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- EMDB-1205: Three-dimensional structure of a type III glutamine synthetase by... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1205
タイトルThree-dimensional structure of a type III glutamine synthetase by single-particle reconstruction.
マップデータGSIII from Bacteroides fragilis (negative stain reconstruction)
試料
  • 試料: B.fragilis GlnN purified from E.coli
  • タンパク質・ペプチド: GlnN
機能・相同性Glutamine synthetase, N-terminal domain
機能・相同性情報
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者van Rooyen JM / Abratt VR / Sewell BT
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Three-dimensional structure of a type III glutamine synthetase by single-particle reconstruction.
著者: Jason M van Rooyen / Valerie R Abratt / B Trevor Sewell /
要旨: GlnN, the type III glutamine synthetase (GSIII) from the medically important, anaerobic, opportunistic pathogen Bacteroides fragilis, has 82.8 kDa subunits that share only 9% sequence identity with ...GlnN, the type III glutamine synthetase (GSIII) from the medically important, anaerobic, opportunistic pathogen Bacteroides fragilis, has 82.8 kDa subunits that share only 9% sequence identity with the type I glutamine synthetases (GSI), the only family for which a structure is known. Active GlnN was found predominantly in a single peak that eluted from a calibrated gel-filtration chromatography column at a position equaivalent to 0.86(+/-0.08) MDa. Negative-stain electron microscopy enabled the identification of double-ringed particles and single hexameric rings ("pinwheels") resulting from partial staining. A 2D average of these pinwheels showed marked similarity to the corresponding structures found in preparations of GSI, except that the arms of the subunits were 40% longer. Reconstructions from particles embedded in vitreous ice showed that GlnN has a double-ringed, dodecameric structure with a 6-fold dihedral space group (D6) symmetry and dimensions of 17.0 nm parallel with the 6-fold axis and 18.3 nm parallel with the 2-fold axes. The structures, combined with a sequence alignment based on structural principles, showed how many aspects of the structure of GSI, and most notably the alpha/beta barrel fold active site were preserved. There was evidence for the presence of this structure in the reconstructed volume, thus, identifying the indentations between the pinwheel spokes as putative active sites and suggesting conservation of the overall molecular geometry found in GSI despite their low level of global homology. Furthermore, docking of GSI into the reconstruction left sufficient plausibly located unoccupied density to account for the additional residues in GSIII, thus validating the structure.
履歴
登録2006年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年3月23日-
マップ公開2006年8月9日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07634
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07634
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1205.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GSIII from Bacteroides fragilis (negative stain reconstruction)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.25 Å/pix.
x 80 pix.
= 340. Å		4.25 Å/pix.
x 80 pix.
= 340. Å		4.25 Å/pix.
x 80 pix.
= 340. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0128 / ムービー #1: 0.07634
最小 - 最大0.0 - 0.191964
平均 (標準偏差)0.00442323 (±0.0211771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 340 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.254.254.25
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z340.000340.000340.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean0.0000.1920.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : B.fragilis GlnN purified from E.coli

全体名称: B.fragilis GlnN purified from E.coli
要素
  • 試料: B.fragilis GlnN purified from E.coli
  • タンパク質・ペプチド: GlnN

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超分子 #1000: B.fragilis GlnN purified from E.coli

超分子名称: B.fragilis GlnN purified from E.coli / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One dodecamer of GlnN / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.3 MDa / 理論値: 990 KDa / 手法: Calibrated gel-filtration

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分子 #1: GlnN

分子名称: GlnN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GSIII
詳細: Recombinant GlnN purified from GlnA deficient E.coli mutant; SwissProt P15623
コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア) / 株: B. fragilis BF-1 / 組織: E.coli cytoplasm / 細胞: E.coli
分子量実験値: 990 KDa / 理論値: 1.3 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pJS139
配列InterPro: Glutamine synthetase, N-terminal domain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.15 / 詳細: 10 mM Imidazole-HCl, 10 mM MnCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Aliquots (10ul) were applied to 300 mesh copper grids, which had been coated with thin carbon support film and previously glow discharged in air for 20 seconds, before being stained with 2% ...詳細: Aliquots (10ul) were applied to 300 mesh copper grids, which had been coated with thin carbon support film and previously glow discharged in air for 20 seconds, before being stained with 2% uranyl acetate solution using the droplet method.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: LEO OMEGA
詳細Leo 912 TEM
日付2004年5月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: PROSCAN TEM-PIV (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 160
詳細: Images were digitized using an Ilford Leafscan and downsized by a factor of 2
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 65882 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 12587
最終 2次元分類クラス数: 166

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: CC score

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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