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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1254 | |||||||||
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タイトル | Hexameric ring structure of human MCM10 DNA replication factor. | |||||||||
マップデータ | Surface views of human Mcm10 top side bottom stereo | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Okorokov AL / Orlova EV | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2007 タイトル: Hexameric ring structure of human MCM10 DNA replication factor. 著者: Andrei L Okorokov / Alastair Waugh / Julie Hodgkinson / Andal Murthy / Hye Kyung Hong / Elisabetta Leo / Michael B Sherman / Kai Stoeber / Elena V Orlova / Gareth H Williams / 要旨: The DNA replication factor minichromosome maintenance 10 (MCM10) is a conserved, abundant nuclear protein crucial for origin firing. During the transition from pre-replicative complexes to pre- ...The DNA replication factor minichromosome maintenance 10 (MCM10) is a conserved, abundant nuclear protein crucial for origin firing. During the transition from pre-replicative complexes to pre-initiation complexes, MCM10 recruitment to replication origins is required to provide a physical link between the MCM2-7 complex DNA helicase and DNA polymerases. Here, we report the molecular structure of human MCM10 as determined by electron microscopy and single-particle analysis. The MCM10 molecule is a ring-shaped hexamer with large central and smaller lateral channels and a system of inner chambers. This structure, together with biochemical data, suggests that this important protein uses its architecture to provide a docking module for assembly of the molecular machinery required for eukaryotic DNA replication. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1254.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1254-v30.xml emd-1254.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1254.gif | 64.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1254 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1254 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1254_validation.pdf.gz | 229.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1254_full_validation.pdf.gz | 228.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1254_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1254 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1254 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Surface views of human Mcm10 top side bottom stereo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.59 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : recombinant human Mcm10
全体 | 名称: recombinant human Mcm10 |
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要素 |
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-超分子 #1000: recombinant human Mcm10
超分子 | 名称: recombinant human Mcm10 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 650 KDa / 理論値: 590 KDa / 手法: size-exclusion FPLC |
-分子 #1: Mcm10
分子 | 名称: Mcm10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA replication factor / 詳細: UniProtKB/TrEMBL entry Q3MIR3 / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: nuclear |
分子量 | 実験値: 590 KDa / 理論値: 650 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli, Rosetta / 組換プラスミド: pProEX-HT-B |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 詳細: 25 mM Tris-HCl pH 9.0, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids were stained with 2% w/v methylamine tungstate, (Nano-W, Nanoprobes Inc.) for 1 min. |
グリッド | 詳細: 400 mesh, freshly glow-discharged in air |
凍結 | 凍結剤: NONE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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詳細 | images were taken on FEI Technai T10 microscope in low dose mode. |
日付 | 2005年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 15 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / カメラ長: 500 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 44000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
詳細 | The particles were selected interactively at the computer terminal. close |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 詳細: Final map was calculated from 197 best classes / 使用した粒子像数: 5000 |
最終 2次元分類 | クラス数: 197 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID - 0: 1 / Chain - Chain ID - 1: L / Chain - Chain ID - 2: T / Chain - Chain ID - 3: L |
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ソフトウェア | 名称: URO |
詳細 | Protocol: rigid body. The domains were fitted automatically using URO |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coeficient |