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- EMDB-12047: CryoEM Structure of the yeast peroxisomal membrane Pex14p/Pex17p ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12047
タイトルCryoEM Structure of the yeast peroxisomal membrane Pex14p/Pex17p complex
マップデータCryoEM Structure of the Pex14p/Pex17p complex
試料
  • 複合体: Peroxisomal Membrane Complex Pex14p/Pex17p reconstituted in cMSP1D1dH4-6 nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal membrane protein Pex14p
    • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal membrane protein Pex17p
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.2 Å
データ登録者Lill P / Gatsogiannis C
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FOR1905 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)278002225;403222702;390939984 ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Towards the molecular architecture of the peroxisomal receptor docking complex.
著者: Pascal Lill / Tobias Hansen / Daniel Wendscheck / Bjoern Udo Klink / Tomasz Jeziorek / Dimitrios Vismpas / Jonas Miehling / Julian Bender / Andreas Schummer / Friedel Drepper / Wolfgang ...著者: Pascal Lill / Tobias Hansen / Daniel Wendscheck / Bjoern Udo Klink / Tomasz Jeziorek / Dimitrios Vismpas / Jonas Miehling / Julian Bender / Andreas Schummer / Friedel Drepper / Wolfgang Girzalsky / Bettina Warscheid / Ralf Erdmann / Christos Gatsogiannis /
要旨: Import of yeast peroxisomal matrix proteins is initiated by cytosolic receptors, which specifically recognize and bind the respective cargo proteins. At the peroxisomal membrane, the cargo-loaded ...Import of yeast peroxisomal matrix proteins is initiated by cytosolic receptors, which specifically recognize and bind the respective cargo proteins. At the peroxisomal membrane, the cargo-loaded receptor interacts with the docking protein Pex14p that is tightly associated with Pex17p. Previous data suggest that this interaction triggers the formation of an import pore for further translocation of the cargo. The mechanistic principles, however, are unclear, mainly because structures of higher-order assemblies are still lacking. Here, using an integrative approach, we provide the structural characterization of the major components of the peroxisomal docking complex Pex14p/Pex17p, in a native bilayer environment, and reveal its subunit organization. Our data show that three copies of Pex14p and a single copy of Pex17p assemble to form a 20-nm rod-like particle. The different subunits are arranged in a parallel manner, showing interactions along their complete sequences and providing receptor binding sites on both membrane sides. The long rod facing the cytosol is mainly formed by the predicted coiled-coil domains of Pex14p and Pex17p, possibly providing the necessary structural support for the formation of the import pore. Further implications of Pex14p/Pex17p for formation of the peroxisomal translocon are discussed.
履歴
登録2020年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12047.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM Structure of the Pex14p/Pex17p complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.0047121374 - 0.021273872
平均 (標準偏差)7.5998316e-05 (±0.0010614756)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 327.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z327.000327.000327.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0050.0210.000

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添付データ

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追加マップ: CryoEM structure of the rod domain of the...

ファイルemd_12047_additional_1.map
注釈CryoEM structure of the rod domain of the Pex14p/Pex17p complex upon signal subtraction of the nanodisc density and subsequent refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Peroxisomal Membrane Complex Pex14p/Pex17p reconstituted in cMSP1...

全体名称: Peroxisomal Membrane Complex Pex14p/Pex17p reconstituted in cMSP1D1dH4-6 nanodiscs
要素
  • 複合体: Peroxisomal Membrane Complex Pex14p/Pex17p reconstituted in cMSP1D1dH4-6 nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal membrane protein Pex14p
    • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal membrane protein Pex17p

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超分子 #1: Peroxisomal Membrane Complex Pex14p/Pex17p reconstituted in cMSP1...

超分子名称: Peroxisomal Membrane Complex Pex14p/Pex17p reconstituted in cMSP1D1dH4-6 nanodiscs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Pex14p and Pex17p constitute the major components of the peroxisomal membrane docking complex. Pex14p and Pex17p form a 3:1 heterotetrameric complex.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 144 KDa

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分子 #1: Peroxisomal membrane protein Pex14p

分子名称: Peroxisomal membrane protein Pex14p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSDVVSKDRK ALFDSAVSFL KDESIKDAPL LKKIEFLKSK GLTEKEIEIA MKEPKKDGIV GDEVSKKIGS TENRASQDM YLYEAMPPTL PHRDWKDYFV MATATAGLLY GAYEVTRRYV IPNILPEAKS KLEGDKKEID D QFSKIDTV LNAIEAEQAE FRKKESETLK ...文字列:
MSDVVSKDRK ALFDSAVSFL KDESIKDAPL LKKIEFLKSK GLTEKEIEIA MKEPKKDGIV GDEVSKKIGS TENRASQDM YLYEAMPPTL PHRDWKDYFV MATATAGLLY GAYEVTRRYV IPNILPEAKS KLEGDKKEID D QFSKIDTV LNAIEAEQAE FRKKESETLK ELSDTIAELK QALVQTTRSR EKIEDEFRIV KLEVVNMQNT ID KFVSDND GMQELNNIQK EMESLKSLMN NRMESGNAQD NRLFSISPNG IPGIDTIPSA SEILAKMGMQ EES DKEKEN GSDANKDDNA VPAWKKAREQ TIDSNASIPE WQKNTAANEI SVPDWQNGQV EDSIP

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分子 #2: Peroxisomal membrane protein Pex17p

分子名称: Peroxisomal membrane protein Pex17p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTSINSFPRN IDWPSNIGIK KIEGTNPTVN AIKGLLYNGG SIYAFLYFVI AMFVEPTLQK QYQQRNDFSL FVLLRLRRI IAQLQKRLVM TPVSSLGFNE QNNFVERSTQ TSDDNIIRED NSHWAEMIYQ LQNMKQELQY F NRSSGQPS ESIDDFVFQI KMVTDQVELT ...文字列:
MTSINSFPRN IDWPSNIGIK KIEGTNPTVN AIKGLLYNGG SIYAFLYFVI AMFVEPTLQK QYQQRNDFSL FVLLRLRRI IAQLQKRLVM TPVSSLGFNE QNNFVERSTQ TSDDNIIRED NSHWAEMIYQ LQNMKQELQY F NRSSGQPS ESIDDFVFQI KMVTDQVELT DRSRAFSNKS RNIIQGIREI KGWFVNGQVP R

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度式
50.0 mMTRIS
150.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細The complex was reconstituted in circularMSP1D1D4-6 nanodiscs.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3282 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 361862
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was computed from 2D class averages using VIPER of the SPIRE software package.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 82600
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPHIRE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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