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万見
- EMDB-1231: Structure of the connector of bacteriophage T7 at 8A resolution: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1231
タイトルStructure of the connector of bacteriophage T7 at 8A resolution: structural homologies of a basic component of a DNA translocating machinery.
マップデータ3D map of T7-connector
試料
  • 試料: Connector of Bacteriophage T7
  • タンパク質・ペプチド: x 12種
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Agirrezabala X / Martin-Benito J / Valle M / Gonzalez JM / Valencia A / Valpuesta JM / Carrascosa JL
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2005
タイトル: Structure of the connector of bacteriophage T7 at 8A resolution: structural homologies of a basic component of a DNA translocating machinery.
著者: Xabier Agirrezabala / Jaime Martín-Benito / Mikel Valle / José M González / Alfonso Valencia / José María Valpuesta / José L Carrascosa /
要旨: The three-dimensional structure of the bacteriophage T7 head-to-tail connector has been obtained at 8A resolution using cryo-electron microscopy and single-particle analysis from purified recombinant ...The three-dimensional structure of the bacteriophage T7 head-to-tail connector has been obtained at 8A resolution using cryo-electron microscopy and single-particle analysis from purified recombinant connectors. The general morphology of the T7 connector is that of a 12-folded toroidal homopolymer with a channel that runs along the longitudinal axis of the particle. The structure of the T7 connector reveals many structural similarities with the connectors from other bacteriophages. Docking of the atomic structure of the varphi29 connector into the three-dimensional reconstruction of T7 connector reveals that the narrow, distal region of the two oligomers are almost identical. This region of the varphi29 connector has been suggested to be involved in DNA translocation, and is composed of an alpha-beta-alpha-beta-beta-alpha motif. A search for alpha-helices in the same region of the T7 three-dimensional map has located three alpha-helices in approximately the same position as those of the varphi29 connector. A comparison of the predicted secondary structure of several bacteriophage connectors, including among others T7, varphi29, P22 and SPP1, reveals that, despite the lack of sequence homology, they seem to contain the same alpha-beta-alpha-beta-beta-alpha motif as that present in the varphi29 connector. These results allow us to suggest a common architecture related to a basic component of the DNA translocating machinery for several viruses.
履歴
登録2006年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年5月25日-
マップ公開2007年5月25日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.48780768
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.48780768
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1231.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of T7-connector
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度
表面レベル1: 0.371 / ムービー #1: 0.4878077
最小 - 最大-0.535083 - 5.68371
平均 (標準偏差)0.0686053 (±0.332779)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 305.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.200305.200305.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.5355.6840.069

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Connector of Bacteriophage T7

全体名称: Connector of Bacteriophage T7
要素
  • 試料: Connector of Bacteriophage T7
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp8

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超分子 #1000: Connector of Bacteriophage T7

超分子名称: Connector of Bacteriophage T7 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dodecamer / Number unique components: 12
分子量実験値: 708 KDa / 理論値: 708 KDa

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分子 #1: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

+
分子 #2: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

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分子 #3: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

+
分子 #4: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

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分子 #5: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

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分子 #6: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

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分子 #7: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

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分子 #8: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

+
分子 #9: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

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分子 #10: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

+
分子 #11: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

+
分子 #12: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量実験値: 57 MDa / 理論値: 57 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pAR2545

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 20mM Tris HCl pH:7.8, 3mM B-mercaptoethanol, 4%(v/v) glicerol, 2mM Na3EDTA, 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryoEM
グリッド詳細: Quantifoil grids with 2 um hole size
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 64220 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder, GATAN. Eucentric
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: FFT with ssCCD
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Wiener filter, defocus groups
最終 角度割当詳細: SPIDER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 26492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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