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- EMDB-1223: The dynamics of signal triggering in a gp130-receptor complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1223
タイトルThe dynamics of signal triggering in a gp130-receptor complex.
マップデータThis is a cEM map of the extracellular portion of the IL11 hexameric complex
試料
  • 試料: IL11-IL11-R-gp130
  • タンパク質・ペプチド: Interleukin-11
  • タンパク質・ペプチド: Interleukin-11 Receptor
  • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein 130
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Matadeen R / Hon W / Jones EY / Fuller S
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: The dynamics of signal triggering in a gp130-receptor complex.
著者: Rishi Matadeen / Wai-Ching Hon / John K Heath / E Yvonne Jones / Stephen Fuller /
要旨: gp130 is a shared signal-transducing membrane-associated receptor for several hematopoietic cytokines. The 30 A resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the Interleukin 11(IL-11)-IL- ...gp130 is a shared signal-transducing membrane-associated receptor for several hematopoietic cytokines. The 30 A resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the Interleukin 11(IL-11)-IL-11 Receptor-gp130 extracellular complex reveals the architecture and dynamics of this gp130-containing signaling complex. Normal-mode analysis reveals a repertoire of conformational changes that could function in signal triggering. This suggests a concerted mechanism of signaling involving all the components of the complex. This could provide a general mechanism of signal transfer for cytokines utilizing the JAK-STAT signaling cascade.
履歴
登録2006年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年5月10日-
マップ公開2007年5月2日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.212920934
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.213
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1223.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a cEM map of the extracellular portion of the IL11 hexameric complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å		3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å		3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.225 / ムービー #1: 0.2129209
最小 - 最大-0.906879 - 0.948235
平均 (標準偏差)0.00765807 (±0.0871348)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 264 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.33.33.3
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.000264.000264.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.9070.9480.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : IL11-IL11-R-gp130

全体名称: IL11-IL11-R-gp130
要素
  • 試料: IL11-IL11-R-gp130
  • タンパク質・ペプチド: Interleukin-11
  • タンパク質・ペプチド: Interleukin-11 Receptor
  • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein 130

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超分子 #1000: IL11-IL11-R-gp130

超分子名称: IL11-IL11-R-gp130 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexamer / Number unique components: 3
分子量理論値: 270 KDa

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分子 #1: Interleukin-11

分子名称: Interleukin-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: IL-11 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House Mouse
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET15b

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分子 #2: Interleukin-11 Receptor

分子名称: Interleukin-11 Receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IL-11R / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #3: Glycoprotein 130

分子名称: Glycoprotein 130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: gp130 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House Mouse
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 5mM HEPES 100mM NaCl 1mM DTT 0.25% B-octylglucopyranoside
グリッド詳細: 300 mesh holy carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 8.3 µm / 実像数: 15 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50100 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 830
最終 2次元分類クラス数: 100

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: URO
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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