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- EMDB-12298: Ovine (b0,+AT-rBAT)2 hetero-tetramer, consensus refinement, C2-sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12298
タイトルOvine (b0,+AT-rBAT)2 hetero-tetramer, consensus refinement, C2-symmetry
マップデータPostprocessed map
試料
  • 複合体: (b0,+AT-rBAT) hetero-tetramer
    • タンパク質・ペプチド: B(0,+)-type amino acid transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: neutral and basic amino acid transport protein rBAT
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTransporter / Cystinuria / Complex / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


broad specificity neutral L-amino acid:basic L-amino acid antiporter activity / L-cystine transmembrane transporter activity / brush border membrane / carbohydrate metabolic process / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Glycosyl hydrolase family 13 catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Lee Y / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
Human Frontier Science Program (HFSP)
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Ca-mediated higher-order assembly of heterodimers in amino acid transport system b biogenesis and cystinuria.
著者: Yongchan Lee / Pattama Wiriyasermkul / Pornparn Kongpracha / Satomi Moriyama / Deryck J Mills / Werner Kühlbrandt / Shushi Nagamori /
要旨: Cystinuria is a genetic disorder characterized by overexcretion of dibasic amino acids and cystine, causing recurrent kidney stones and kidney failure. Mutations of the regulatory glycoprotein rBAT ...Cystinuria is a genetic disorder characterized by overexcretion of dibasic amino acids and cystine, causing recurrent kidney stones and kidney failure. Mutations of the regulatory glycoprotein rBAT and the amino acid transporter bAT, which constitute system b, are linked to type I and non-type I cystinuria respectively and they exhibit distinct phenotypes due to protein trafficking defects or catalytic inactivation. Here, using electron cryo-microscopy and biochemistry, we discover that Ca mediates higher-order assembly of system b. Ca stabilizes the interface between two rBAT molecules, leading to super-dimerization of bAT-rBAT, which in turn facilitates N-glycan maturation and protein trafficking. A cystinuria mutant T216M and mutations of the Ca site of rBAT cause the loss of higher-order assemblies, resulting in protein trapping at the ER and the loss of function. These results provide the molecular basis of system b biogenesis and type I cystinuria and serve as a guide to develop new therapeutic strategies against it. More broadly, our findings reveal an unprecedented link between transporter oligomeric assembly and protein-trafficking diseases.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Ca 2+ -mediated higher-order assembly of b 0,+ AT-rBAT is a key step for system b 0,+ biogenesis and cystinuria
著者: Lee Y / Wiriyasermkul P / Moriyama S / Mills DJ / Kuhlbrandt W / Nagamori S
履歴
登録2021年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月19日-
マップ公開2022年1月19日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nf8
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7nf8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12298.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12298.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 351.539 Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 351.539 Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 351.539 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.09120519 - 0.18595156
平均 (標準偏差)0.00014264825 (±0.002699632)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 351.53918 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0985593751.0985593751.098559375
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z351.539351.539351.539
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0910.1860.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12298_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_12298_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_12298_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : (b0,+AT-rBAT) hetero-tetramer

全体名称: (b0,+AT-rBAT) hetero-tetramer
要素
  • 複合体: (b0,+AT-rBAT) hetero-tetramer
    • タンパク質・ペプチド: B(0,+)-type amino acid transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: neutral and basic amino acid transport protein rBAT
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: (b0,+AT-rBAT) hetero-tetramer

超分子名称: (b0,+AT-rBAT) hetero-tetramer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 270 kDa/nm

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分子 #1: B(0,+)-type amino acid transporter 1

分子名称: B(0,+)-type amino acid transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 56.318047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEETSLRKRR GDEKSIQSSE PKTTSLQKEL GLFSGTCIIV GTIIGSGIFI SPKSVLSNME AVGPCLIIWA MCGVLATLGA LCFAELGTM ITKSGGEYPY LMEAFGPIPA YLFSWSSLFV IKPSSFAIIC LSFSEYVCAP FYSGCSPPQV VIKTLAAAAI L LISTVNAL ...文字列:
MEETSLRKRR GDEKSIQSSE PKTTSLQKEL GLFSGTCIIV GTIIGSGIFI SPKSVLSNME AVGPCLIIWA MCGVLATLGA LCFAELGTM ITKSGGEYPY LMEAFGPIPA YLFSWSSLFV IKPSSFAIIC LSFSEYVCAP FYSGCSPPQV VIKTLAAAAI L LISTVNAL SVRLGSYVQN VFTAAKMVIV VIIIISGLVL LAQGNTRNFE NSFEGASLSV GSISLALYNG LWAYDGWNQL NY ITEELRN PFRNLPLAII IGIPLVTGCY ILMNVSYFTV MTATELLQSQ AVAVTFGDRV LYPASWIVPL FVAFSTIGAA NGS CFTAGR LVFVAGREGH MLKVLSYISV KRLTPAPAIM FHSMIAIIYI IPGDINSLVN YFSFAAWLFY GLTITGLIVM RFTR KELKR PIKVPIFIPI LVTLLSVFLV LAPIISAPAW EYLYCVLFML SGLVFYFLFV HYKFGWAQKI SKPLTMHLQM LMEVV PPEE APEWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE K

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: neutral and basic amino acid transport protein rBAT

分子名称: neutral and basic amino acid transport protein rBAT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 78.754281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSAEDKSKRD SIGLNAKEGQ TNNGFVQNED ILETDLDPSS PAAGPQHNTV DILGPGEPDV KDVRPYAGMP KEVLFQFSGQ ARYRIPREV LFWLTVASVL LLIAATIAII AISPKCLDWW QAGPMYQIYP RSFRDSNKDG DGDLKGIQDK LDYITTLNIK T VWITSFYK ...文字列:
GSAEDKSKRD SIGLNAKEGQ TNNGFVQNED ILETDLDPSS PAAGPQHNTV DILGPGEPDV KDVRPYAGMP KEVLFQFSGQ ARYRIPREV LFWLTVASVL LLIAATIAII AISPKCLDWW QAGPMYQIYP RSFRDSNKDG DGDLKGIQDK LDYITTLNIK T VWITSFYK SSLKDFRHAV EDFQEIDPIF GTMKDFENLV AAIHDKGLKL IIDFIPNHTS DKHAWFQWSR NRTGKYTDYY IW HDCNYEN GTTIPPNNWL SVYGNSSWHF DEVRKQCYFH QFMKEQPDLN FRNPDVQEEI KEIIQFWLSK GVDGFSFNAL QYL LEAKHL RDEAQVNKTQ IPDTVTHYSQ LHHDFTTTQV GMHDIVRSFR QTMNQYSREP GRYRFMGTEA HGESITETMV YYGL PFIQE ADFPFNSYLS KLDKPSGNSV SEVITSWLEN MPEGKWPNWM TGGPDNVRLT SRLGEKYVNI MNMLVFTLPG TPITY YGEE IGMRNILAAN LNENYDTGTL FSKSPMQWDN SSNAGFSEGN HTWLPTSSDY HTVNVDVQKT QPRSALKLYQ ELSLLH ANE LLLSRGWFCY LRNDNHSIMY TRELDGINKV FLMVLNFGES SLLNLKEMIS NIPTRVRIRL STSSAYSGRE VDTHAVT LA SGEGLILEYN TGNLLHRQTA FKDRCFVSNR ACYSRVLNIL YSLC

UniProtKB: Glycosyl hydrolase family 13 catalytic domain-containing protein

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #5: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 581697
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7nf8:
Ovine (b0,+AT-rBAT)2 hetero-tetramer, asymmetric unit, rigid-body fitted

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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