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万見
- EMDB-12273: Cryo-EM structure of the human FERRY complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12273
タイトルCryo-EM structure of the human FERRY complex
マップデータCryo-EM structure of the FERRY complex core
試料
  • 複合体: Human FERRY (Five-subunit Early endosome RNA and Ribosome intermediarY) complex
    • 複合体: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21
      • タンパク質・ペプチド: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21
    • 複合体: Quinone oxidoreductase-like protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Quinone oxidoreductase-like protein 1
    • 複合体: Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1
キーワードHuman FERRY complex / Five-subunit Early endosome RNA and Ribosome intermediarY complex / Intracellular RNA transport / Early Endosome-associated transport of RNA / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


quinone metabolic process / glyoxalase III activity / NADPH:quinone reductase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / 酸化還元酵素 / NADP binding / early endosome / extracellular exosome / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised domain KLRAQ/TTKRSYEDQ, N-terminal / Uncharacterised domain KLRAQ/TTKRSYEDQ, C-terminal / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21 / Predicted coiled-coil domain-containing protein / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21, six-helix bundle / Predicted coiled-coil domain-containing protein / Quinone oxidoreductase-like protein 1 / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...Uncharacterised domain KLRAQ/TTKRSYEDQ, N-terminal / Uncharacterised domain KLRAQ/TTKRSYEDQ, C-terminal / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21 / Predicted coiled-coil domain-containing protein / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21, six-helix bundle / Predicted coiled-coil domain-containing protein / Quinone oxidoreductase-like protein 1 / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / Class I glutamine amidotransferase-like / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Quinone oxidoreductase-like protein 1 / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21 / Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Quentin D / Klink BU / Raunser S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)615984
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of mRNA binding by the human FERRY Rab5 effector complex.
著者: Dennis Quentin / Jan S Schuhmacher / Björn U Klink / Jeni Lauer / Tanvir R Shaikh / Pim J Huis In 't Veld / Luisa M Welp / Henning Urlaub / Marino Zerial / Stefan Raunser /
要旨: The pentameric FERRY Rab5 effector complex is a molecular link between mRNA and early endosomes in mRNA intracellular distribution. Here, we determine the cryo-EM structure of human FERRY. It reveals ...The pentameric FERRY Rab5 effector complex is a molecular link between mRNA and early endosomes in mRNA intracellular distribution. Here, we determine the cryo-EM structure of human FERRY. It reveals a unique clamp-like architecture that bears no resemblance to any known structure of Rab effectors. A combination of functional and mutational studies reveals that while the Fy-2 C-terminal coiled-coil acts as binding region for Fy-1/3 and Rab5, both coiled-coils and Fy-5 concur to bind mRNA. Mutations causing truncations of Fy-2 in patients with neurological disorders impair Rab5 binding or FERRY complex assembly. Thus, Fy-2 serves as a binding hub connecting all five complex subunits and mediating the binding to mRNA and early endosomes via Rab5. Our study provides mechanistic insights into long-distance mRNA transport and demonstrates that the particular architecture of FERRY is closely linked to a previously undescribed mode of RNA binding, involving coiled-coil domains.
履歴
登録2021年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nd2
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7nd2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12273.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the FERRY complex core
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.025887525 - 0.04872177
平均 (標準偏差)0.00011392889 (±0.0011070273)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 285.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z285.120285.120285.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.0260.0490.000

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添付データ

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追加マップ: L-AFTER filtered Cryo-EM density map of the FERRY complex core

ファイルemd_12273_additional_1.map
注釈L-AFTER filtered Cryo-EM density map of the FERRY complex core
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human FERRY (Five-subunit Early endosome RNA and Ribosome interme...

全体名称: Human FERRY (Five-subunit Early endosome RNA and Ribosome intermediarY) complex
要素
  • 複合体: Human FERRY (Five-subunit Early endosome RNA and Ribosome intermediarY) complex
    • 複合体: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21
      • タンパク質・ペプチド: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21
    • 複合体: Quinone oxidoreductase-like protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Quinone oxidoreductase-like protein 1
    • 複合体: Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1

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超分子 #1: Human FERRY (Five-subunit Early endosome RNA and Ribosome interme...

超分子名称: Human FERRY (Five-subunit Early endosome RNA and Ribosome intermediarY) complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21

超分子名称: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Quinone oxidoreductase-like protein 1

超分子名称: Quinone oxidoreductase-like protein 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1

