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- EMDB-12691: ABC transporter NosDFY, nucleotide-free in lipid nanodisc, R-domain 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12691
タイトルABC transporter NosDFY, nucleotide-free in lipid nanodisc, R-domain 3
マップデータnanodisc-subtracted refinement,R-domain conformation 3, unsharpened
試料
  • 複合体: ABC Transporter NosFY in complex with accessory periplasmic protein NosD
    • タンパク質・ペプチド: Probable ABC transporter binding protein NosD
    • タンパク質・ペプチド: Probable ABC transporter ATP-binding protein NosF
    • タンパク質・ペプチド: Probable ABC transporter permease protein NosY
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードABC Transporter complex / nucleotide-free / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrous oxide reductase family maturation protein NosD / : / ABC-2 family transporter protein / ABC-2 family transporter protein / Parallel beta-helix repeat-2 / Periplasmic copper-binding protein NosD, beta helix domain / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Periplasmic copper-binding protein (NosD) / Parallel beta-helix repeat ...Nitrous oxide reductase family maturation protein NosD / : / ABC-2 family transporter protein / ABC-2 family transporter protein / Parallel beta-helix repeat-2 / Periplasmic copper-binding protein NosD, beta helix domain / Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Periplasmic copper-binding protein (NosD) / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ABC transporter binding protein NosD / Probable ABC transporter ATP-binding protein NosF / Probable ABC transporter permease protein NosY
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Mueller C / Zhang L
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Molecular interplay of an assembly machinery for nitrous oxide reductase.
著者: Christoph Müller / Lin Zhang / Sara Zipfel / Annika Topitsch / Marleen Lutz / Johannes Eckert / Benedikt Prasser / Mohamed Chami / Wei Lü / Juan Du / Oliver Einsle /
要旨: Emissions of the critical ozone-depleting and greenhouse gas nitrous oxide (NO) from soils and industrial processes have increased considerably over the last decades. As the final step of bacterial ...Emissions of the critical ozone-depleting and greenhouse gas nitrous oxide (NO) from soils and industrial processes have increased considerably over the last decades. As the final step of bacterial denitrification, NO is reduced to chemically inert N (refs. ) in a reaction that is catalysed by the copper-dependent nitrous oxide reductase (NOR) (ref. ). The assembly of its unique [4Cu:2S] active site cluster Cu requires both the ATP-binding-cassette (ABC) complex NosDFY and the membrane-anchored copper chaperone NosL (refs. ). Here we report cryo-electron microscopy structures of Pseudomonas stutzeri NosDFY and its complexes with NosL and NOR, respectively. We find that the periplasmic NosD protein contains a binding site for a Cu ion and interacts specifically with NosL in its nucleotide-free state, whereas its binding to NOR requires a conformational change that is triggered by ATP binding. Mutually exclusive structures of NosDFY in complex with NosL and with NOR reveal a sequential metal-trafficking and assembly pathway for a highly complex copper site. Within this pathway, NosDFY acts as a mechanical energy transducer rather than as a transporter. It links ATP hydrolysis in the cytoplasm to a conformational transition of the NosD subunit in the periplasm, which is required for NosDFY to switch its interaction partner so that copper ions are handed over from the chaperone NosL to the enzyme NOR.
履歴
登録2021年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈nanodisc-subtracted refinement,R-domain conformation 3, unsharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 259.2 Å		1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 259.2 Å		1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 259.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.296 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.018348051 - 0.06610725
平均 (標準偏差)-0.000068038615 (±0.0030334545)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 259.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: nanodisc-subtracted refinement,R-domain conformation 3, sharpened

ファイルemd_12691_additional_1.map
注釈nanodisc-subtracted refinement,R-domain conformation 3, sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ABC Transporter NosFY in complex with accessory periplasmic prote...

全体名称: ABC Transporter NosFY in complex with accessory periplasmic protein NosD
要素
  • 複合体: ABC Transporter NosFY in complex with accessory periplasmic protein NosD
    • タンパク質・ペプチド: Probable ABC transporter binding protein NosD
    • タンパク質・ペプチド: Probable ABC transporter ATP-binding protein NosF
    • タンパク質・ペプチド: Probable ABC transporter permease protein NosY
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: ABC Transporter NosFY in complex with accessory periplasmic prote...

