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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1220 | |||||||||
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タイトル | The structure of an infectious P22 virion shows the signal for headful DNA packaging. | |||||||||
マップデータ | Surface rendered view of the asymmetric P22 Virion | |||||||||
試料 |
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生物種 | Enterobacteria phage P22 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Lander GC / Tang L / Casjens SR / Gilcrease EB / Prevelige P / Poliakov A / Potter CS / Carragher B / Johnson JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2006 タイトル: The structure of an infectious P22 virion shows the signal for headful DNA packaging. 著者: Gabriel C Lander / Liang Tang / Sherwood R Casjens / Eddie B Gilcrease / Peter Prevelige / Anton Poliakov / Clinton S Potter / Bridget Carragher / John E Johnson / 要旨: Bacteriophages, herpesviruses, and other large double-stranded DNA (dsDNA) viruses contain molecular machines that pump DNA into preassembled procapsids, generating internal capsid pressures ...Bacteriophages, herpesviruses, and other large double-stranded DNA (dsDNA) viruses contain molecular machines that pump DNA into preassembled procapsids, generating internal capsid pressures exceeding, by 10-fold, that of bottled champagne. A 17 angstrom resolution asymmetric reconstruction of the infectious P22 virion reveals that tightly spooled DNA about the portal dodecamer forces a conformation that is significantly different from that observed in isolated portals assembled from ectopically expressed protein. We propose that the tight dsDNA spooling activates the switch that signals the headful chromosome packing density to the particle exterior. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1220.map.gz | 59.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1220-v30.xml emd-1220.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1220.gif | 79.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1220 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1220 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1220_validation.pdf.gz | 255.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1220_full_validation.pdf.gz | 254.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1220_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1220 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1220 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Surface rendered view of the asymmetric P22 Virion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : P22 Bacteriophage Virion
全体 | 名称: P22 Bacteriophage Virion |
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要素 |
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-超分子 #1000: P22 Bacteriophage Virion
超分子 | 名称: P22 Bacteriophage Virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Enterobacteria phage P22
超分子 | 名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: gp5 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 10mM Tris-HCL, 1mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: Quantifoil 2/2 400 mesh grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4.2 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 4.5 K / 最高: 4.8 K / 平均: 4.5 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected automatically at 50,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: FEI エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV |
詳細 | images collected automatically with LEGINON |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / 実像数: 4899 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 80000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles selected manually, CTF estimation was performed using Automated CTF-Estimation Matlab package (ACE) |
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CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 22968 |