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万見
- EMDB-12660: Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (open conformation) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12660
タイトルCryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA monomer (open conformation)
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of MukBEF, AcpP, MatP and DNA
    • 複合体: Complex of MukBEFand MatP
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: Acyl carrier protein
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 3種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / chromosome condensation / acyl carrier activity / chromosome segregation / sequence-specific DNA binding / DNA replication / cell division / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding ...nucleoid / chromosome condensation / acyl carrier activity / chromosome segregation / sequence-specific DNA binding / DNA replication / cell division / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrodomain Ter protein, MatP / MatP, N-terminal / MatP, C-terminal ribbon-helix-helix domain / MatP, N-terminal domain superfamily / MatP N-terminal domain / MatP C-terminal ribbon-helix-helix domain / Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family ...Macrodomain Ter protein, MatP / MatP, N-terminal / MatP, C-terminal ribbon-helix-helix domain / MatP, N-terminal domain superfamily / MatP N-terminal domain / MatP C-terminal ribbon-helix-helix domain / Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily / MukF winged-helix domain / MukF middle domain / MukF C-terminal domain / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukB N-terminal / MukB hinge domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Arc-type ribbon-helix-helix / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukE / Chromosome partition protein MukB / Macrodomain Ter protein / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus thracensis (バクテリア) / Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Buermann F / Lowe J
引用
ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of MukBEF reveals DNA loop entrapment at chromosomal unloading sites.
著者: Frank Bürmann / Louise F H Funke / Jason W Chin / Jan Löwe /
要旨: The ring-like structural maintenance of chromosomes (SMC) complex MukBEF folds the genome of Escherichia coli and related bacteria into large loops, presumably by active DNA loop extrusion. MukBEF ...The ring-like structural maintenance of chromosomes (SMC) complex MukBEF folds the genome of Escherichia coli and related bacteria into large loops, presumably by active DNA loop extrusion. MukBEF activity within the replication terminus macrodomain is suppressed by the sequence-specific unloader MatP. Here, we present the complete atomic structure of MukBEF in complex with MatP and DNA as determined by electron cryomicroscopy (cryo-EM). The complex binds two distinct DNA double helices corresponding to the arms of a plectonemic loop. MatP-bound DNA threads through the MukBEF ring, while the second DNA is clamped by the kleisin MukF, MukE, and the MukB ATPase heads. Combinatorial cysteine cross-linking confirms this topology of DNA loop entrapment in vivo. Our findings illuminate how a class of near-ubiquitous DNA organizers with important roles in genome maintenance interacts with the bacterial chromosome.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: DNA entrapment revealed by the structure of bacterial condensin MukBEF
著者: Buermann F / Funke LFH / Chin JW / Lowe J
履歴
登録2021年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2022年3月23日-
現状2022年3月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nz0
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12660.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.45 Å/pix.
x 318 pix.
= 462.238 Å		1.45 Å/pix.
x 318 pix.
= 462.238 Å		1.45 Å/pix.
x 318 pix.
= 462.238 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45358 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.006135923 - 0.039603714
平均 (標準偏差)1.0167657e-05 (±0.0017743679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ318318318
Spacing318318318
セルA=B=C: 462.23843 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.45357861635221.45357861635221.4535786163522
M x/y/z318318318
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z462.238462.238462.238
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS318318318
D min/max/mean-0.0060.0400.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12660_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_12660_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_12660_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_12660_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of MukBEF, AcpP, MatP and DNA

全体名称: Complex of MukBEF, AcpP, MatP and DNA
要素
  • 複合体: Complex of MukBEF, AcpP, MatP and DNA
    • 複合体: Complex of MukBEFand MatP
      • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukB
      • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukF
      • タンパク質・ペプチド: Chromosome partition protein MukE
      • タンパク質・ペプチド: Macrodomain Ter protein
    • 複合体: Acyl carrier protein
      • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • 複合体: DNA
      • DNA: matS2 DNA 80 b, oligo FBA769
      • DNA: matS2 DNA 80 b, oligo FBA770
      • DNA: DNA 80 b
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE

+
超分子 #1: Complex of MukBEF, AcpP, MatP and DNA

超分子名称: Complex of MukBEF, AcpP, MatP and DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8

