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万見
- EMDB-12591: Cryo-EM structure of S.cerevisiae native alcohol dehydrogenase 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12591
タイトルCryo-EM structure of S.cerevisiae native alcohol dehydrogenase 1 (ADH1) in its tetrameric apo state
マップデータLocal sharpen cryo-EM map of apo ADH1
試料
  • 複合体: Tetrameric structure of native ADH1 from S. cereviciae in its apo state.
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol dehydrogenase 1
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal reductase (NADH) / amino acid catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / octanol dehydrogenase (NAD+) activity / methylglyoxal reductase (NADH) activity / glycolytic fermentation to ethanol / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / NADH oxidation / melatonin binding / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase ...methylglyoxal reductase (NADH) / amino acid catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / octanol dehydrogenase (NAD+) activity / methylglyoxal reductase (NADH) activity / glycolytic fermentation to ethanol / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / NADH oxidation / melatonin binding / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Nzigou Mandouckou JA / Carroni M / Haeggstrom JZ / Thulasingam M
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2018-02818 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of S.cerevisiae native alcohol dehydrogenase 1 (ADH1) in its tetrameric apo state
著者: Nzigou Mandouckou JA / Carroni M / Haeggstrom JZ / Thulasingam M
履歴
登録2021年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2022年10月12日-
現状2022年10月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12591.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local sharpen cryo-EM map of apo ADH1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6072 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.185
最小 - 最大-0.044863712 - 0.54785806
平均 (標準偏差)-2.4007259e-12 (±0.022352392)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 242.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12591_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unfiltered cryo-EM map of apo ADH1

ファイルemd_12591_additional_1.map
注釈Unfiltered cryo-EM map of apo ADH1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of cryo-EM map of apo ADH1

ファイルemd_12591_half_map_1.map
注釈Half map A of cryo-EM map of apo ADH1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of cryo-EM map of apo ADH1

ファイルemd_12591_half_map_2.map
注釈Half map B of cryo-EM map of apo ADH1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric structure of native ADH1 from S. cereviciae in its apo...

全体名称: Tetrameric structure of native ADH1 from S. cereviciae in its apo state.
要素
  • 複合体: Tetrameric structure of native ADH1 from S. cereviciae in its apo state.
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol dehydrogenase 1
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Tetrameric structure of native ADH1 from S. cereviciae in its apo...

超分子名称: Tetrameric structure of native ADH1 from S. cereviciae in its apo state.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Stable homotetramer, composed of four monomers labelled as A, B, C and D.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量実験値: 147 KDa

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分子 #1: Alcohol dehydrogenase 1

分子名称: Alcohol dehydrogenase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alcohol dehydrogenase
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 36.759906 KDa
配列文字列: SIPETQKGVI FYESHGKLEY KDIPVPKPKA NELLINVKYS GVCHTDLHAW HGDWPLPVKL PLVGGHEGAG VVVGMGENVK GWKIGDYAG IKWLNGSCMA CEYCELGNES NCPHADLSGY THDGSFQQYA TADAVQAAHI PQGTDLAQVA PILCAGITVY K ALKSANLM ...文字列:
SIPETQKGVI FYESHGKLEY KDIPVPKPKA NELLINVKYS GVCHTDLHAW HGDWPLPVKL PLVGGHEGAG VVVGMGENVK GWKIGDYAG IKWLNGSCMA CEYCELGNES NCPHADLSGY THDGSFQQYA TADAVQAAHI PQGTDLAQVA PILCAGITVY K ALKSANLM AGHWVAISGA AGGLGSLAVQ YAKAMGYRVL GIDGGEGKEE LFRSIGGEVF IDFTKEKDIV GAVLKATDGG AH GVINVSV SEAAIEASTR YVRANGTTVL VGMPAGAKCC SDVFNQVVKS ISIVGSYVGN RADTREALDF FARGLVKSPI KVV GLSTLP EIYEKMEKGQ IVGRYVVDTS K

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Coma free - Residual tilt: 130.0 mrad
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14964 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 639189
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 40)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5env

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.041) / 使用した粒子像数: 222802
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.041) / 詳細: SGD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.041)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5env


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-347
詳細Model building and refinement were done using using CCP-EM software suite (Burnley et al, 2017). The X-ray structure of yeast ADH1 (PDB: 5ENV) was used as a starting model for model building. This model was docked into our Cryo-EM map using MolRep (Brown et al, 2014). The resulting starting model was manually adjusted in Coot (Emsley et al, 2010). REFMAC 5 (Brown et al, 2014) used for structure model refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 温度因子: 123
得られたモデル

PDB-7ntm:
Cryo-EM structure of S.cerevisiae native alcohol dehydrogenase 1 (ADH1) in its tetrameric apo state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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