[日本語] English
万見
- EMDB-1252: Nucleotide-dependent conformational changes in the DnaA-like core... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1252
タイトルNucleotide-dependent conformational changes in the DnaA-like core of the origin recognition complex.
マップデータThis is an envelope of the apo-form of the Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex.
試料
  • 試料: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex
  • タンパク質・ペプチド: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Clarey MG / Erzberger JP / Grob P / Leschziner AE / Berger JM / Nogales EN / Botchan MR
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Nucleotide-dependent conformational changes in the DnaA-like core of the origin recognition complex.
著者: Megan G Clarey / Jan P Erzberger / Patricia Grob / Andres E Leschziner / James M Berger / Eva Nogales / Michael Botchan /
要旨: Structural details of initiator proteins for DNA replication have provided clues to the molecular events in this process. EM reconstructions of the Drosophila melanogaster origin recognition complex ...Structural details of initiator proteins for DNA replication have provided clues to the molecular events in this process. EM reconstructions of the Drosophila melanogaster origin recognition complex (ORC) reveal nucleotide-dependent conformational changes in the core of the complex. All five AAA+ domains in ORC contain a conserved structural element that, in DnaA, promotes formation of a right-handed helix, indicating that helical AAA+ substructures may be a feature of all initiators. A DnaA helical pentamer can be docked into ORC, and the location of Orc5 uniquely positions this core. The results suggest that ATP-dependent conformational changes observed in ORC derive from reorientation of the AAA+ domains. By analogy to the DNA-wrapping activity of DnaA, we posit that ORC together with Cdc6 prepares origin DNA for helicase loading through mechanisms related to the established pathway of prokaryotes.
履歴
登録2006年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年8月3日-
マップ公開2006年8月9日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0041
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0041
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1252.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1252.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an envelope of the apo-form of the Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.18 Å/pix.
x 69 pix.
= 357.42 Å		5.18 Å/pix.
x 69 pix.
= 357.42 Å		5.18 Å/pix.
x 69 pix.
= 357.42 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.000839 / ムービー #1: 0.0041
最小 - 最大-0.005539 - 0.0195037
平均 (標準偏差)0.000071821 (±0.00101115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ696969
Spacing696969
セルA=B=C: 357.42 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.185.185.18
M x/y/z696969
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.420357.420357.420
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS696969
D min/max/mean-0.0060.0200.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex

全体名称: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex
要素
  • 試料: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex
  • タンパク質・ペプチド: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex

-
超分子 #1000: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex

超分子名称: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 420 KDa / 理論値: 420 KDa

-
分子 #1: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex

分子名称: Drosophila melanogaster Origin Recognition Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ORC / コピー数: 1 / 集合状態: heterohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞: Hi5 / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 390 KDa / 理論値: 390 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: negative stain / 試料ホルダーモデル: OTHER

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る