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万見
- EMDB-12125: human Teneurin4 Mut C2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12125
タイトルhuman Teneurin4 Mut C2
マップデータTeneurin4 mut C2
試料
  • 細胞器官・細胞要素: human Teneurin4 wt C2 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Teneurin-4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードSynaptic cell adhesion / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac cell fate specification / central nervous system myelin formation / synaptic membrane adhesion / positive regulation of myelination / gastrulation with mouth forming second / positive regulation of gastrulation / regulation of myelination / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / cardiac muscle cell proliferation / neuron development ...cardiac cell fate specification / central nervous system myelin formation / synaptic membrane adhesion / positive regulation of myelination / gastrulation with mouth forming second / positive regulation of gastrulation / regulation of myelination / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / cardiac muscle cell proliferation / neuron development / cell adhesion molecule binding / neuron projection / protein heterodimerization activity / glutamatergic synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Teneurin intracellular, N-terminal / : / : / : / Teneurin Intracellular Region / Teneurin-3-like, galactose-binding domain-like / Teneurin antibiotic-binding-like domain / Teneurin 1-4, FN-plug domain / Teneurin TTR-like domain / Teneurin NHL domain ...Teneurin intracellular, N-terminal / : / : / : / Teneurin Intracellular Region / Teneurin-3-like, galactose-binding domain-like / Teneurin antibiotic-binding-like domain / Teneurin 1-4, FN-plug domain / Teneurin TTR-like domain / Teneurin NHL domain / Teneurin YD-shell / Teneurin N-terminal domain profile. / Tox-GHH domain / : / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / YD repeat / Teneurin EGF domain / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Meijer DH / Janssen BJC
資金援助 オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.016.004 オランダ
European Research Council (ERC)677500 オランダ
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: Teneurin4 dimer structures reveal a calcium-stabilized compact conformation supporting homomeric trans-interactions.
著者: Meijer DH / Frias CP / Beugelink JW / Deurloo YN / Janssen BJC
履歴
登録2020年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ban
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Teneurin4 mut C2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.1314694 - 0.20797794
平均 (標準偏差)0.000033407592 (±0.005186096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 303.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8420.8420.842
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z303.120303.120303.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1310.2080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human Teneurin4 wt C2 ectodomain

全体名称: human Teneurin4 wt C2 ectodomain
要素
  • 細胞器官・細胞要素: human Teneurin4 wt C2 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Teneurin-4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: human Teneurin4 wt C2 ectodomain

超分子名称: human Teneurin4 wt C2 ectodomain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Teneurin-4

