein interactions specific to mammals. Here, we reconstruct the three-dimensional structure of the human full-length Ku70-Ku80 dimer at 25 A resolution, alone and in complex with DNA, by using single-particle electron microscopy. We map the C-terminal regions of both subunits, and their conformational changes after DNA and DNA-PKcs binding to define a molecular model of the functions of these domains during DNA repair in the context of full-length Ku70-Ku80 protein. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 628.8 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 50.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 189.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 189 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Frontal view of the apoKu volume at a thresold of 2.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts
全体 | 名称: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts |
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要素 |
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-超分子 #1000: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts
超分子 | 名称: Ku70-Ku80 heterodimer purified from HeLa cell nuclear extracts タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Heterodimer of Ku70 and Ku80 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 152 KDa |
-分子 #1: Ku70
分子 | 名称: Ku70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 70 KDa |
配列 | GO: GO: 0005624 / InterPro: Ku70/Ku80 beta-barrel domain |
-分子 #2: Ku80
分子 | 名称: Ku80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 82 KDa |
配列 | GO: nucleus / InterPro: Ku70/Ku80 beta-barrel domain |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.068 mg/mL |
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緩衝液 | 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 10% glycerol, 1mM DTT, 1mM EDTA, 400mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: A few microliters of the purified Ku complexes were adsorbed to glow discharged carbon coated grids and negatively stained using 1% uranyl acetate. |
グリッド | 詳細: 400 mesh Copper/Palladium grid |
凍結 | 凍結剤: NONE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1230 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: correction with FFT and CCD camera |
詳細 | Microscope used: JEOL1230 |
日付 | 2005年1月14日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK 4489 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 詳細: Scanner: MINOLTA Dimage Scan Multi Pro scanner / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.9 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 3419 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Situs |
詳細 | Protocol: Rigid Body. Rigid body fitting using Situs |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor |