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- EMDB-1254: Hexameric ring structure of human MCM10 DNA replication factor. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1254
タイトルHexameric ring structure of human MCM10 DNA replication factor.
マップデータSurface views of human Mcm10 top side bottom stereo
試料
  • 試料: recombinant human Mcm10
  • タンパク質・ペプチド: Mcm10
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Okorokov AL / Orlova EV
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2007
タイトル: Hexameric ring structure of human MCM10 DNA replication factor.
著者: Andrei L Okorokov / Alastair Waugh / Julie Hodgkinson / Andal Murthy / Hye Kyung Hong / Elisabetta Leo / Michael B Sherman / Kai Stoeber / Elena V Orlova / Gareth H Williams /
要旨: The DNA replication factor minichromosome maintenance 10 (MCM10) is a conserved, abundant nuclear protein crucial for origin firing. During the transition from pre-replicative complexes to pre- ...The DNA replication factor minichromosome maintenance 10 (MCM10) is a conserved, abundant nuclear protein crucial for origin firing. During the transition from pre-replicative complexes to pre-initiation complexes, MCM10 recruitment to replication origins is required to provide a physical link between the MCM2-7 complex DNA helicase and DNA polymerases. Here, we report the molecular structure of human MCM10 as determined by electron microscopy and single-particle analysis. The MCM10 molecule is a ring-shaped hexamer with large central and smaller lateral channels and a system of inner chambers. This structure, together with biochemical data, suggests that this important protein uses its architecture to provide a docking module for assembly of the molecular machinery required for eukaryotic DNA replication.
履歴
登録2006年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年8月9日-
マップ公開2007年8月22日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1254.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Surface views of human Mcm10 top side bottom stereo
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.59 Å/pix.
x 120 pix.
= 190.8 Å		1.59 Å/pix.
x 120 pix.
= 190.8 Å		1.59 Å/pix.
x 120 pix.
= 190.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.59 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0255 / ムービー #1: 0.0116
最小 - 最大-0.0206095 - 0.0700683
平均 (標準偏差)0.00312238 (±0.0090834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 190.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.591.591.59
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z190.800190.800190.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-60-60-60
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.0210.0700.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : recombinant human Mcm10

全体名称: recombinant human Mcm10
要素
  • 試料: recombinant human Mcm10
  • タンパク質・ペプチド: Mcm10

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超分子 #1000: recombinant human Mcm10

超分子名称: recombinant human Mcm10 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 650 KDa / 理論値: 590 KDa / 手法: size-exclusion FPLC

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分子 #1: Mcm10

分子名称: Mcm10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA replication factor / 詳細: UniProtKB/TrEMBL entry Q3MIR3 / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: nuclear
分子量実験値: 590 KDa / 理論値: 650 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli, Rosetta / 組換プラスミド: pProEX-HT-B

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: 25 mM Tris-HCl pH 9.0, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids were stained with 2% w/v methylamine tungstate, (Nano-W, Nanoprobes Inc.) for 1 min.
グリッド詳細: 400 mesh, freshly glow-discharged in air
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
詳細images were taken on FEI Technai T10 microscope in low dose mode.
日付2005年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 15 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / カメラ長: 500 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 44000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細The particles were selected interactively at the computer terminal. close
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 詳細: Final map was calculated from 197 best classes / 使用した粒子像数: 5000
最終 2次元分類クラス数: 197

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1n25


Chain - Chain ID - 0: 1 / Chain - Chain ID - 1: L / Chain - Chain ID - 2: T / Chain - Chain ID - 3: L
ソフトウェア名称: URO
詳細Protocol: rigid body. The domains were fitted automatically using URO
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coeficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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