分子名称: Teneurin-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 217.699188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METACGDSKD NDGDGLVDCM DPDCCLQPLC HINPLCLGSP NPLDIIQETQ VPVSQQNLHS FYDRIKFLVG RDSTHIIPGE NPFDGGHAC VIRGQVMTSD GTPLVGVNIS FVNNPLFGYT ISRQDGSFDL VTNGGISIIL RFERAPFITQ EHTLWLPWDR F FVMETIIM ...文字列:
METACGDSKD NDGDGLVDCM DPDCCLQPLC HINPLCLGSP NPLDIIQETQ VPVSQQNLHS FYDRIKFLVG RDSTHIIPGE NPFDGGHAC VIRGQVMTSD GTPLVGVNIS FVNNPLFGYT ISRQDGSFDL VTNGGISIIL RFERAPFITQ EHTLWLPWDR F FVMETIIM RHEENEIPSC DLSNFARPNP VVSPSPLTSF ASSCAEKGPI VPEIQALQEE ISISGCKMRL SYLSSRTPGY KS VLRISLT HPTIPFNLMK VHLMVAVEGR LFRKWFAAAP DLSYYFIWDK TDVYNQKVFG LSEAFVSVGY EYESCPDLIL WEK RTTVLQ GYEIDASKLG GWSLDKHHAL NIQSGILHKG NGENQFVSQQ PPVIGSIMGN GRRRSISCPS CNGLADGNKL LAPV ALTCG SDGSLYVGDF NYIRRIFPSG NVTNILELRN KDFRHSHSPA HKYYLATDPM SGAVFLSDSN SRRVFKIKST VVVKD LVKN SEVVAGTGDQ CLPFDDTRCG DGGKATEATL TNPRGITVDK FGLIYFVDGT MIRRIDQNGI ISTLLGSNDL TSARPL SCD SVMDISQVHL EWPTDLAINP MDNSLYVLDN NVVLQISENH QVRIVAGRPM HCQVPGIDHF LLSKVAIHAT LESATAL AV SHNGVLYIAE TDEKKINRIR QVTTSGEISL VAGAPSGCDC KNDANCDCFS GDDGYAKDAK LNTPSSLAVC ADGELYVA D LGNIRIRFIR KNKPFLNTQN MYELSSPIDQ ELYLFDTTGK HLYTQSLPTG DYLYNFTYTG DGDITLITDN NGNMVNVRR DSTGMPLWLV VPDGQVYWVT MGTNSALKSV TTQGHELAMM TYHGNSGLLA TKSNENGWTT FYEYDSFGRL TNVTFPTGQV SSFRSDTDS SVHVQVETSS KDDVTITTNL SASGAFYTLL QDQVRNSYYI GADGSLRLLL ANGMEVALQT EPHLLAGTVN P TVGKRNVT LPIDNGLNLV EWRQRKEQAR GQVTVFGRRL RVHNRNLLSL DFDRVTRTEK IYDDHRKFTL RILYDQAGRP SL WSPSSRL NGVNVTYSPG GYIAGIQRGI MSERMEYDQA GRITSRIFAD GKTWSYTYLE KSMVLLLHSQ RQYIFEFDKN DRL SSVTMP NVARQTLETI RSVGYYRNIY QPPEGNASVI QDFTEDGHLL HTFYLGTGRR VIYKYGKLSK LAETLYDTTK VSFT YDETA GMLKTINLQN EGFTCTIRYR QIGPLIDRQI FRFTEEGMVN ARFDYNYDNS FRVTSMQAVI NETPLPIDLY RYDDV SGKT EQFGKFGVIY YDINQIITTA VMTHTKHFDA YGRMKEVQYE IFRSLMYWMT VQYDNMGRVV KKELKVGPYA NTTRYS YEY DADGQLQTVS INDKPLWRYS YDLNGNLHLL SPGNSARLTP LRYDIRDRIT RLGDVQYKMD EDGFLRQRGG DIFEYNS AG LLIKAYNRAG SWSVRYRYDG LGRRVSSKSS HSHHLQFFYA DLTNPTKVTH LYNHSSSEIT SLYYDLQGHL FAMELSSG D EFYIACDNIG TPLAVFSGTG LMIKQILYTA YGEIYMDTNP NFQIIIGYHG GLYDPLTKLV HMGRRDYDVL AGRWTSPDH ELWKHLSSSN VMPFNLYMFK NNNPISNSQD IKCFMTDVNS WLLTFGFQLH NVIPGYPKPD MDAMEPSYEL IHTQMKTQEW DNSKSILGV QCEVQKQLKA FVTLERFDQL YGSTITSCQQ APKTKKFASS GSVFGKGVKF ALKDGRVTTD IICVANEDGR R VAAILNHA HYLENLHFTI DGVDTHYFVK PGPSEGDLAI LGLSGGRRTL ENGVNVTVSQ INTVLNGRTR RYTDIQLQYG AL CLNTRYG TTLDEEKARV LELARQRAVR QAWAREQQRL REGEEGLRAW TEGEKQQVLS TGRVQGYDGF FVISVEQYPE LSD SANNIH FMRQSE

UniProtKB: Teneurin-4

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.075 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model from data
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 242300
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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