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万見
- EMDB-12270: Cryo-EM structure of Pepper cryptic virus 1 VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12270
タイトルCryo-EM structure of Pepper cryptic virus 1 VLP
マップデータCryo-EM structure of PCV-1 VLP.
試料
  • ウイルス: Pepper cryptic virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
キーワードPartitivirus / Virus like particle / Capsid
機能・相同性viral capsid / membrane / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Pepper cryptic virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Byrne MJ / Sainsbury F
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R00160X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Pepper Cryptic Virus 1 VLP
著者: Byrne MJ / Sainsbury F / Ranson NA / Kashyap A / Esquirol L
履歴
登録2021年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月19日-
マップ公開2021年5月19日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ncr
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ncr
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12270.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of PCV-1 VLP.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 545.28 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 545.28 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 545.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.034 / ムービー #1: 0.034
最小 - 最大-0.09080416 - 0.18962151
平均 (標準偏差)-0.00083095836 (±0.010005922)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 545.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z545.280545.280545.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0910.190-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pepper cryptic virus 1

全体名称: Pepper cryptic virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Pepper cryptic virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein

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超分子 #1: Pepper cryptic virus 1

超分子名称: Pepper cryptic virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 369643 / 生物種: Pepper cryptic virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pepper cryptic virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 47.626285 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MGDRVNAQDD DTVVPHQAPL QPAALQQDLT RSADYLLDNV RIGNHRQRYD KYRRYVLLRS SEIFTSLVAI YAHIFSSYWQ HFRRFTDQF QAPTGVQLPT FVARVYISTW LHDLYCSIRE ATRSISPLAF NERYSYELLP YSTEYDPFLA FLSMSIKPTH I QHTPENTL ...文字列:
MGDRVNAQDD DTVVPHQAPL QPAALQQDLT RSADYLLDNV RIGNHRQRYD KYRRYVLLRS SEIFTSLVAI YAHIFSSYWQ HFRRFTDQF QAPTGVQLPT FVARVYISTW LHDLYCSIRE ATRSISPLAF NERYSYELLP YSTEYDPFLA FLSMSIKPTH I QHTPENTL WIPILCENYD WDRNEANHNP FGITNFTLNS NLFYGLLAIL KERKEFKLST LTTNTIGRPC WLFDWHDNVQ VC AWFPREA NFNSQDVTAA YIIGVACTPK LGPSDDDAWK YYASLNSVPT FTPTEPRLTN RRSYGAYEVR TRETENNYFL PDS LLNIIE DFTATGTTQR RKIRRPSATS ASTGAAIIIR DTPGTASTAT TSTTETEVTF PPVIRTKIRD WYYHSRVILE LEDN SRTAA LRMFIIA

UniProtKB: Coat protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
詳細: 20 mM MOPS, pH 7.0 with 140 mM NaCl and 5% (v/v) glycerol
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 1.12 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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