+
超分子 #2: Complex of MukBEFand MatP

超分子名称: Complex of MukBEFand MatP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #3: Acyl carrier protein

超分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#8
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Chromosome partition protein MukB

分子名称: Chromosome partition protein MukB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 170.240188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MIERGKFRSL TLVNWNGFFA RTFDLDELVT TLSGGNGAGK STTMAAFVTA LIPDLTLLHF RNTTEAGATS GSRDKGLHGK LRAGVCYST LDVINSRHQR VVVGVRLQQV AGRDRKVDIK PFMIQGLPTA IQPTQLLTEN VGERQARVLP LNELKDRLDE M EGVQFKQF ...文字列:
MIERGKFRSL TLVNWNGFFA RTFDLDELVT TLSGGNGAGK STTMAAFVTA LIPDLTLLHF RNTTEAGATS GSRDKGLHGK LRAGVCYST LDVINSRHQR VVVGVRLQQV AGRDRKVDIK PFMIQGLPTA IQPTQLLTEN VGERQARVLP LNELKDRLDE M EGVQFKQF NSITDYHAQM FDLGVIPKRL RSASDRSKFY RLIEASLYGG ISSAITRSLR DYLLPENSGV RKAFQDMEAA LR ENRITLE AIRVTQSDRD LFKHLITEAT SYVSADYMRH ANERRTHLDE ALALRGELFG SHKQLATEQY RHVEMARELA EQS GASSDL ETDHQAASDH LNLVQTAMRQ QEKIDRYQVD LEELSYRLEE QTDVVEEAGE LQAEYEARTE ATEQEVDELK SQLA DYQQA LDVQQTRAIQ YQQALQALER ARELCRLPDL SVDNAEEWLE TFQAKEQQAT EALLALEQKL SVADAAHNQF EQAYQ LVKN IVGETSRSEA WQSARELLRD WPSQRHLADR VQPLRMRLSE LEQRLNNQQN AERLLSEFCK RQGRQYQAED LEALQN ELE ARQEALSLSV NEGGERRMEM RQELEQLKQK IQSLTARAPV WLAAQDTLNQ LCEQSGETLA SSNDVTEYMQ QLLERER EA TVERDEVAAQ KRELEKQIER LSQPSGAEDS RMIALAERFG GVLLSEIYDD ITIDDAPYFS ALYGPARHGI VVPDLSLV R PHLETLEDCP EDLYLIEGDP QSFDDSVFNA EEQTNAVLVK SSDRQWRYSR YPELPLFGRA ARENRLEALN LERDALAER YATLSFDVQK IQRAHQAFSQ FVGKHLSVAF DTDPEAEIRE LRQRHTELER EVSRFEDQTQ QQRQQYAQAK ESLTTLNRLI PQVTLLLDE TLIDRVEEVR EEMDEAQEAA RFLQQHGSAL TKLEPMVAVL QSDPQQHEQL QQDYETAKHS QHQAKQQAFA L VEIVQRRV HFSYSDSAGM LSENADLNDK LRQRLEHAES DRSRAREQLR QQQAQYSQFN QVLASLKSSY ETKQDMLKEL LQ EMKDIGV QADANAEMRA RERRDRLHEA LSVNRSRVNQ LEKQIAFCEA EMENVQKKLR KLERDYYQIR EQVVSAKAGW CAV MRMVKD NGVERRLHRR ELAYMEGGAL RSMSDKALGA LRLAVADNEH LRDALRLSED PKRPERKVQF FIAVYQHLRE RIRQ DIIRT DDPVDAIEQM EIELARLTEE LTAREQKLAI SSKSVANIIR KTIQREQNRI RMLNQGLQAV SFGQVRGVRL NVNVR ESHA ILLDVLSEQQ EQHQDLFNSQ RLTFSEAMAK LYQRLNPQVD MGQRLPQTIG EELLDYRNYL ELDVEVNRGS DGWLKA ESG ALSTGEAIGT GMSILVMVVQ SWEEESRRLR GKDISPCRLL FLDQAARLDA KSIATLFELC ERLQMQLIIA APENISP EK GTTYKLVRKV FKNHEHVHVV GLRGFGQDAP ATQLISDVTA