超分子名称: Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21

分子名称: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.782836 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAAMASAEL QGKYQKLAQE YSKLRAQNQV LKKGVVDEQA NSAALKEQLK MKDQSLRKLQ QEMDSLTFRN LQLAKRVELL QDELALSEP RGKKNKKSGE SSSQLSQEQK SVFDEDLQKK IEENERLHIQ FFEADEQHKH VEAELRSRLA TLETEAAQHQ A VVDGLTRK ...文字列:
MAAAMASAEL QGKYQKLAQE YSKLRAQNQV LKKGVVDEQA NSAALKEQLK MKDQSLRKLQ QEMDSLTFRN LQLAKRVELL QDELALSEP RGKKNKKSGE SSSQLSQEQK SVFDEDLQKK IEENERLHIQ FFEADEQHKH VEAELRSRLA TLETEAAQHQ A VVDGLTRK YMETIEKLQN DKAKLEVKSQ TLEKEAKECR LRTEECQLQL KTLHEDLSGR LEESLSIINE KVPFNDTKYS QY NALNVPL HNRRHQLKMR DIAGQALAFV QDLVTALLNF HTYTEQRIQI FPVDSAIDTI SPLNQKFSQY LHENASYVRP LEE GMLHLF ESITEDTVTV LETTVKLKTF SEHLTSYICF LRKILPYQLK SLEEECESSL CTSALRARNL ELSQDMKKMT AVFE KLQTY IALLALPSTE PDGLLRTNYS SVLTNVGAAL HGFHDVMKDI SKHYSQKAAI EHELPTATQK LITTNDCILS SVVAL TNGA GKIASFFSNN LDYFIASLSY GPKAASGFIS PLSAECMLQY KKKAAAYMKS LRKPLLESVP YEEALANRRI LLSSTE SRE GLAQQVQQSL EKISKLEQEK EHWMLEAQLA KIKLEKENQR IADKLKNTGS AQLVGLAQEN AAVSNTAGQD EATAKAV LE PIQSTSLIGT LTRTSDSEVP DVESREDLIK NHYMARIVEL TSQLQLADSK SVHFYAECRA LSKRLALAEK SKEALTEE M KLASQNISRL QDELTTTKRS YEDQLSMMSD HLCSMNETLS KQREEIDTLK MSSKGNSKKN KSR

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分子 #2: Quinone oxidoreductase-like protein 1

分子名称: Quinone oxidoreductase-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal His-6 tag / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.661414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSHHHHHHKG LYFQQSSTDE EITFVFQEKE DLPVTEDNFV KLQVKACALS QINTKLLAEM KMKKDLFPVG REIAGIVLDV GSKVSFFQP DDEVVGILPL DSEDPGLCEV VRVHEHYLVH KPEKVTWTEA AGSIRDGVRA YTALHYLSHL SPGKSVLIMD G ASAFGTIA ...文字列:
MSHHHHHHKG LYFQQSSTDE EITFVFQEKE DLPVTEDNFV KLQVKACALS QINTKLLAEM KMKKDLFPVG REIAGIVLDV GSKVSFFQP DDEVVGILPL DSEDPGLCEV VRVHEHYLVH KPEKVTWTEA AGSIRDGVRA YTALHYLSHL SPGKSVLIMD G ASAFGTIA IQLAHHRGAK VISTACSLED KQCLERFRPP IARVIDVSNG KVHVAESCLE ETGGLGVDIV LDAGVRLYSK DD EPAVKLQ LLPHKHDIIT LLGVGGHWVT TEENLQLDPP DSHCLFLKGA TLAFLNDEVW NLSNVQQGKY LCILKDVMEK LST GVFRPQ LDEPIPLYEA KVSMEAVQKN QGRKKQVVQF

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分子 #3: Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1

分子名称: Glutamine amidotransferase-like class 1 domain-containing protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.237488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSHHHHHHAS ERLPNRPACL LVASGAAEGV SAQSFLHCFT MASTAFNLQV ATPGGKAMEF VDVTESNARW VQDFRLKAYA SPAKLESID GARYHALLIP SCPGALTDLA SSGSLARILQ HFHSESKPIC AVGHGVAALC CATNEDRSWV FDSYSLTGPS V CELVRAPG ...文字列:
MSHHHHHHAS ERLPNRPACL LVASGAAEGV SAQSFLHCFT MASTAFNLQV ATPGGKAMEF VDVTESNARW VQDFRLKAYA SPAKLESID GARYHALLIP SCPGALTDLA SSGSLARILQ HFHSESKPIC AVGHGVAALC CATNEDRSWV FDSYSLTGPS V CELVRAPG FARLPLVVED FVKDSGACFS ASEPDAVHVV LDRHLVTGQN ASSTVPAVQN LLFLCGSRK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
250.0 mMNaCl
20.0 mMKCl
20.0 mMMgCl2
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: 3s blotting time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1879 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 75.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 1.6 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1800000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio 3D structure obtained with RVIPER of the SPHIRE software package
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 18300
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 詳細: ISAC classification in SPHIRE

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原子モデル構築 1

詳細To build the model for the (CRYZL1)2(PPP1r21)2(GATD1)4 core of the FERRY complex, the obtained crystal structures of CRYZL1 and GATD1 were initially fitted into the corresponding density using the rigid body fitting tool in Chimera. trRosetta, a de novo protein structure prediction algorithm that is based on direct energy minimization with restrained Rosetta, was used to obtain initial models for PPP1r21. The predicted model for the 6-helix bundle domain, containing residues 246 to 498, that matched our experimental density best was subsequently fitted similar as CRYZL1 and GATD1 using rigid body fit. Manual model building for the regions N- and C-terminal 6-helix bundle, which comprise residues 218 to 245 and 499 to 552, respectively, was further guided by secondary structure predictions of individual trRosetta runs for these regions, that include the vertical helix as well as the beginning of the two terminal coiled-coils of PPP1r21. With the resulting combined model, containing residues 2 to 349, 218 to 552 and 8 to 217 of CRYZL1, PPP1r21 and GATD1, respectively, a restrained refinement in PHENIX was performed. In the next step, the model was further refined using a combination of manual building in COOT and real-space refinement in PHENIX.
得られたモデル

PDB-7nd2:
Cryo-EM structure of the human FERRY complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る