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- EMDB-12471: B-brick 0.75:1 N:P PEG-oligolysine coated in PBS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12471
タイトルB-brick 0.75:1 N:P PEG-oligolysine coated in PBS
マップデータRefined and post-processed map
試料
  • 複合体: B-brick 0.75:1 N:P PEG-oligolysine coated in PBS
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.76 Å
データ登録者Bertosin E / Stoemmer P / Feigl E / Wenig M / Honemann MN / Dietz H
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Gottfried-Wilhelm-Leibniz Program ドイツ
European Research Council (ERC)Consolidator Grant (GA #724261) ドイツ
Max Planck SocietyMax Planck School Matter to Life ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB863 TPA9 Project ID 111166240 ドイツ
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2021
タイトル: Cryo-Electron Microscopy and Mass Analysis of Oligolysine-Coated DNA Nanostructures.
著者: Eva Bertosin / Pierre Stömmer / Elija Feigl / Maximilian Wenig / Maximilian N Honemann / Hendrik Dietz /
要旨: Cationic coatings can enhance the stability of synthetic DNA objects in low ionic strength environments such as physiological fluids. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), ...Cationic coatings can enhance the stability of synthetic DNA objects in low ionic strength environments such as physiological fluids. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), pseudoatomic model fitting, and single-molecule mass photometry to study oligolysine and polyethylene glycol (PEG)-oligolysine-coated multilayer DNA origami objects. The coatings preserve coarse structural features well on a resolution of multiple nanometers but can also induce deformations such as twisting and bending. Higher-density coatings also led to internal structural deformations in the DNA origami test objects, in which a designed honeycomb-type helical lattice was deformed into a more square-lattice-like pattern. Under physiological ionic strength, where the uncoated objects disassembled, the coated objects remained intact but they shrunk in the helical direction and expanded in the direction perpendicular to the helical axis. Helical details like major/minor grooves and crossover locations were not discernible in cryo-EM maps that we determined of DNA origami coated with oligolysine and PEG-oligolysine, whereas these features were visible in cryo-EM maps determined from the uncoated reference objects. Blunt-ended double-helical interfaces remained accessible underneath the coating and may be used for the formation of multimeric DNA origami assemblies that rely on stacking interactions between blunt-ended helices. The ionic strength requirements for forming multimers from coated DNA origami differed from those needed for uncoated objects. Using single-molecule mass photometry, we found that the mass of coated DNA origami objects prior to and after incubation in low ionic strength physiological conditions remained unchanged. This finding indicated that the coating effectively prevented strand dissociation but also that the coating itself remained stable in place. Our results validate oligolysine coatings as a powerful stabilization method for DNA origami but also reveal several potential points of failure that experimenters should watch to avoid working with false premises.
履歴
登録2021年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年7月7日-
現状2021年7月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0178
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0178
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12471.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined and post-processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 695.7 Å		2.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 695.7 Å		2.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 695.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.319 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0178 / ムービー #1: 0.0178
最小 - 最大-0.0337992 - 0.12707113
平均 (標準偏差)0.0009849673 (±0.0082759755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 695.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.3192.3192.319
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z695.700695.700695.700
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0340.1270.001

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添付データ

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追加マップ: Composite map from Multibody PostProcessing job

ファイルemd_12471_additional_1.map
注釈Composite map from Multibody PostProcessing job
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : B-brick 0.75:1 N:P PEG-oligolysine coated in PBS

全体名称: B-brick 0.75:1 N:P PEG-oligolysine coated in PBS
要素
  • 複合体: B-brick 0.75:1 N:P PEG-oligolysine coated in PBS

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超分子 #1: B-brick 0.75:1 N:P PEG-oligolysine coated in PBS

超分子名称: B-brick 0.75:1 N:P PEG-oligolysine coated in PBS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#79
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59185
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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