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- EMDB-12186: Cryo-EM Structure of KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12186
タイトルCryo-EM Structure of KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+
マップデータnon-uniform refinement by cryoSPARC
試料
  • 複合体: KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードP-type ATPase / ATP-dependent potassium pump / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type K+ transporter / P-type potassium transmembrane transporter activity / potassium:proton antiporter complex / potassium ion-transporting ATPase complex / monoatomic cation transmembrane transport / potassium ion binding / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity ...P-type K+ transporter / P-type potassium transmembrane transporter activity / potassium:proton antiporter complex / potassium ion-transporting ATPase complex / monoatomic cation transmembrane transport / potassium ion binding / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium-transporting ATPase C chain / Potassium-transporting ATPase A chain / K+ transporting P-type ATPase, F subunit / K+-transporting ATPase, c chain / Potassium-transporting ATPase A subunit / F subunit of K+-transporting ATPase (Potass_KdpF) / P-type ATPase, B chain, subfamily IA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...Potassium-transporting ATPase C chain / Potassium-transporting ATPase A chain / K+ transporting P-type ATPase, F subunit / K+-transporting ATPase, c chain / Potassium-transporting ATPase A subunit / F subunit of K+-transporting ATPase (Potass_KdpF) / P-type ATPase, B chain, subfamily IA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit / Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit / Potassium-transporting ATPase KdpC subunit / Potassium-transporting ATPase KdpF subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Sweet ME / Larsen C
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM108043 米国
European Research Council (ERC)637372
Danish Council for Independent ResearchDFF-8021-00161
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structural basis for potassium transport in prokaryotes by KdpFABC.
著者: Marie E Sweet / Casper Larsen / Xihui Zhang / Michael Schlame / Bjørn P Pedersen / David L Stokes /
要旨: KdpFABC is an oligomeric K transport complex in prokaryotes that maintains ionic homeostasis under stress conditions. The complex comprises a channel-like subunit (KdpA) from the superfamily of K ...KdpFABC is an oligomeric K transport complex in prokaryotes that maintains ionic homeostasis under stress conditions. The complex comprises a channel-like subunit (KdpA) from the superfamily of K transporters and a pump-like subunit (KdpB) from the superfamily of P-type ATPases. Recent structural work has defined the architecture and generated contradictory hypotheses for the transport mechanism. Here, we use substrate analogs to stabilize four key intermediates in the reaction cycle and determine the corresponding structures by cryogenic electron microscopy. We find that KdpB undergoes conformational changes consistent with other representatives from the P-type superfamily, whereas KdpA, KdpC, and KdpF remain static. We observe a series of spherical densities that we assign as K or water and which define a pathway for K transport. This pathway runs through an intramembrane tunnel in KdpA and delivers ions to sites in the membrane domain of KdpB. Our structures suggest a mechanism where ATP hydrolysis is coupled to K transfer between alternative sites in KdpB, ultimately reaching a low-affinity site where a water-filled pathway allows release of K to the cytoplasm.
履歴
登録2021年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bh2
  • 表面レベル: 0.17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12186.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈non-uniform refinement by cryoSPARC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.28 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.28 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.079 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.17
最小 - 最大-0.96573263 - 1.4849855
平均 (標準偏差)0.00029139954 (±0.025805563)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0791.0791.079
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.280345.280345.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.9661.4850.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12186_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A from non-uniform refinement in cryoSPARC

ファイルemd_12186_half_map_1.map
注釈Half Map A from non-uniform refinement in cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B from non-uniform refinement in cryoSPARC

ファイルemd_12186_half_map_2.map
注釈Half Map B from non-uniform refinement in cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+

全体名称: KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+
要素
  • 複合体: KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+

超分子名称: KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: KdpFABC complex solublized in decyl maltopyranoside (DM) detergent.
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 160 KDa

+
分子 #1: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit

分子名称: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 59.247684 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAQGFLLIA TFLLVLMVLA RPLGSGLARL INDIPLPGTT GVERVLFRAL GVSDREMNWK QYLCAILGLN MLGLAVLFFM LLGQHYLPL NPQQLPGLSW DLALNTAVSF VTNTNWRSYS GETTLSYFSQ MAGLTVQNFL SAASGIAVIF ALIRAFTRQS M STLGNAWV ...文字列:
MAAQGFLLIA TFLLVLMVLA RPLGSGLARL INDIPLPGTT GVERVLFRAL GVSDREMNWK QYLCAILGLN MLGLAVLFFM LLGQHYLPL NPQQLPGLSW DLALNTAVSF VTNTNWRSYS GETTLSYFSQ MAGLTVQNFL SAASGIAVIF ALIRAFTRQS M STLGNAWV DLLRITLWVL VPVALLIALF FIQQGALQNF LPYQAVNTVE GAQQLLPMGP VASQEAIKML GTNGGGFFNA NS SHPFENP TALTNFVQML AIFLIPTALC FAFGEVMGDR RQGRMLLWAM SVIFVICVGV VMWAEVQGNP HLLALGTDSS INM EGKESR FGVLVSSLFA VVTTAASCGA VIAMHDSFTA LGGMVPMWLM QIGEVVFGGV GSGLYGMMLF VLLAVFIAGL MIGR TPEYL GKKIDVREMK LTALAILVTP TLVLMGAALA MMTDAGRSAM LNPGPHGFSE VLYAVSSAAN NNGSAFAGLS ANSPF WNCL LAFCMFVGRF GVIIPVMAIA GSLVSKKSQA ASSGTLPTHG PLFVGLLIGT VLLVGALTFI PALALGPVAE YLS

