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万見
- EMDB-12360: Wzc-K540M MgADP C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12360
タイトルWzc-K540M MgADP C1
マップデータ
試料
  • 複合体: Octameric complex of Wzc-K540M in complex with Mg ADP
    • タンパク質・ペプチド: Putative transmembrane protein Wzc
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードWzc / regulator / capsular polysaccharide synthesis and transport / Gram-negative pathogens / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein tyrosine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine kinase, G-rich domain / G-rich domain on putative tyrosine kinase / Exopolysaccharide synthesis protein / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative transmembrane protein Wzc
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Naismith JH / Liu JW
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The molecular basis of regulation of bacterial capsule assembly by Wzc.
著者: Yun Yang / Jiwei Liu / Bradley R Clarke / Laura Seidel / Jani R Bolla / Philip N Ward / Peijun Zhang / Carol V Robinson / Chris Whitfield / James H Naismith /
要旨: Bacterial extracellular polysaccharides (EPSs) play critical roles in virulence. Many bacteria assemble EPSs via a multi-protein "Wzx-Wzy" system, involving glycan polymerization at the outer face of ...Bacterial extracellular polysaccharides (EPSs) play critical roles in virulence. Many bacteria assemble EPSs via a multi-protein "Wzx-Wzy" system, involving glycan polymerization at the outer face of the cytoplasmic/inner membrane. Gram-negative species couple polymerization with translocation across the periplasm and outer membrane and the master regulator of the system is the tyrosine autokinase, Wzc. This near atomic cryo-EM structure of dephosphorylated Wzc from E. coli shows an octameric assembly with a large central cavity formed by transmembrane helices. The tyrosine autokinase domain forms the cytoplasm region, while the periplasmic region contains small folded motifs and helical bundles. The helical bundles are essential for function, most likely through interaction with the outer membrane translocon, Wza. Autophosphorylation of the tyrosine-rich C-terminus of Wzc results in disassembly of the octamer into multiply phosphorylated monomers. We propose that the cycling between phosphorylated monomer and dephosphorylated octamer regulates glycan polymerization and translocation.
履歴
登録2021年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nii
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12360.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12360.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 202.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 376 pix.
= 311.704 Å		0.83 Å/pix.
x 376 pix.
= 311.704 Å		0.83 Å/pix.
x 376 pix.
= 311.704 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-1.8372166 - 3.6118157
平均 (標準偏差)0.0064256843 (±0.07886178)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ376376376
Spacing376376376
セルA=B=C: 311.704 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8290.8290.829
M x/y/z376376376
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z311.704311.704311.704
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ383838
NX/NY/NZ225225225
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS376376376
D min/max/mean-1.8373.6120.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Octameric complex of Wzc-K540M in complex with Mg ADP

全体名称: Octameric complex of Wzc-K540M in complex with Mg ADP
要素
  • 複合体: Octameric complex of Wzc-K540M in complex with Mg ADP
    • タンパク質・ペプチド: Putative transmembrane protein Wzc
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Octameric complex of Wzc-K540M in complex with Mg ADP

超分子名称: Octameric complex of Wzc-K540M in complex with Mg ADP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 640 KDa

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分子 #1: Putative transmembrane protein Wzc

分子名称: Putative transmembrane protein Wzc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 80.571328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTSVTSKQST ILGSDEIDLG RVIGELIDHR KLIISITSVF TLFAILYALL ATPIYETDAL IQIEQKQGNA ILSSLSQVLP DGQPQSAPE TALLQSRMIL GKTIDDLNLQ IQIEQKYFPV IGRGLARLMG EKPGNIDITR LYLPDSDDIS NNTPSIILTV K DKENYSIN ...文字列:
MTSVTSKQST ILGSDEIDLG RVIGELIDHR KLIISITSVF TLFAILYALL ATPIYETDAL IQIEQKQGNA ILSSLSQVLP DGQPQSAPE TALLQSRMIL GKTIDDLNLQ IQIEQKYFPV IGRGLARLMG EKPGNIDITR LYLPDSDDIS NNTPSIILTV K DKENYSIN SDGIQLNGVV GTLLNEKGIS LLVNEIDAKP GDQFVITQLP RLKAISDLLK SFSVADLGKD TGMLTLTLTG DN PKRISHI LDSISQNYLA QNIARQAAQD AKSLEFLNQQ LPKVRAELDS AEDKLNAYRK QKDSVDLNME AKSVLDQIVN VDN QLNELT FREAEVSQLY TKEHPTYKAL MEKRQTLQEE KSKLNKRVSS MPSTQQEVLR LSRDVESGRA VYLQLLNRQQ ELNI AKSSA IGNVRIIDNA VTDPNPVRPK KTIIIVIGVV LGLIVSVVLV LFQVFLRRGI ESPEQLEEIG INVYASIPIS EWLTK NARQ SGKVRKNQSD TLLAVGNPAD LAVEAIRGLR TSLHFAMMEA KNNVLMISGA SPSAGMTFIS SNLAATIAIT GKKVLF IDA DLRKGYAHKM FGHKNDKGLS EFLSGQAAAE MIIDKVEGGG FDYIGRGQIP PNPAELLMHP RFEQLLNWAS QNYDLII ID TPPILAVTDA AIIGRYAGTC LLVARFEKNT VKEIDVSMKR FEQSGVVVKG CILNGVVKKA SSYYRYGHNH YGYSYYDK K HHHHHH

UniProtKB: Putative transmembrane protein Wzc

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 261748
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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