+
分子 #2: Chromosome partition protein MukF

分子名称: Chromosome partition protein MukF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 50.193305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSEYSQTVPE LVSWARKNDF SISLPVERLA FLMAIAVLNS ERLDGEMSEG ELIDAFREVC KGFEQTAESV AVRANNAIND MVRQKLLNR FTSELADGNA IYRLTPLGIS ISDYYIRQRE FSTLRLSMQL SIVANELHRA AEAAEEGGDE FHWHRNVFAP L KYSVAEIF ...文字列:
MSEYSQTVPE LVSWARKNDF SISLPVERLA FLMAIAVLNS ERLDGEMSEG ELIDAFREVC KGFEQTAESV AVRANNAIND MVRQKLLNR FTSELADGNA IYRLTPLGIS ISDYYIRQRE FSTLRLSMQL SIVANELHRA AEAAEEGGDE FHWHRNVFAP L KYSVAEIF DSIDMSQRLM DEQQNFVKED IAALLNQDWQ AAIANCEQLL SETSGTLREL QDTLEAAGDK LQANLLRIQD AN MGSGGSE LVDKLVFDLQ SKLDRIISWG QQAIDLWIGY DRHVHKFIRT AIDMDKNRIF SQRLRQSVQH YFDNPWTLTV ANA ERLLDM RDEELALRNE EVTGELPLEL EYEEFSEIND QLAAMIEKAL LVYQQEQRPL DLGAVLRDYL AQHPLPRHFD VARI LVDQA VRLGVAEADF SGLPAEWLAI NDYGAKVQAH VIDTY

+
分子 #3: Chromosome partition protein MukE

分子名称: Chromosome partition protein MukE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 27.423848 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSSTHIEQFM PVKLAQALAN SLFPELDSQL RAGRHIGIDD LDNHAFLMDF QEQLEEFYAR YNVELIRAPE GFFYLRPRST TLIPRSVLS ELDMMVGKIL CYLYLSPERL ANQGIFTSQE LYEELISLAD EGKLMKFVNQ RSSGSDLDKQ KLQEKVRTTL N RLRRLGMV ...文字列:
MSSTHIEQFM PVKLAQALAN SLFPELDSQL RAGRHIGIDD LDNHAFLMDF QEQLEEFYAR YNVELIRAPE GFFYLRPRST TLIPRSVLS ELDMMVGKIL CYLYLSPERL ANQGIFTSQE LYEELISLAD EGKLMKFVNQ RSSGSDLDKQ KLQEKVRTTL N RLRRLGMV YFLPNNNNKF TITEAVFRFG ADVRSGDDPR EIQLRMIRDG EAMPVEGSLS LDDSENDETP DNSAEGAGDE QP

+
分子 #4: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: DE3
分子量理論値: 8.64546 KDa
配列文字列:
MSTIEERVKK IIGEQLGVKQ EEVTNNASFV EDLGADSLDT VELVMALEEE FDTEIPDEEA EKITTVQAAI DYINGHQA

+
分子 #5: Macrodomain Ter protein

分子名称: Macrodomain Ter protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 18.032613 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKYQQLENLE CGWKWAYLIR KHQEGEPITK YIENSAAHAA VDKLIKLESE PVRVLEWIEQ HMNPDLFNRM KQTIRARRKR HFNAEHQHT RKKSIDLDFP VWHRLSALSQ RRGNTLSETI VQLIEDAERK EKYANQMSSL KHDLEAILGK NE

+
分子 #6: matS2 DNA 80 b, oligo FBA769

分子名称: matS2 DNA 80 b, oligo FBA769 / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 24.625713 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG) (DT) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG) (DT) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)

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分子 #7: matS2 DNA 80 b, oligo FBA770

分子名称: matS2 DNA 80 b, oligo FBA770 / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 24.715855 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA) (DG) (DA)(DC)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA) (DG) (DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DA)(DG)

+
分子 #8: DNA 80 b

分子名称: DNA 80 b / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
分子量理論値: 9.216037 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE

分子名称: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: PNS
分子量理論値: 358.348 Da
Chemical component information

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60245
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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