超分子名称: ABC Transporter NosFY in complex with accessory periplasmic protein NosD
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Nucleotide-free state in lipid nanodisc, R-domain conformation 3
由来(天然)生物種: Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア)

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分子 #1: Probable ABC transporter binding protein NosD

分子名称: Probable ABC transporter binding protein NosD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア)
分子量理論値: 48.2585 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MFKAQATFSR YSAAVSLLLL FSGAAQAAPQ SITTLPLQPD GENRWRLPAG EYQGQFTIEQ PMQLRCEPGA VIQSQGQGSS LLISAPDVL VEGCTLYEWG SDLTAMDSAV FILPAAERAQ ISNNRMRGPG FGVFVDGTRD VQVIGNEIDG DAGVRSQDRG N GIHLFAVS ...文字列:
MFKAQATFSR YSAAVSLLLL FSGAAQAAPQ SITTLPLQPD GENRWRLPAG EYQGQFTIEQ PMQLRCEPGA VIQSQGQGSS LLISAPDVL VEGCTLYEWG SDLTAMDSAV FILPAAERAQ ISNNRMRGPG FGVFVDGTRD VQVIGNEIDG DAGVRSQDRG N GIHLFAVS GARVLHNHVR NARDGIYIDT SNGNHLEGNV IEDVRYGVHY MFANENSLID NVTRRTRTGY ALMQSRKLTV TG NRSEQDQ NYGILMNYIT YSTITGNFVS DVQRGDTGGD SMISGGEGKA LFIYNSLFNT IENNHFEKSS LGIHLTAGSE DNR ISGNAF VGNQQQVKYV ASRTQEWSVD GRGNYWSDYL GWDRNNDGLG DIAYEPNDNV DRLLWLYPQV RLLMNSPSIE VLRW VQRAF PVIKSPGVQD SHPLMKLPTE KLLTEKQEPT S

UniProtKB: Probable ABC transporter binding protein NosD

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分子 #2: Probable ABC transporter ATP-binding protein NosF

分子名称: Probable ABC transporter ATP-binding protein NosF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア)
分子量理論値: 33.821703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MNAVEIQGVS QRYGSMTVLH DLNLNLGEGE VLGLFGHNGA GKTTSMKLIL GLLSPSEGQV KVLGRAPNDP QVRRQLGYLP ENVTFYPQL SGRETLRHFA RLKGAALTQV DELLEQVGLA HAADRRVKTY SKGMRQRLGL AQALLGEPRL LLLDEPTVGL D PIATQDLY ...文字列:
MNAVEIQGVS QRYGSMTVLH DLNLNLGEGE VLGLFGHNGA GKTTSMKLIL GLLSPSEGQV KVLGRAPNDP QVRRQLGYLP ENVTFYPQL SGRETLRHFA RLKGAALTQV DELLEQVGLA HAADRRVKTY SKGMRQRLGL AQALLGEPRL LLLDEPTVGL D PIATQDLY LLIDRLRQRG TSIILCSHVL PGVEAHINRA AILAKGCLQA VGSLSQLRAE AGLPVRIRAS GISERDSWLQ RW TDAGHSA RGLSESSIEV VAVNGHKLVL LRQLLGEGEP EDIEIHQPSL EDLYRYYMER AGDVRAQEGR L

UniProtKB: Probable ABC transporter ATP-binding protein NosF

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分子 #3: Probable ABC transporter permease protein NosY

分子名称: Probable ABC transporter permease protein NosY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア)
分子量理論値: 29.449203 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MNQVWNIARK ELSDGLRNRW LLAISLLFAV LAVGIAWLGA AASGQLGFTS IPATIASLAS LATFLMPLIA LLLAYDAIVG EDEGGTLML LLTYPLGRGQ ILLGKFVGHG LILALAVLIG FGCAALAIAL LVEGVELGML FWAFGRFMIS STLLGWVFLA F AYVLSGKV ...文字列:
MNQVWNIARK ELSDGLRNRW LLAISLLFAV LAVGIAWLGA AASGQLGFTS IPATIASLAS LATFLMPLIA LLLAYDAIVG EDEGGTLML LLTYPLGRGQ ILLGKFVGHG LILALAVLIG FGCAALAIAL LVEGVELGML FWAFGRFMIS STLLGWVFLA F AYVLSGKV NEKSSAAGLA LGVWFLFVLV FDLVLLALLV LSEGKFNPEL LPWLLLLNPT DIYRLINLSG FEGSGSAMGV LS LGADLPV PAAVLWLCLL AWIGVSLLLA YAIFRRRLT

UniProtKB: Probable ABC transporter permease protein NosY

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用した粒子像数: 68188
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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