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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12674 | |||||||||
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タイトル | Map of the hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi with periplasmic region | |||||||||
マップデータ | Map of a hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi with periplasmic region | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Ritter C / Chojnowski G / Beckham KSH / Mullapudi E / Rettel M / Savitski MM / Mortensen SA / Ziemianowicz D / Kosinski J / Wilmanns M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structure of the mycobacterial ESX-5 type VII secretion system pore complex. 著者: Katherine S H Beckham / Christina Ritter / Grzegorz Chojnowski / Daniel S Ziemianowicz / Edukondalu Mullapudi / Mandy Rettel / Mikhail M Savitski / Simon A Mortensen / Jan Kosinski / Matthias Wilmanns / 要旨: The ESX-5 type VII secretion system is a membrane-spanning protein complex key to the virulence of mycobacterial pathogens. However, the overall architecture of the fully assembled translocation ...The ESX-5 type VII secretion system is a membrane-spanning protein complex key to the virulence of mycobacterial pathogens. However, the overall architecture of the fully assembled translocation machinery and the composition of the central secretion pore have remained unknown. Here, we present the high-resolution structure of the 2.1-megadalton ESX-5 core complex. Our structure captured a dynamic, secretion-competent conformation of the pore within a well-defined transmembrane section, sandwiched between two flexible protein layers at the cytosolic entrance and the periplasmic exit. We propose that this flexibility endows the ESX-5 machinery with large conformational plasticity required to accommodate targeted protein secretion. Compared to known secretion systems, a highly dynamic state of the pore may represent a fundamental principle of bacterial secretion machineries. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12674.map.gz | 167.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12674-v30.xml emd-12674.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12674.png | 63.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12674 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12674 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 391 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of a hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi with periplasmic region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, ...
全体 | 名称: Hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, EccD5-1, EccD5-2, EccE |
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要素 |
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-超分子 #1: Hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, ...
超分子 | 名称: Hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, EccD5-1, EccD5-2, EccE タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア) 細胞中の位置: membrane |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 2.142 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 nm | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): -0.7000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): -1.7 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 27873 / 平均電子線量: 49.34 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) / 使用した粒子像数: 52015 |