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万見
- EMDB-1220: The structure of an infectious P22 virion shows the signal for he... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1220
タイトルThe structure of an infectious P22 virion shows the signal for headful DNA packaging.
マップデータSurface rendered view of the asymmetric P22 Virion
試料
  • 試料: P22 Bacteriophage Virion
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Lander GC / Tang L / Casjens SR / Gilcrease EB / Prevelige P / Poliakov A / Potter CS / Carragher B / Johnson JE
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: The structure of an infectious P22 virion shows the signal for headful DNA packaging.
著者: Gabriel C Lander / Liang Tang / Sherwood R Casjens / Eddie B Gilcrease / Peter Prevelige / Anton Poliakov / Clinton S Potter / Bridget Carragher / John E Johnson /
要旨: Bacteriophages, herpesviruses, and other large double-stranded DNA (dsDNA) viruses contain molecular machines that pump DNA into preassembled procapsids, generating internal capsid pressures ...Bacteriophages, herpesviruses, and other large double-stranded DNA (dsDNA) viruses contain molecular machines that pump DNA into preassembled procapsids, generating internal capsid pressures exceeding, by 10-fold, that of bottled champagne. A 17 angstrom resolution asymmetric reconstruction of the infectious P22 virion reveals that tightly spooled DNA about the portal dodecamer forces a conformation that is significantly different from that observed in isolated portals assembled from ectopically expressed protein. We propose that the tight dsDNA spooling activates the switch that signals the headful chromosome packing density to the particle exterior.
履歴
登録2006年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年5月5日-
マップ公開2006年6月3日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1220.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Surface rendered view of the asymmetric P22 Virion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 1034.24 Å		4.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 1034.24 Å		4.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 1034.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.981 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-10.205500000000001 - 13.7524
平均 (標準偏差)0.00943773 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1034.24 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.044.044.04
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1034.2401034.2401034.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-10.20613.7520.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : P22 Bacteriophage Virion

全体名称: P22 Bacteriophage Virion
要素
  • 試料: P22 Bacteriophage Virion
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)

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超分子 #1000: P22 Bacteriophage Virion

超分子名称: P22 Bacteriophage Virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Enterobacteria phage P22

超分子名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: gp5 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM Tris-HCL, 1mM MgCl2
グリッド詳細: Quantifoil 2/2 400 mesh grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4.2 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 4.5 K / 最高: 4.8 K / 平均: 4.5 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected automatically at 50,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
詳細images collected automatically with LEGINON
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / 実像数: 4899 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles selected manually, CTF estimation was performed using Automated CTF-Estimation Matlab package (ACE)
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 22968

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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