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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1214 | |||||||||
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タイトル | Assembly of the inner rod determines needle length in the type III secretion injectisome. | |||||||||
![]() | Type III Secretion Complex from an invJ-mutant strain | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
![]() | Marlovits TC / Kubori T / Lara-Tejero M / Thomas D / Unger VM / Galan JE | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Assembly of the inner rod determines needle length in the type III secretion injectisome. 著者: Thomas C Marlovits / Tomoko Kubori / María Lara-Tejero / Dennis Thomas / Vinzenz M Unger / Jorge E Galán / ![]() 要旨: Assembly of multi-component supramolecular machines is fundamental to biology, yet in most cases, assembly pathways and their control are poorly understood. An example is the type III secretion ...Assembly of multi-component supramolecular machines is fundamental to biology, yet in most cases, assembly pathways and their control are poorly understood. An example is the type III secretion machine, which mediates the transfer of bacterial virulence proteins into host cells. A central component of this nanomachine is the needle complex or injectisome, an organelle associated with the bacterial envelope that is composed of a multi-ring base, an inner rod, and a protruding needle. Assembly of this organelle proceeds in sequential steps that require the reprogramming of the secretion machine. Here we provide evidence that, in Salmonella typhimurium, completion of the assembly of the inner rod determines the size of the needle substructure. Assembly of the inner rod, which is regulated by the InvJ protein, triggers conformational changes on the cytoplasmic side of the injectisome, reprogramming the secretion apparatus to stop secretion of the needle protein. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 8.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 221.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 220.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Type III Secretion Complex from an invJ-mutant strain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Type III Secretion Complex from an invJ-mutant strain of Salmonel...
全体 | 名称: Type III Secretion Complex from an invJ-mutant strain of Salmonella typhimurium |
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要素 |
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-超分子 #1000: Type III Secretion Complex from an invJ-mutant strain of Salmonel...
超分子 | 名称: Type III Secretion Complex from an invJ-mutant strain of Salmonella typhimurium タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 20 / Number unique components: 3 |
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分子量 | 理論値: 2.64 MDa |
-分子 #1: PrgH
分子 | 名称: PrgH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 別称: Salmonella / 細胞中の位置: Membrane |
分子量 | 実験値: 44 MDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #2: PrgK
分子 | 名称: PrgK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 20 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 別称: Salmonella / 細胞中の位置: Membrane |
分子量 | 実験値: 28 MDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #3: InvG
分子 | 名称: InvG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 20 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 別称: Salmonella / 細胞中の位置: Membrane |
分子量 | 実験値: 60 MDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10mM Tris-HCl 500mM NaCl 0.2% LDAO |
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グリッド | 詳細: 400 mesh Cu/Rh |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 手法: Blot for 15 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: 200 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 61 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 0.8 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side-entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: phase flipping, each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C20 (20回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IMAGIC-5, MRC / 詳細: supervised projection matching procedure |