UniProtKB: Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit

+
分子 #2: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit

分子名称: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type K+ transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 72.251867 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSRKQLALFE PTLVVQALKE AVKKLNPQAQ WRNPVMFIVW IGSLLTTCIS IAMASGAMPG NALFSAAISG WLWITVLFAN FAEALAEGR SKAQANSLKG VKKTAFARKL REPKYGAAAD KVPADQLRKG DIVLVEAGDI IPCDGEVIEG GASVDESAIT G EAAPVIRE ...文字列:
MSRKQLALFE PTLVVQALKE AVKKLNPQAQ WRNPVMFIVW IGSLLTTCIS IAMASGAMPG NALFSAAISG WLWITVLFAN FAEALAEGR SKAQANSLKG VKKTAFARKL REPKYGAAAD KVPADQLRKG DIVLVEAGDI IPCDGEVIEG GASVDESAIT G EAAPVIRE SGGDFASVTG GTRILSDWLV IECSVNPGET FLDRMIAMVE GAQRRKTPNE IALTILLIAL TIVFLLATAT LW PFSAWGG NAVSVTVLVA LLVCLIPTTI GGLLSAIGVA GMSRMLGANV IATSGRAVEA AGDVDVLLLD KTGTITLGNR QAS EFIPAQ GVDEKTLADA AQLASLADET PEGRSIVILA KQRFNLRERD VQSLHATFVP FTAQSRMSGI NIDNRMIRKG SVDA IRRHV EANGGHFPTD VDQKVDQVAR QGATPLVVVE GSRVLGVIAL KDIVKGGIKE RFAQLRKMGI KTVMITGDNR LTAAA IAAE AGVDDFLAEA TPEAKLALIR QYQAEGRLVA MTGDGTNDAP ALAQADVAVA MNSGTQAAKE AGNMVDLDSN PTKLIE VVH IGKQMLMTRG SLTTFSIAND VAKYFAIIPA AFAATYPQLN ALNIMCLHSP DSAILSAVIF NALIIVFLIP LALKGVS YK PLTASAMLRR NLWIYGLGGL LVPFIGIKVI DLLLTVCGLV

UniProtKB: Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit

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分子 #3: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit

分子名称: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 22.299225 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGLRPALST FIFLLLITGG VYPLLTTVLG QWWFPWQANG SLIREGDTVR GSALIGQNFT GNGYFHGRPS ATAEMPYNPQ ASGGSNLAV SNPELDKLIA ARVAALRAAN PDASASVPVE LVTASASGLD NNITPQAAAW QIPRVAKARN LSVEQLTQLI A KYSQQPLV ...文字列:
MSGLRPALST FIFLLLITGG VYPLLTTVLG QWWFPWQANG SLIREGDTVR GSALIGQNFT GNGYFHGRPS ATAEMPYNPQ ASGGSNLAV SNPELDKLIA ARVAALRAAN PDASASVPVE LVTASASGLD NNITPQAAAW QIPRVAKARN LSVEQLTQLI A KYSQQPLV KYIGQPVVNI VELNLALDKL DEGTGLVPRG SSHHHHHHHH

UniProtKB: Potassium-transporting ATPase KdpC subunit

+
分子 #4: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit

分子名称: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 3.071714 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAGVITGVL LVFLLLGYLV YALINAEAF

UniProtKB: Potassium-transporting ATPase KdpF subunit

+
分子 #5: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #6: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)...

分子名称: (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 9Y0
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-9Y0:
(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 13 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mM(HOCH2)3CNH2tris(hydroxymethyl)aminomethane
100.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMC9H15O6Ptris(2-carboxyethyl)phosphine
1.5 mg/mLC22H42O11decyl maltopyranoside
2.5 mMBeF3beryllium fluoride
100.0 mMNaClsodium chloride

詳細: The beryllium fluoride in the buffer was added to the protein mixture containing all other buffer components in the form of a pre-incubated mixture, at a 1:10 volume, to produce the final ...詳細: The beryllium fluoride in the buffer was added to the protein mixture containing all other buffer components in the form of a pre-incubated mixture, at a 1:10 volume, to produce the final concentrations 2.5 mM BeSO4 and 10 mM NaF.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging..
詳細DM-solublized KdpFABC complex purified through SEC the same day as grid freezing. Peak fraction diluted to 4.5 mg/mL and complexed with magnesium fluoride solution for >30 min at room temperature prior to application to grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2567 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1525715 / 詳細: template based picking
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0) / 詳細: non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 441322
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0) / 詳細: non-uniform refinement
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 200000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9.0) / 詳細: hetero refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5mrw


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7bh2:
Cryo-EM Structure of KdpFABC in E2Pi state with BeF3 and K+

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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